PCR-based typing studies on Lactobacillus plantarum strains
Lactobacillus plantarum suşlarında PCR esaslı tiplendirme çalışmaları
- Tez No: 118998
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL, PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
oz LACTOBACILLUS PLANTARUM SUŞLARINDA PCR ESASLI TİPLENDİRME ÇALIŞMALARI Dede, Filiz Yüksek Lisans, Biyokimya Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Yardımcı Tez Danışmanı: Prof.Dr. Hüveyda Başağa Eylül 2002, 61 sayfa Lactobacillus plantarum gıda endüstrisinde geniş ticari uygulamaları olan bir mikroorganizmadır, fakat bazı durumlarda tanımlanmaları ne kolay ne de güvenilir olmamıştır. Bu çalışmanın amacı, Lactobacillus plantarum suşlarının tanımlanmasında PCR ribotipleme yönteminin uygulanabilirliğini araştırmaktır. Alternatif bir yöntem olarak RAPD de kullanılmıştır. PCR ribotipleme 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgede bulunan farklılıkları esas alan yeni bir moleküler tanımlama yöntemidir. Buna karşın RAPD 'de bir parmakizi oluşturmak için dizilimi rastgele seçilmiş kısa oügonükleotitler kullanılır. PCR ribotiplemede, 16S ve 23 S rRNA genlerindeki korunmuş bölgeler kullanılarak iki primer çifti tasarlanmıştır. Bu primerler 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgeyi PCR' da çoğaltmak için kullanılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri, değişik bant desenleri elde etmek için restriksiyon endonükleazları ile kesilmiştir. Buna karşın, RAPD 'de rastgele primerler kullanılmıştır.,-,, Om/ mt t,
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PCR-BASED TYPING STUDIES ON LACTOBACILLUS PLANTARUM STRAINS Dede, Filiz M. Sc, Department of Biochemistry Supervisor: Assoc. Prof. Zümrüt Begüm Ögel Co-supervisor: ProfDr. Hüveyda Başağa September 2002, 61 pages Lactobacillus plantarum has a wide range of commercial applications in the food industry, but in several cases their identification has never been easy or reliable. The aim of the present work was to examine whether PCR ribotyping could be of value in the identification of Lactobacillus plantarum species. RAPD was also used as an alternative method. PCR ribotyping is a novel method in molecular typing that is based on polymorphism in the 16S-23S rRNA intergenic spacer region, while in RAPD, short oligonucleotides of arbitrarily chosen sequence are used as the primers to generate a fingerprint. For PCR ribotyping, two primer pairs were designed using the conserved regions in 16S and 23 S rRNA genes. These primers were used in PCR to amplify the intergenic spacer region between 16S-23S rRNA genes. The obtained PCR products were digested by restriction endonucleases in order to have different banding patterns. Whereas, in RAPD, arbitrary primers were used to obtain banding patterns. IllRAPD has been shown to be applicable for distinguishing Lactobacillus plantarum at a strain level. Moreover, a common PCR product was found for most Lactobacillus plantarum strains by the randomly designed oligonucleotide primer P4 (5'-GCA NGT CGC-3'). On the other hand, PCR ribotyping was found to be an inefficient method for typing Lactobacillus even at the species level. Keywords : L. plantarum, PCR ribotyping, intergenic spacer region, RAPD. IV
Benzer Tezler
- Molecular identification and typing of Lactobacillus delbrueckii subspecies Bulgaricus and Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii alt tür Bulgaricus ve Streptococcus thermophilus moleküler tanıları ve tiplendirilmeleri
AYSUN CEBECİ AYDIN
Doktora
İngilizce
2008
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi
Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology
FATMA ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Ankilozan spondilit hastalarında mevalonat kinaz gen polimorfizmlerinin araştırılması
Studying mevalonate kinase gene polymorphisms in patients with ankylosing spondylitis
FATİH YILDIZ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2013
RomatolojiÇukurova Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EREN ERKEN
- Mersin yöresinde KIR genleri frekanslarının belirlenmesi
Determination of KIR gene Frequencies in Mersin District
ÖZLEM GÖRÜROĞLU ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
BiyokimyaMersin ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜRBÜZ POLAT
- Kanatlı orijinli Salmonella ınfantis suşlarında CRISPR analizi
CRISPR analysis in Salmonella infantis strains of poultry origin
ÖZGE ERDOĞAN
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET AKAN