The Pattern of genetic variation of pinus brutia ten populations from southern Turkey determined by nuclear SSR markers
Nükleer SSR genetik belirteçleriyle Türkiye'nin güneyindeki, pinus brutia ten populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi
- Tez No: 116098
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA, DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Pinus brutia Ten, n-SSR genetic belirteçleri, genetik çeşitlilik, kendileme, haplotip çeşitliliği, demografi, tarihi yeniden yapılanma. vııı, Pinus brutia Ten, n-SSR markers, genetic variation, inbreeding, demographic change, haplotype diversity, historical reconstruction
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 183
Özet
ÖZ NÜKLEER SSR GENETİK BELİRTEÇLERİYLE TÜRKİYE'NİN GÜNEYİNDEKİ, PINUS BRUTIA TEN. POPULASYONLARINDA GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİN BELİRLENMESİ ERSÖZ ÖZEL, Elhan S. Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Zeki KAYA Ortak Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Sertaç ÖNDE Eylül 2001, 165 sayfa Bu çalışmada, Türkiye'nin Akdeniz bölgesinden seçilen 3 doğal ve 3 bozulmuş Kızılcam populasyonunda (Alanya-Kargı, Manvgat-Yaylaalan, Antalya-Çalkaya, Fethiye-Yapraktepe, Burdur-Gölhisar ve Çameli-Göldağ) genetik çeşitliliğin belirlenmesi amacıyla nükleer Basit Dizilimli Tekrar (Nuclear Simple Sequence Repeats: n-SSR) genetik belirteçleri kullanılmıştır. Elde edilen veriler, yerleşim birimlerine yakın populasyonlardaki fragmentasyonun ve bozulmanın niceliği ve Akdeniz bölgesindeki kızılcam populasyonunun demografik geçmişi hakkında bilgi sahibi olmak amacıyla kullanılmıştır. vıBaşlangıçta 25 n-SSR primeri tarandı ve en iyi sonuç veren 4 tanesi ile, 3 bozulmaya uğramış, 3 de doğal olduğu varsayılan kızılcam populasyonundan genetik veri toplandı. 4 n-SSR markörü ile 121 polymorfik lokus belirlemiştir. Bu 121 lokusun hepsi de Alanya-Kargı, Manavgat- Yaylaalan, Fethiye-Yapraktepe ve Burdur-Gölhisar populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi amacıyla kullanılabilirken, Antalya-Çalkaya populasyonu için sadece 76, Çameli- Göldağ populasyonu için sadece 20'si ve Burdur-Gölhisar içinse 58'l kullanılabilmiştir. Tüm populasyonlar için genetik çeşitlilik ortalama 95.97 civarında belgelenmiştir ki bu yüksek bir değerdir. Genetik çeşitliliğin göstergesi olan gözlenen hetrozigotluk minimum 0.31 (Burdur-Gölhisar) ile maksimum 0.41 değerleri arasında değişmekte olup, bu değerler, kızılcamın genetik farklılaşmasının yüksek oduğunu göstermektedir. Haplotipler üzerinde yapılan Moleküler Çeşitlilik Analizi (AMOVA) sonucuna göre, toplam farklılaşmanın % 97, 20'si“populasyon içi farklılaşma”dan kaynaklanmaktadır. Doğal ve bozulmuş populasyonlar birbirlerinden belirgin bir farklılık göstermeseler de doğal populasyonların gözlenen ve beklenen polimorfizmlerinin daha az olduğu gözlenmektedir. Bu sonuç, parçalanmamış populasyonların doğal izolasyonunun bu populasyonlarda kendilemeye sebep olmasına ve ortaya konan polimorifmin azalmasına işaret etmektedir Rastgele-Eşleme dağılım histogramları populasyonların tümünün son 10 000 yıl içerisinde bir demografik değişim geçirmiş olduğunu göstermektedir. vııGenetik uzaklık verilerine göre, Burdur-Gölhisar populasyonunun, bütün populasyonların atası olan ve parçalanarak bölgedeki populasyonları oluşturan ana populasyona en yakın genetik yapıda olduğu saptanmıştır. Mutasyon ve göç oranlarına dayanılarak yapılan analız göstermektedir ki, Burdur-Gölhisar populasyonu, bölgedeki diğer populasyonlardan, oldukça fazla sayıda göç almış ve sonuçta şu andaki genetik yapısına ulaşmıştır. Sonuç olarak, üzerinde çalışılan lokuslara dayanılarak, populasyonlar üzerinde uzun süredir etkili olduğu bilinen tüm faktörlere rağmen ve her ne kadar Çameli-Göldağ ve Antalya-Çalkaya populasyonları, polimorfizmlerinde belirgin bir azalma gösterseler de, genel olarak populasyonların sağlıklı bir genetik yapı sergiledikleri söylenebilir. Bu kaybın sebeplerinin belirlenmesi ve gerekli önlemlerin alınması için ilave çalışmalar gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT THE PATTERN OF GENETIC VARIATION OF PINUS BRUTIA TEN. POPULATIONS FROM SOUTHERN TURKEY DETERMINED BY NUCLEAR SSR MARKERS ERSÖZ ÖZEL, Elhan S. M.Sc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Zeki KAYA Co-Supervisor : Assoc. Prof. Dr. Sertaç ÖNDE September 2001, 163 pages In this study, nuclear Simple Satellite Repeat (n-SSR) markers were used to determine the genetic diversity in 6 populations( 3 natural and 3 over-exploited) of Pinus brutia (Turkish red pine) sampled from the Mediterrenean region of Turkey(Alanya-Kargı, Manavgat- Yaylaalan, Antalya- Çalkaya, Fethiye-Yapraktepe, Burdur-Golhisar and Çameli-Göldağ). With the n-SSR data, the evaluation of the degree of fragmentation and over- exploitation on the populations close to human inhabitancies and for the reconstruction of the demographic history of the Mediterrenean population of Turkish red pine were aimed. Initially 25 n-SSR primers were screened and n-SSR data was calculated with the best yielding 4 n-SSR primers. 4 n-SSR mmarkers yieled 121 polymorphic alleles. All 121 of these loci were used for determination of gene diversity for populations of Alanya-Kargı, Manavgat Yaylaalan, Fethiye-Yapraktepe and Burdur-Gölhisar while for Antalya Çalkaya, Çameli-Göldağ and Burudur-Gölhisar the number of usable loci were 76 and 20 and 58, respectively. The mean genetic diversity for all populations was about 95.97 implying very high levels of variability. The estimated heterozygosity indicated that Turkish red pine exhibits high levels of genetic differentiation ranging from Ho=0.31 in Burdur-Gölhisar to 0.41 in Fethiye-Yapraktepe. Analysis of Molecular Variance showed that, 97.20 % of the total variace was attributed to trees“within population”. Although natural and degraded populations did not vary significantly in expected and observed heterozygosities, a slight decrease in polymorphism was observed. This result suggests that natural isolation of the un-exploited populations lead them to increased inbreeding and loss of expressed polymorphism for the examined loci. Mismatch distribution histograms revealed that 211 of the populations, except Burdur-Çameli, Alanya-Kargı, Antalya-Çalkaya and Burdur-Gölhisar, have experienced a demographic change in the last 10,000 years. According to genetic distance data, Burdur - Gölhisar population is the population has genetic structure closest to the ancestral population from which all the studied populations may have diverged. Analysis of mutation rates and possible number of immigrantion between populations revealed that Burdur - Gölhisar population has received a high number of immigrants from other populations, thus resulting with its current genetic structure. As a conclusion, based on the loci studied, it can be asserted that aside from the factors effecting these populations for a long period of time, all the populations exhibit a healty genetic structure, eventhough Çameli- Göldağ and Antalya-Çalkaya populations exhibit a significant loss of polymorphism. Further studies on these populations are required to IVdetermine the causes of this loss and take the precautions required to prevent further losses.
Benzer Tezler
- Genetics a physiology of cold and drought resistance in Turkish red pine populations from Southern Turkey
Türkiye'nin güneyinden örneklenen kızılçam (pinus brutia ten) popülasyonlarında soğuğa ve kuraklığa dayanıklılığın genetiği
GAYE KANDEMİR
Doktora
İngilizce
2002
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE
- The Patterns of genetic variation in pinus brutia ten (Turkish red pihe) seed stends: İmplications for in situ conservation
Kızılçam (Pinus brutia ten.) tohum meşcerelerindeki genetik çeşitliliğinin yapılanması: Yerinde koruma (In-situ) için önemi
HASAN ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Genetic variation in shoot growth patterns in pinus brutia TEN
Kızılçam (Pinus brutia TEN) populasyonlarında sürgün büyümesinin genetik farklılıkları
TOLGA YILDIRIM
- The Impact of anthropogenic factors on the composition of genetic variation on pinus brutia ten. populations determined by DNA markers
İnsan kaynaklı faktörlerin pinus brutia ten. populasyonlarındaki genetik çeşitliliğe etkilerinin DNA markörler vasıtasıyla belirlenmesi
YILDIRAY LİSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE
- The Genetic structure of cedrus libani A. rich populations dekermined by DNA markers
Cedrus libani A. rich populasyonlarındaki genetik yapılanmanın RAPD markörler tarafından belirtilmesi
GÖĞÇE CEREN KAYIHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE