Geri Dön

Enfeksiyonlardan sıklıkla izole edilen streptococcus pneumoniae serotipleri için heterodupleks analizi ile serotiplendirme ve yöntemin gerçek zamanlı florometrik nükleik asit saptama sistemine uyarlanması

Serotyping the frequently isolated serotypes of streptococcus pneumniae byheteroduplex analysis and modificatio of this technique to real-time fluorometric nucleic acid detection system

  1. Tez No: 142388
  2. Yazar: AHMET PINAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ŞEMSETTİN USTAÇELEBİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Streptococcus pneumoniae, serotiplendirme, PCR, heterodupleks, Streptococcus pneumoniae, serotyping, PCR, heteroduplex
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

ÖZET Pınar, A. Enfeksiyonlardan sıklıkla izole edilen Streptococcus pneumoniae serotipleri için heterodupleks analizi ile serotiplendirme ve yöntemin gerçek zamanlı florometrik nükleik asit saptama sistemine uyarlanması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Programı Doktora Tezi, Ankara, 2004. Kapsül polisakkaritine bağlı serotiplendirme, Streptococcus pneumoniae enfeksiyonlarının epidemiyoloj isinde önemli bir yer tutmaktadır. Pnömokoklarda serotiplendirme, bakteri izolasyonunu takiben pahalı bir yöntem olan kapsül şişme reaksiyonu ile gerçekleştirilmektedir. Çalışmamızda kapsül şişme reaksiyonu yerine kullanılabilecek ve bakteri izolasyonu gerektirmeyen moleküler bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Ülkemizde pnömokokal enfeksiyonlardan en sık izole edilen serotiplerden 1, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 14, 15, 18, 19A, 19F, 22 ve 23 çalışmaya dahil edilmiştir. Yöntemin geliştirilmesi amacıyla öncelikle serotipi bilinen stok bakteriler kültürde üretilmiştir. DNA' lan otomatize nükleik asit izolasyon sistemi ile saflaştırıldıktan sonra, kapsül sentezi ile ilişkili ve serotipler arasında heterojenitenin en sık saptandığı genlerden cpsA ve cpsB, S.pneumoniae'yo. özgül olacak şekilde seçilen uygun primer seti kullanılarak PCR ile amplifiye edilmiştir. 1.8 kilobaz uzunluğundaki ürünler serotip 1 ile heterodupleks analizine alınmıştır. Heterodupleks analizi ile elde edilen heterodupleks paternleri ve homodupleks ürünler %8'lik poliakrilamid jel elektroforeziyle gösterilmiştir. Jelde serotip 1, 6, 14, 19F ve 22 heterodupleks vermeyerek homodupleks grubunu oluşturmuş, serotip 3, 5, 7, 8, 9, 11, 15 ve 23 kendilerine özgül ayrı heterodupleks bant paternleri gösterirken, serotip 18 ve 19A kendilerine özgül fakat aynı paternde bant vermişlerdir. Serotip 5 ile yapılan heterodupleks analizinde, homodupleks grubunda bulunan serotip 1 ve 6, diğerlerinden ayrılmışlardır. Daha sonra yöntem, gerçek zamanlı florometrik nükleik asit saptama sistemine uyarlanmış, erime derecesi analiziyle heterodupleksler homoduplekslerden özgül prob gereksinimi olmaksızın ayrılmıştır. Sonuç olarak heterodupleks analizi ile serotiplendirme yöntemi, bakteri izolasyonuna gerek kalmadan, kısa sürede pnömokok serotip ön bilgisine ulaşılmasını sağlamaktadır.

Özet (Çeviri)

VI ABSTRACT Pınar, A. Serotyping the frequently isolated serotypes of Streptococcus pneumoniae by heteroduplex analysis and modification of this technique to real time fluorometric nucleic acid detection system. Hacettepe University Health Sciences Institute Ph. D. Thesis in Microbiology, Ankara, 2004. Serotyping of Streptococcus pneumoniae according to capsular polysaccarides is an important issue in epidemiology of pneumococcal infections. Pneumococcal serotypes are determined by an expensive method, capsule swelling reaction, which follows an initial isolation of bacteria. The aim of this study is to develop a molecular serotyping technique alternative to capsule swelling reaction, which will not require prior isolation of bacteria. S.pneumoniae serotypes 1, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 14, 15, 18, 19 A, 19F, 22 and 23, which are the frequently isolated serotypes from infections, were included in the study. Nucleic acid extraction and purification were done by automatic nucleic acid isolation system by using the stock cultures of known serotypes. cpsA and cpsB genes which are closely related to capsule synthesis, were amplified by PCR with S.pneumoniae specific, appropriate primers. Then, heteroduplex analysis was performed to the 1.8 kb PCR products of all serotypes with serotype 1. After 8% polyacrylamide gel electrophoresis, serotypes 1,6, 14, 19F and 22 showed only homoduplex bands while serotypes 3, 5, 7, 8, 9, 11, 15 ve 23 showed specific heteroduplex banding patterns. Serotypes 18 and 19A showed specific, but similar heteroduplex banding pattern. When further heteroduplex analysis was performed to serotypes 1, 6, 14, 19F and 22 with serotype 5, serotype 1 and 6 could be differentiated from others. This technique was then modified to real-time fluorometric nucleic acid detection system. Heteroduplex and homoduplex DNA strands could be distinguished by melting curve analysis without necessitating the use of specific probes in this system. In conclusion, serotyping by heteroduplex analysis can be used as a rapid and appropriate method to differentiate S.pneumoniae serotypes without requiring the cultivation of the bacteria.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    225587

    Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumoniae serotiplerinin heterodupleks yöntemiyle serotiplendirilmesi

    Serotyping of streptococcus pneumoniae serotypes which were isolated from clinical samples by heteroduplex method

    DİDEM ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET PINAR

  2. Tez No

    361495

    Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumonıae suşlarında serotip tayini ve çeşitli antibiyotiklere direnç

    Serotype distribution and antibiotic susceptibilities of clinical streptococcus pneumoniae strains

    AYKUT KURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ

  3. Tez No

    462820

    Solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan bakterilerin acanthamoeba hatchetti ile etkileşiminin araştırılması

    Investigation of interaction between bacteria that cause respiratory tract infections and acanthamoeba hatchetti

    UMUT BERBEROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ParazitolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLAY AKARSU

  4. Tez No

    281355

    1990-2010 Yılları arasında Primer İmmün Yetmezlik tanısı ile takip edilen hastaların retrospektif olarak değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of patients who are followed with the diagnosis of primary immunodeficiency between 1990 ? 2010

    HÜSEYİN BAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN PATIROĞLU

  5. Tez No

    807608

    Tonsil ve adenoid dokusu yüzeyel-derin florasının ve beta laktamaz üretiminin karşılaştırılması

    Comparison of the surface and core bacterial flora in tonsillarand adenoid tissue with beta-lactamase production

    IŞIL TAYLAN CEBİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Kulak Burun ve BoğazSağlık Bakanlığı

    Kulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM ÖZCAN

Geri Dön