Geri Dön

PCR-based typing studies on Lactobacillus plantarum strains

Lactobacillus plantarum suşlarında PCR esaslı tiplendirme çalışmaları

  1. Tez No: 118998
  2. Yazar: FİLİZ DEDE
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL, PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2002
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

oz LACTOBACILLUS PLANTARUM SUŞLARINDA PCR ESASLI TİPLENDİRME ÇALIŞMALARI Dede, Filiz Yüksek Lisans, Biyokimya Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Yardımcı Tez Danışmanı: Prof.Dr. Hüveyda Başağa Eylül 2002, 61 sayfa Lactobacillus plantarum gıda endüstrisinde geniş ticari uygulamaları olan bir mikroorganizmadır, fakat bazı durumlarda tanımlanmaları ne kolay ne de güvenilir olmamıştır. Bu çalışmanın amacı, Lactobacillus plantarum suşlarının tanımlanmasında PCR ribotipleme yönteminin uygulanabilirliğini araştırmaktır. Alternatif bir yöntem olarak RAPD de kullanılmıştır. PCR ribotipleme 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgede bulunan farklılıkları esas alan yeni bir moleküler tanımlama yöntemidir. Buna karşın RAPD 'de bir parmakizi oluşturmak için dizilimi rastgele seçilmiş kısa oügonükleotitler kullanılır. PCR ribotiplemede, 16S ve 23 S rRNA genlerindeki korunmuş bölgeler kullanılarak iki primer çifti tasarlanmıştır. Bu primerler 16S-23S rRNA genleri arasındaki bölgeyi PCR' da çoğaltmak için kullanılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri, değişik bant desenleri elde etmek için restriksiyon endonükleazları ile kesilmiştir. Buna karşın, RAPD 'de rastgele primerler kullanılmıştır.,-,, Om/ mt t,

Özet (Çeviri)

ABSTRACT PCR-BASED TYPING STUDIES ON LACTOBACILLUS PLANTARUM STRAINS Dede, Filiz M. Sc, Department of Biochemistry Supervisor: Assoc. Prof. Zümrüt Begüm Ögel Co-supervisor: ProfDr. Hüveyda Başağa September 2002, 61 pages Lactobacillus plantarum has a wide range of commercial applications in the food industry, but in several cases their identification has never been easy or reliable. The aim of the present work was to examine whether PCR ribotyping could be of value in the identification of Lactobacillus plantarum species. RAPD was also used as an alternative method. PCR ribotyping is a novel method in molecular typing that is based on polymorphism in the 16S-23S rRNA intergenic spacer region, while in RAPD, short oligonucleotides of arbitrarily chosen sequence are used as the primers to generate a fingerprint. For PCR ribotyping, two primer pairs were designed using the conserved regions in 16S and 23 S rRNA genes. These primers were used in PCR to amplify the intergenic spacer region between 16S-23S rRNA genes. The obtained PCR products were digested by restriction endonucleases in order to have different banding patterns. Whereas, in RAPD, arbitrary primers were used to obtain banding patterns. IllRAPD has been shown to be applicable for distinguishing Lactobacillus plantarum at a strain level. Moreover, a common PCR product was found for most Lactobacillus plantarum strains by the randomly designed oligonucleotide primer P4 (5'-GCA NGT CGC-3'). On the other hand, PCR ribotyping was found to be an inefficient method for typing Lactobacillus even at the species level. Keywords : L. plantarum, PCR ribotyping, intergenic spacer region, RAPD. IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    177508

    Molecular identification and typing of Lactobacillus delbrueckii subspecies Bulgaricus and Streptococcus thermophilus

    Lactobacillus delbrueckii alt tür Bulgaricus ve Streptococcus thermophilus moleküler tanıları ve tiplendirilmeleri

    AYSUN CEBECİ AYDIN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN

  2. Tez No

    447290

    Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi

    Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology

    FATMA ERDEM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ

  3. Tez No

    351175

    Ankilozan spondilit hastalarında mevalonat kinaz gen polimorfizmlerinin araştırılması

    Studying mevalonate kinase gene polymorphisms in patients with ankylosing spondylitis

    FATİH YILDIZ

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    RomatolojiÇukurova Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EREN ERKEN

  4. Tez No

    230475

    Mersin yöresinde KIR genleri frekanslarının belirlenmesi

    Determination of KIR gene Frequencies in Mersin District

    ÖZLEM GÖRÜROĞLU ÖZTÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyokimyaMersin Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜRBÜZ POLAT

  5. Tez No

    851899

    Kanatlı orijinli Salmonella ınfantis suşlarında CRISPR analizi

    CRISPR analysis in Salmonella infantis strains of poultry origin

    ÖZGE ERDOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET AKAN

Geri Dön