Molecular characterization of multi-drug resistant salmonella isolates in Turkey
Türkiye'deki çoklu antibiyotik dirençliliği gösteren salmonella izolatlarının moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 116497
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: S. enteritidis, S. typhimurium, S. havana, çoklu antibiyotik dirençliliği (antibiyogram), Plasmit profil analizi, Kolisin üretimi, Lipopolisakkarit (LPS) profili, Dış zar protein (OMP) profili. vı, 5". enteritidis, S. typhimurium, S. havana, Multi-drug resistance (antibiogram), Plasmid profile analysis, Colicinogeny, Lipopolysaccharide (LPS) profile, Outer membrane protein (OMP) profile. IV
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
oz TÜRKİYE'DEKİ ÇOKLU ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİĞİ GÖSTEREN SALMONELLA İZOLATLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU Elpek, Kutlu Göksu Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Yardımcı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Candan Gürakan Eylül, 2001, 90 sayfa Bu çalışmada, Türkiye kökenli Salmonella izolatları plazmid ve antibiyotik dirençliliği profilleri, kolisinojeni, lipopolisakkarit ve dış zar protein profilleri bakımından karakterize edilmiştir. Daha önce kolisinojeni dışındaki özellikleri bakımından karakterize edilmiş olan 82 S. enteritidis izolatında kolisin üretimi kloroform-yayma metodu ile test edilmiştir. Bu izolatlarda kolisin üretiminin yaygın olmadığı belirlenmiştir. Bu izolatlardan sadece biri (A 19; tavuk kökenli) kolisin üretmiştir. Daha önce plazmidleri ve antibiyotik dirençliliği bakımından analiz edilmiş olan ve çoklu ilaç dirençliliği gösteren 35 S. typhimuriıun izolatı kolisin üretimi, lipopolisakkarit ve dış zar protein profilleri bakımından karakterize edilmiştir. Bu izolatların 14'ünde (35%) kolisin üretimi gözlenmiştir. Bu izolatlarda lipopolisakkaritler, proteinase-K ile yıkım metodu ile elde edilmiş ve SDS-PAGEyöntemi kullanılarak incelenmiştir. Bütün izolatların düzgün (smooth) tip lipopolisakkarit içerdiği gösterilmiştir. Dış zar proteinleri sarkozil ekstraksiyonu ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelenmiştir. Yirmialtı (74.3%) izolatta 30.4 ve 34.6 kDa, 3 (8.6%) izolatta sadece 30.6 kDa, 6 (17.1%) izolatta da 27.2, 30.6 ve 34.6 kDa ağırlığında dış zar proteinleri görülmüştür. İzolatların plazmid DNA profilleri, antibiyotik dirençlilikleri, kolisin üretimleri, lipopolisakarit ve dış zar proteini profilleri arasında bir bağlantı kurulamamıştır. Kolisin üreten, sefalotin (Ckf) ve piperasilin (Prl) dirençli lokal bir S. havana (H32) izolatınm 54, 28.4, 2.7 ve 1.9 kb ağırlığında plazmidler taşıdığı saptanmıştır. Bu izolatın plazmidleri yok edildiğinde kolisin üretimi, antibiyotik dirençlilikleri ve düzgün tip lipopolisakkarit özellikleri ve ayrıca ayrıca 34.6 kDa ağırlığındaki dış zar proteini kaybolmuştur. Bu izolatın plazmid içermeyen ve nalidiksik asit (Nal) dirençli türevi konjugasyon yoluyla plazmid transferi deneylerinde kullanılmıştır. Elde edilen 27 transkonjuganttan 10'u Nal ve Prl, 10'u Nal ve Ckf, 7'si de Nal, Prl ve Ckf dirençli olarak gözlenmiştir. Ckf dirençliliğinin 54 kb, Prl dirençliliğinin ise 28.4 kb ağırlığındaki plazmidlerle belirlendiği saptanmıştır. Transkonjugantlarda plazmid içeriği ile kolisin üretimi, lipopolisakkarit ve dış zar protein profilleri arasında bir bağlantı olmadığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT MOLECULAR CHARACTERIZATION OF MULTI-DRUG RESISTANT SALMONELLA ISOLATES IN TURKEY Elpek, Kutlu Göksu M. Sc. Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Co-supervisor: Assoc. Dr. Candan Gürakan September, 2001, 90 pages In the present study, Salmonella isolates of human-, chicken- and egg-origin from Turkey were characterized for their plasmid contents, antibiotic resistance profiles, colicinogeny, lipopolysaccharide (LPS) and outer membrane protein (OMP) profiles. Eighty-two S. enteritidis isolates, which were previously characterized for the properties except for colicinogeny, were tested for colicin production by chloroform-overlay method. Colicin production was not common for these isolates since only one isolate (A19; from chicken) produced colicin. 35 multi-drug resistant Salmonella typhimurium isolates which were previously examined for antibiotic resistance patterns and plasmid contents were further characterized for colicinogeny, lipopolysaccharide (LPS) and outer membrane protein (OMP) profiles. Fourteen of these (40%) isolates were found to iiibe colicin producers. LPS profile analysis was performed by proteinase-K digestion method followed by SDS-PAGE. All isolates showed smooth type LPS. OMPs were isolated by sarcosyl extraction method. SDS-PAGE of OMPs revealed that in 26 of the (74.3%) isolates, OMPs of 30.6 and 34.6 kDa were observed whereas 3 (8.6%) of them were found to carry only a 30.6 kDa protein and 6 (17.1%) carried 27.2, 30.6 and 34.6 kDa proteins. There was no direct correlation between plasmid contents, antibiotic resistance patterns, colicinogeny, LPS and OMP profiles of the isolates. A colicin- producing, cephalothin (Ckf) and piperacillin (Prl)-resistant local isolate of Salmonella havana (H32) harboured four plasmids of 54, 28.4, 2.7 and 1.9 kb, respectively. Upon curing its plasmids, the strain lost the ability to produce colicin and resistance to the antibiotics and no longer expressed smooth lipopolysaccharide (LPS). The outer membrane protein (OMP) of 34.6 kDa was also lost. The nalidixic acid (Nal) resistant mutant of the cured strain was used in conjugation experiments. Ten out of 27 transconjugants were found to be resistant to Nal and Prl, 10 were resistant to Nal and Ckf and 7 showed Nal, Prl and Ckf resistance. It was revealed that Ckf and Prl resistance were determined by 54 and 28.4 kb plasmids, respectively. There was no direct correlation between plasmid contents and colicinogeny, LPS and OMP profiles between transconjugants.
Benzer Tezler
- Çoklu ilaç dirençli salmonella suşlarının tanısı ve moleküler karakterizasyonu
Isolation and molecular characterization of multi drug resistant salmonella strains
NESLİHAN TAŞKALE
- Characterization of plasmids from multi drug resistant Salmonella infantis isolates
Çoklu ilaç dirençli Salmonella infantislerin plazmidlerinin karakterizasyonu
SACİDE ÖZLEM AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Kentsel su döngüsünde mikrobiyal kontaminantların sürveyanı: Fırsatçı patojenlerin moleküler karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç profilinin araştırılması
Microbial contaminants surveillence in the urban water cycle: Molecular characterization of oppurtunistic pathogens and antimicrobial resistance profile
BİNNUR KIRATLI
- İnvaziv enfeksiyonlardan izole edilen çoklu ilaç dirençli asinetobakter suşlarında, direncin moleküler karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) ve MLST (Multi locus sequencing typing ) ile karşılaştırılması
Molecular characterization resistance in MDR (Multi drug resistance) acinetobacter strains isolated from invasive infections, comparison of the relationship between strains with karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) and MLST (Multi locus sequencing typing )
FERİDE AKIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Endüstriyel atık sulardan izole edilen çinko ve mangan dirençli bakterilerin tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of zinc- and manganese- resistant bacteria isolated from industrial effluents
SEVİLAY AKBULUT