An ontology for computer-aided modeling of cellular processes
Bilgisayar destekli hücresel yolak modellemesi
- Tez No: 198900
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: bioinformatics, ontology, pathway
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hücresel işlemler canlıların en alt seviyedeki donanımlarıdır. Bu düzeydekiu s ubozukluklar halihazırda tedavi edilemeyen pek şok hastalıktan sorumludur.cHücresel işlemler hakkındaki bilgilerimiz hızla artmaktadır. Ancak, günümüzu s uu umoleküler biyolojisi bu işlemleri kurallı bir şekilde güsterecek yüntemlerden yok-u s s o osundur. Bilgi dağarcığının büyük bir kısmı bilimsel yazında, bilgisayarlı mod-g g uuelleme ve şüzümlemeye uygun olmayan bir bişimde durmaktadır. Cüzülmeyeco u c şo uşalışılan sistemin karmaşıklığı güzününe alındığında, uygun bir güsterim sistemics s g oou g ove araşlarına duyulan ihtiyac aşıktır.c cBu şalışmada hücresel sistemleri modellemek icin bir ontoloji üneriyoruz. Bucs u oontoloji, soyutlamaları, şoklu ayrıntı düzeylerini, hücresel bülmeleri ve molekülc u u o uhallerini güsterebilmek gibi tekil üzelliklere sahiptir. Ayrıca tümleme, sorgu-o o ulama, şüzümleme ve gürselleştirme kolaylığı gibi birtakım kullanıcı ve sistemco u o s gihtiyaşlarını karşılamak uzere tasarlanmıştır.c s ü sBu ontolojiyi taban alarak bir dizi yazılım aracı geliştirdik. Patikasaraşlarının temel kullanım hedeï¬eri tümleme, gürselleme ve sorgulamadır. Buc u ohedeï¬erde elde ettiğimiz tatmin edici sonuşların ontolojinin kullanılabilirliğinig c gdoğruladığını düşunüyoruz.g g usü uHalihazırdaki yolak güsterme ve sorgulama aracları ile karşılaştırıldığındao ss gPatika düzenli bir güsterim sistemi, ileri sorgulama yüntemleri, aşık gürsellemeu o o c oarabirimi gibi avantajlara sahiptir. Bunun yanısıra Patika'dan elde edilen mod-eller, akım analizi ya da yolak etkinliği şıkarımı gibi yüntemlerle şüzümlenebilir.gc o co uAnahtar süzcükler : Biyoenformatik, ontoloji, yolak.ouvi
Özet (Çeviri)
Cellular processes form the hardware layer of living organisms. Malfunctions incellular processes are responsible for most of the currently incurable diseases. Notsurprisingly, knowledge about cellular processes are growing at an enormous rate.However, today?s molecular biology suï¬ers from lack of a formal representationsystem for cellular processes. Most of the knowledge is locked in literature, thatare not accessible to computational analysis and modeling. Given the complexityof the system we are attacking, the need for a representation system and modelingtools for cellular processes are clear.In this dissertation, we describe an ontology for modeling processes. Ourontology possesses several unique features, including ability to represent abstrac-tions and multiple levels of detail, cellular compartments and molecular states.Furthermore, it was designed to meet several user and system requirements, in-cluding ease of integration, querying, analysis and visualization.Based on this ontology we also implemented a set of software tools withinthe Patika project. Primary use cases of Patika are integration, querying andvisualization, and we have obtained satisfactory results proving the feasibility ofour ontology.Compared with existing alternative methods of representing and querying in-formation about cellular processes, Patika provides several advantages, includinga regular representation system, powerful querying options, an advanced visual-ization. Moreover Patika models can be analyzed by computational methodssuch as ï¬ux analysis or pathway activity inference. Although it has a more steeplearning curve compared to existing ad hoc representation systems, we believethat tools like Patika will be essential for molecular biology research in thefuture.ivv
Benzer Tezler
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Eksternal etmoidektomiler
Başlık çevirisi yok
ERCÜMENT AKMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- Kuyruk modelleri ve analizi üzerine bir uygulama
Başlık çevirisi yok
DİDEM ÖZPULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
İstatistikEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİKRET İKİZ
- Süt formüllerinin tüketim uygulamaları ve süt formüllerinin C vitamini içeriği ile pH değerleri
Başlık çevirisi yok
GÖNÜL VAROL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Besin Hijyeni ve Teknolojisiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Gelişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜRKAN KUTLUAY