Phenotypic and genetic characterization of antimicrobial resistance in salmonella isolates from different sources in Turkey
Türkiyede farklı kaynaklarda bulunan salmonella izolatlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin fenotipik ve genetik karakterizasyonu
- Tez No: 416600
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Gıda Mühendisliği, Mikrobiyoloji, Genetics, Food Engineering, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 206
Özet
Salmonella enterica subsp. enteric serovarları, dünyada en fazla bakteriyel gıda-kaynaklı enfeksiyonlarına neden olan mikroorganizmalardır. Çokluilaç-dirençli (ÇİD) Salmonella, bu dirençlilik tedavi ile çakıştığında insan sağlığı açısından büyük bir ilgi oluşturmaktadır. Ayrıca, bu direnç genleri yakın ilişkili diğer insan patojenleri arasında paylaşılabilmektedir. Bu nedenle, tarladan çatala kadar Salmonella'nın antimikrobiyal duyarlılığının kontrolü önemli bir konudur. Bu çalışmanın amacı doğrultusunda, farklı kaynaklardaki (hayvan, insan ve gıdalar) Salmonella izolatları arasında fenotipik ve genetik antimikrobiyal dirençlilik değişimleri belirlenmiştir. Fenotipik karakterizasyon için disk difüzyon ve minimum inhibisyon konsantrasyon metodları kullanılacaktır. Genetik karakterizasyon içinse, beta-laktam, kloramfenikol, aminoglikozit, sulfonamit ve tetrasiklin dirençlilik genlerini kodlayan genler çalışılmıştır. Sonuçta, genetik çalışma için antimikrobiyal dirençlilik genlerini kodlayan 21 bölge (blaTEM-1, blaPSE-1 (AKA CARB-2), blaCMY-2, ampC, cat1, cat2, flo, cmlA, aadA1, aadA2, strA, strB, aacC2, aphA1-Iab, dhfrI, dhfrXII, sulI, sulII, tetA, tetB, tetG) çoğaltılmıştır. Bazı dirençlilik genlerinin birlikte bulunması, Salmonella izolatlarında mobil genetik elementlerin bulunma ihtimalini ortaya atmıştır. Bu nedenle, plazmid ve Sınıf 1 integronlar araştırılmıştır. Virulant özelliklerinin incelenmesi amacıyla da, ctdB, gatC, gogB, hlyE, pefA, ssek3, sseI, sspH, sodC, sopE, STM 2759, tcfA genleri bu izolatlarda aranmıştır. Sonuçlar, izolat kaynağına (gıda, hayvan ve insan) ve serovar tipine göre analiz edimiştir. Çalışma, tarladan çatala kadar izole edilen Salmonella'ların antimikrobiyal duyarlılık profilleri hakkında bilinmeyenleri açıklamaktadır. Çalışmamız patojenite alanında yapılmış ilerici bir araştırma olma potensiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Salmonella enterica subsp. enteric serovars are responsible for causing the highest number of bacterial foodborne infections in the world. Antimicrobial resistance (AR) and virulence of Salmonella isolates play a critical role in systemic infections and they impose great concern to human health in severe salmonellosis cases when multidrug resistance interferes with treatment. Also, antimicrobial resistance genes might be shared with closely related human pathogens. Therefore, antimicrobial susceptibility monitoring of isolates from farm/field to fork is very crucial. The objective of this study was to determine the phenotypic and genetic variations of the AR among Salmonella isolates from different sources (i.e., animal, human, and foods). Disk diffusion and MIC methods were used for phenotypic characterization of AR in Salmonella isolates. For genotyping characterization, beta-lactam, chloramphenicol, aminoglycoside, sulfonamide and tetracycline resistance coding genes were studied. At the end, 21 regions of known antimicrobial resistant coding genes (blaTEM-1, blaPSE-1, blaCMY-2, ampC, cat1 ,cat2, flo, cmlA, aadA1, aadA2, strA, strB, aacC2, aphA1-Iab, dhfrI, dhfrXII, sulI, sulII, tetA, tetB, tetG) were amplified to determine genetic variation of AR. The co-presence of some antimicrobial resistance genes had raised the question of mobile genetic elements presence, thus occurrence of plasmids and class 1 integrons on the isolates were analyzed. To investigate the virulence characteristics, ctdB, gatC, gogB, hlyE, pefA, ssek3, sseI, sspH, sodC, sopE, STM 2759, tcfA genes were screened on the isolates. The results were analyzed according to the source of isolate (food, animal, and human), the type of serovar. Our study fills the gap of limited relevant study about the antibiotic susceptibility profile of Salmonella isolates from farm/field to fork. Our study has the potential of being a progressive work conducted in the pathogenicity area.
Benzer Tezler
- Lokal olarak izole edilen laktik asit bakterilerinin probiyotik olarak kullanılabilme potansiyellerinin araştırılması
Investigation of the potential use of locally isolated lactic acid bacteria as probiotics
SÜMEYYE AKBULUT
Doktora
Türkçe
2023
Gıda MühendisliğiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ADIGÜZEL
- Isolation of Arcobacter species from different water sources and characterization of isolated species by molecular techniques
Çeşitli su kaynaklarından Arcobacter türlerinin izolasyonu ve izole edilen türlerin moleküler yöntemlerle tanımlanması
FUNDA AKINCIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF BARAN
PROF. DR. HALİL İBRAHİM ATABAY
- Klinik izolatlardan elde edilen Staphylococcus aureus suşlarının fenotipik ve genotipik yöntemler ile tanımlanması ve karşılaştırılması
Identification and comparison of clinical isolate Staphylococcus aureus strains by phenotyping and genotyping methods
ESRA DENİZ ÜSLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NİLÜFER AKSÖZ
- Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi
Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods
MURAT KEMAL AVCI
Doktora
Türkçe
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- The effect of Helicobacter felis on macrophage polarization
Helicobacter felis'in makrofaj polarizasyonu üzerine etkisi
ASLI KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN