Phenotypic and genetic characterization of antimicrobial resistance in salmonella isolates from different sources in Turkey
Türkiyede farklı kaynaklarda bulunan salmonella izolatlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin fenotipik ve genetik karakterizasyonu
- Tez No: 416600
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Gıda Mühendisliği, Genetics, Microbiology, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Gıda güvenliği, Gıda mikrobiyolojisi, Moleküler genetik, Food safety, Food microbiology, Molecular genetic
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Salmonella enterica subsp. enteric serovarları, dünyada en fazla bakteriyel gıda-kaynaklı enfeksiyonlarına neden olan mikroorganizmalardır. Çokluilaç-dirençli (ÇİD) Salmonella, bu dirençlilik tedavi ile çakıştığında insan sağlığı açısından büyük bir ilgi oluşturmaktadır. Ayrıca, bu direnç genleri yakın ilişkili diğer insan patojenleri arasında paylaşılabilmektedir. Bu nedenle, tarladan çatala kadar Salmonella'nın antimikrobiyal duyarlılığının kontrolü önemli bir konudur. Bu çalışmanın amacı doğrultusunda, farklı kaynaklardaki (hayvan, insan ve gıdalar) Salmonella izolatları arasında fenotipik ve genetik antimikrobiyal dirençlilik değişimleri belirlenmiştir. Fenotipik karakterizasyon için disk difüzyon ve minimum inhibisyon konsantrasyon metodları kullanılacaktır. Genetik karakterizasyon içinse, beta-laktam, kloramfenikol, aminoglikozit, sulfonamit ve tetrasiklin dirençlilik genlerini kodlayan genler çalışılmıştır. Sonuçta, genetik çalışma için antimikrobiyal dirençlilik genlerini kodlayan 21 bölge (blaTEM-1, blaPSE-1 (AKA CARB-2), blaCMY-2, ampC, cat1, cat2, flo, cmlA, aadA1, aadA2, strA, strB, aacC2, aphA1-Iab, dhfrI, dhfrXII, sulI, sulII, tetA, tetB, tetG) çoğaltılmıştır. Bazı dirençlilik genlerinin birlikte bulunması, Salmonella izolatlarında mobil genetik elementlerin bulunma ihtimalini ortaya atmıştır. Bu nedenle, plazmid ve Sınıf 1 integronlar araştırılmıştır. Virulant özelliklerinin incelenmesi amacıyla da, ctdB, gatC, gogB, hlyE, pefA, ssek3, sseI, sspH, sodC, sopE, STM 2759, tcfA genleri bu izolatlarda aranmıştır. Sonuçlar, izolat kaynağına (gıda, hayvan ve insan) ve serovar tipine göre analiz edimiştir. Çalışma, tarladan çatala kadar izole edilen Salmonella'ların antimikrobiyal duyarlılık profilleri hakkında bilinmeyenleri açıklamaktadır. Çalışmamız patojenite alanında yapılmış ilerici bir araştırma olma potensiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Salmonella enterica subsp. enteric serovars are responsible for causing the highest number of bacterial foodborne infections in the world. Antimicrobial resistance (AR) and virulence of Salmonella isolates play a critical role in systemic infections and they impose great concern to human health in severe salmonellosis cases when multidrug resistance interferes with treatment. Also, antimicrobial resistance genes might be shared with closely related human pathogens. Therefore, antimicrobial susceptibility monitoring of isolates from farm/field to fork is very crucial. The objective of this study was to determine the phenotypic and genetic variations of the AR among Salmonella isolates from different sources (i.e., animal, human, and foods). Disk diffusion and MIC methods were used for phenotypic characterization of AR in Salmonella isolates. For genotyping characterization, beta-lactam, chloramphenicol, aminoglycoside, sulfonamide and tetracycline resistance coding genes were studied. At the end, 21 regions of known antimicrobial resistant coding genes (blaTEM-1, blaPSE-1, blaCMY-2, ampC, cat1 ,cat2, flo, cmlA, aadA1, aadA2, strA, strB, aacC2, aphA1-Iab, dhfrI, dhfrXII, sulI, sulII, tetA, tetB, tetG) were amplified to determine genetic variation of AR. The co-presence of some antimicrobial resistance genes had raised the question of mobile genetic elements presence, thus occurrence of plasmids and class 1 integrons on the isolates were analyzed. To investigate the virulence characteristics, ctdB, gatC, gogB, hlyE, pefA, ssek3, sseI, sspH, sodC, sopE, STM 2759, tcfA genes were screened on the isolates. The results were analyzed according to the source of isolate (food, animal, and human), the type of serovar. Our study fills the gap of limited relevant study about the antibiotic susceptibility profile of Salmonella isolates from farm/field to fork. Our study has the potential of being a progressive work conducted in the pathogenicity area.
Benzer Tezler
- İki melez pamuk populasyonunda verim ve verimle ilgili özellikler üzerinde araştırma
Başlık çevirisi yok
MEVLÜT TOS
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
ZiraatEge ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ HAZIM EMİROĞLU
- Genital organ anomalisi gösteren olgularda kromozom ve x kromatini analizi
Chromosom and x chromatin analysis in the cases have genital organ anomalies
MUSTAFA SOLAK
- Köy koşullarındaki tahirova x kıvırcık melezi koyunlarında çeşitli verimlerle ilgili genetik parametreler
Başlık çevirisi yok
ATİLLA PEKİYİ
- Acıpayam erkek kuzularının besi ve karkas özellikleri ile kimi fenotipik ve genetik parametreler
Fattening performance and carcass characteristics of Acıpayam ramlambs and some phenotypic and genetic parameters
ORHAN KARACA
- 9 melez mısır çeşidinin 2. ürün koşullarında agronomik ve kalite özellikleri üzerinde çalışmalar
Başlık çevirisi yok
SELMA ÇİFTÇİ