PCR-based typing studies on Lactobacillus plantarum strains
Lactobacillus plantarum suşlarında PCR esaslı tiplendirme çalışmaları
- Tez No: 118998
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL, PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: L. plantarum, PCR ribotipleme, genler arası bölge, RAPD. VI, Lactobacillus plantarum, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, RAPD, Suşlar, L. plantarum, PCR ribotyping, intergenic spacer region, RAPD. IV, Lactobacillus plantarum, Polymerase chain reaction, RAPD, Strains
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz LACTOBACILLUS PLANTARUM SUŞLARINDA PCR ESASLI TİPLENDİRME ÇALIŞMALARI Dede, Filiz Yüksek Lisans, Biyokimya Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Yardımcı Tez Danışmanı: Prof.Dr. Hüveyda Başağa Eylül 2002, 61 sayfa Lactobacillus plantarum gıda endüstrisinde geniş ticari uygulamaları olan bir mikroorganizmadır, fakat bazı durumlarda tanımlanmaları ne kolay ne de güvenilir olmamıştır. Bu çalışmanın amacı, Lactobacillus plantarum suşlarının tanımlanmasında PCR ribotipleme yönteminin uygulanabilirliğini araştırmaktır. Alternatif bir yöntem olarak RAPD de kullanılmıştır. PCR ribotipleme 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgede bulunan farklılıkları esas alan yeni bir moleküler tanımlama yöntemidir. Buna karşın RAPD 'de bir parmakizi oluşturmak için dizilimi rastgele seçilmiş kısa oügonükleotitler kullanılır. PCR ribotiplemede, 16S ve 23 S rRNA genlerindeki korunmuş bölgeler kullanılarak iki primer çifti tasarlanmıştır. Bu primerler 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgeyi PCR' da çoğaltmak için kullanılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri, değişik bant desenleri elde etmek için restriksiyon endonükleazları ile kesilmiştir. Buna karşın, RAPD 'de rastgele primerler kullanılmıştır.,-,, Om/ mt t, <.-"?'.'Sonuç olarak RAPD'nin Lactobacillus' lan suş seviyesinde ayırt edebildiği görülmüştür. Çoğu Lactobacillus plantarum suşlarında gelişigüzel dizayn edilmiş oligonükleotit primer P4 (5'-GCA NGT CGC-3') kullanılarak ortak bir bant bulunmuştur. Diğer yandan, PCR ribotiplemenin Lactobacillus türlerini ayırt etmede etkili olmadığı görülmüştür.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PCR-BASED TYPING STUDIES ON LACTOBACILLUS PLANTARUM STRAINS Dede, Filiz M. Sc, Department of Biochemistry Supervisor: Assoc. Prof. Zümrüt Begüm Ögel Co-supervisor: ProfDr. Hüveyda Başağa September 2002, 61 pages Lactobacillus plantarum has a wide range of commercial applications in the food industry, but in several cases their identification has never been easy or reliable. The aim of the present work was to examine whether PCR ribotyping could be of value in the identification of Lactobacillus plantarum species. RAPD was also used as an alternative method. PCR ribotyping is a novel method in molecular typing that is based on polymorphism in the 16S-23S rRNA intergenic spacer region, while in RAPD, short oligonucleotides of arbitrarily chosen sequence are used as the primers to generate a fingerprint. For PCR ribotyping, two primer pairs were designed using the conserved regions in 16S and 23 S rRNA genes. These primers were used in PCR to amplify the intergenic spacer region between 16S-23S rRNA genes. The obtained PCR products were digested by restriction endonucleases in order to have different banding patterns. Whereas, in RAPD, arbitrary primers were used to obtain banding patterns. IllRAPD has been shown to be applicable for distinguishing Lactobacillus plantarum at a strain level. Moreover, a common PCR product was found for most Lactobacillus plantarum strains by the randomly designed oligonucleotide primer P4 (5'-GCA NGT CGC-3'). On the other hand, PCR ribotyping was found to be an inefficient method for typing Lactobacillus even at the species level.
Benzer Tezler
- Molecular identification and typing of Lactobacillus delbrueckii subspecies Bulgaricus and Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii alt tür Bulgaricus ve Streptococcus thermophilus moleküler tanıları ve tiplendirilmeleri
AYSUN CEBECİ AYDIN
Doktora
İngilizce
2008
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN
- HPV tiplerine göre sitolojide morfolojik bulgular
Morphological findings in cytology based on HPV types
BERFİN EKİN YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NERMİN KOÇ
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi
Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology
FATMA ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Hastanede yatan hastalarda genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitif escherichia coli ve klebsiella SPP.'ye bağlı idrar yolu enfeksiyonlarında risk faktörleri ve moleküler tiplendirme
Risk factors and molecular typing in urinary tract infections due to extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) positive e. coli and klebsiella species in hospitalized patients
GÜLÇİN OLTULU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiCelal Bayar ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM BANU ÇETİN
- Kanatlı orijinli Salmonella ınfantis suşlarında CRISPR analizi
CRISPR analysis in Salmonella infantis strains of poultry origin
ÖZGE ERDOĞAN
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET AKAN