Ros1, RAG1, RAG3' and IGF2 RFLP analysis of some hotchery rainbow trout (oncorhynchus mykiss) populations in Turkey
Türkiye'de bulunan bazı gökkuşağı alabalığı (oncorhynchus mykiss) çiftliklerinde Ros1, RAG1, RAG3' ve IGF2 gen bölgeleri ile RFLP çalışması
- Tez No: 114973
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Ras1, RAG1, RAG3, IGF2, Restriction fragment length polymorphism, rainbow trout, Oncorhynchus mykiss, hatchery populations, nuclear genes. IV
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
öz TÜRKİYE'DE BULUNAN BAĞZI GÖKKUŞAĞI ALABALIĞI (Oncorhynchus mykiss) ÇİFTLİKLERİNDE Ras1, RAG1, RAG3' VE IGF2 GEN BÖLGELERİ İLE RFLP ÇALIŞMASI CANER BERKMAN, CEREN Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi : Prof. Dr. inci TOGAN Eylül 2001, 88 sayfa Gökkuşağı alabalığının (Oncorhynchus mykiss) genetik yapısı hakkında birçok çalışma mevcut olmasına rağmen nükleer DNA restiriksiyon parçacık uzunluğu polimorfizmine dayanan çok az sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmada, Türkiye'deki dört alabalık çiftliğinden altı populasyonun, genetik yapıları RFLP tekniği kullanılarak dört nükleer gen bölgesi (Ras1, RAG1, RAG3' and İGF2) için incelenmiştir. Çalışma sonucunda çalışılan populasyonlar için toplam onsekiz haplotip belirlenmiştir. Bunlardan beş tanesi sadece belirli populasyonlarda bulunan özel haplotiplerdir. Elde edilen frekansarın yeterince yüksek olmaması nedeniyle bu haplotiplerin populasyonlar arasında ayırtaç olarak kullanılabileceği düşünülmemektedir.Çalışmada elde edilen haplotiplerin dört faklı bölge oluşturduğu görülmüştür. Amerika'dan ithal edilen populasyonda genellikle dördüncü bölgedeki haplotipler gözlemlenmiştir. Türkiye'de üretimi daha uzun zamandır yapılan ve karıştırılmış populasyonlarda ise 1-3 bölgeler ya da tüm haplotip bölgeleri gözlemlenmiştir. Çalışılan gen bölgelerine göre Türkiye'de bulunan ve yurt dışından gelen populasyonların heterozigotluk düzeylerinin birbirine yakın olduğu belirlenmiştir. Populasyonlar içindeki haplotip farklılaşmasının nükleotid farklılaşmasından biraz daha fazla olduğu gözlenmiştir ve bu da populasyonların ortak bir orijini olduğunu göstermektedir. Buna rağmen çizilen“majority rule consensus tree”ile bölgeler arası farklılık gözlemlenebilmektedir. Örnekleme sırasında yapılan anketler bir populasyonda düşük büyüme hızı olduğunu belirlemiştir. Ancak bu populasyon genetik yapısı bakımından diğer populasyonlardan belirgin bir fark göstermemiştir. Büyüme hızındaki bu farklılığın bu çiftlikteki düşük su sıcaklığı sebebiyle ortaya çıkmış olabileceği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler : Ras1, RAG1, RAG3', IGF2, restiriksiyon parçacık uzunluğu polimorfizmi, gökkuşağı alabalığı, Oncorhynchus mykis, çiftlik populasyonları, nükleer genler. VI
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ras1, RAG1, RAG3' AND IGF2 RFLP ANALYSIS OF SOME HATCHERY RAINBOW TROUT (Oncorhynchus mykiss) POPULATIONS IN TURKEY CANER BERKMAN, CEREN M. Sc. Department of Biological Sciences Supervisor : Prof. Dr. İnci TOGAN September 2001, 88 pages There were several studies on the genetic structure of rainbow trout populations. However, there were very few reported data on the RFLP of nuclear gene loci. In this study, genetic variability of six hatchery populations of rainbow trout {Oncorhynchus mykiss) from four hatcheries were analyzed based on RFLP of four nuclear gene loci (Ras1, RAG1, RAG3' and IGF2). From the analyzed samples, eighteen haplotypes were detected from which five of them were private. Frequency of the private haplotypes were low. Therefore, they can not be used as a discriminator of the populations. Analysis revealed that haplotypes form four clades. In the newly imported fish from the USA, the haplotypes mainly from the clade mfour was observed. In other remaining populations which have been in hatcheries for some time and are in mixed origin, either haplotypes from clades 1-3 or from all 4 were present. It was observed that the hatchery populations in Turkey and newly imported one from USA are generally very similar to each other with respect to their levels of heterozygosities. Haplotype diversities within the populations are relatively higher than that of nucleotide diversities, suggesting common origin of the population. Still, regional differences can be visualized on the majority rule consensus tree. Environmental conditions were also important for the rainbow trout production. Although, populations from Antalya region shows close relation due to their common origin, questionnaires indicated the presence of low growth in one of the hatcheries which can be attributed to the low fingerling water temperature.
Benzer Tezler
- Meme kanserinde ros1 genindeki değişikliklerin FISH tekniği ile incelenmesi
Analysis of Ros1 Gene Changes in Breast Cancer Using FISH
SÜMEYYE ERTUĞRUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikŞifa ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. IŞIN KAYA
PROF. DR. MEHMET KORKMAZ
- Akciğer adenokarsinomlarında ros1 mutasyonunun floresan in situ hibridizasyon ve immünohistokimyasal yöntemlerle tespit edilmesi
Determination of ros1 mutation in lung adenocarcinomas by fish and immunohistochemical methods
ÖZLEM KARA
- Akciğer adenokarsinomlarında ros1 gen yeniden düzenlenmesinin floresan insitu hibridizasyon (FİSH) ve immünohistokimyasal yöntemle araştırılması
The investigation of ros1 gene rearrangement in lung adenocarcinoma by fluorescent in situ hybridization (FİSH) and immunohistochemical method
ERDEM AYIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Moleküler TıpAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İREM HİCRAN ÖZBUDAK
- Konveks prob endobronşial ultrasonografi eşliğinde transbronşial iğne aspirasyonu ile akciğer adenokarsinomu ve spesifiye edilemeyen tip (NOS)tanısı konulan örneklerin egfr, alk ve ros1 mutasyonu çalışılması için yeterliliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of diagnostic adequacy for EGFR, alk and ros1 mutation in lung adenocarcianoma and not otherwise specified via endobronchial ultrasound guided transbronchial needle aspiration
TUĞBA ÇİÇEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
UZMAN AYPERİ ÖZTÜRK
- Akciğer adenokanseri tanılı gen mutant (EGFR, ALK, ROS1 GEN MUT) hastaların mutasyonu olmayan hastalarla radyolojik olarak karşılaştırılması
CT features of mutated non-small lung carcinoma of the lung: Comparison with non-mutated non-small lung carcinoma
AGAH BARAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Radyoloji ve Nükleer TıpDokuz Eylül ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR BALCI