Construction of various fusion proteins of recombinant citrate synthase from thermoplasma volcanium
Thermoplasma volcanium'un rekombinant sitrat sentazı ile çeşitli füzyon protein tasarımları
- Tez No: 153353
- Danışmanlar: PROF.DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Füzyon proteinleri, sitrat sentaz, haloalkanoik asit dehalogenaz, aminoglikozit-3'-fosfotransferaz-II, Gen birleştirme, Thermoplasma volcanium vı, Fusion proteins, citrate synthase, haloalkanoic acid dehalogenase, aminoglycoside-3'-phosphotransferase-n, Gene SOEing, Thermoplasma volcanlum IV
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 157
Özet
oz THERMOPLASMA VOLCANİUM>\JN REKOMBİNANT SİTRAT SENTAZI İLE ÇEŞİTLİ FÜZYON PROTEİN TASARIMLARI Özdoğan, Seda Yüksek lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Mart 2004, 139 sayfa Bu çalışmada, mezofilik enzimlerin thermostabilitesini arttırmak amacı ile termostabil bir enzimin stabilite bölgesini bu enzimlere eklemek suretiyle füzyon protein oluşturmak için“Gen Birleştirme”stratejisi kullanılmıştır. Gen birleştirme, bağlanma yerlerindeki nükleotid dizilerini dikkate almaksızın ve restriksiyon endonükleazlar yada ligaz kullanımı olmaksızın DNA moleküllerini belirli bölgelerde birleştiren PCR-temelli bir yaklaşımdır. Bu füzyon yapılarda, Thermoplasma volcanium'un sitrat sentaz geninin büyük fragmenti stabilite belirleyicisi olarak kullanılmıştır. Bu gen kısa bir süre önce laboratuarımızda klonlanmıştır. İki farklı füzyon tasarımında, füzyon partnerleri olarak Pseudomonas sp. CBS3 dehalogenaz II (dehCII.) geni ve E. coli aminoglikozit-3'-fosfotransferaz-II (APH(3')-II) geni kullanılmıştır.“Gen Birleştirme”reaksiyonundan sonra 1722 bç büyüklüğünde CS Büyük Fragment-dehCII ve 1750 bç büyüklüğünde CS Büyük Fragment- APH(3')-II elde edilmiştir. Ayrıca bir 1586 bç uzunluğunda dehCII- APH(3')-II füzyon tasarlanmıştır. Üç füzyon tasarım E. Coli' de klonlanmıştır. Herdefasında, klonlama rekombinant kolonilerden elde edilen plazmitlerin restriksiyon analizi ile doğrulanmıştır. CS Büyük Fragment- APH(3')-H ve dehCII-APH(3')-ll füzyonlara ilişkin APH(3')-H geni enzim tayini ve antibiyotikli agar yöntemleri ile gösterildiği gibi E. Coli' de başarılı bir şekilde ekspres edilmiştir. CS Büyük Fragment- APH(3')-H füzyon proteini 60°C'de 10 dakika inkübasyondan sonra orijinal aktivitesinin %9.4'sini korumuştur. Ancak CS Büyük Fragment-dehCII ve -dehCII-APH(3')-H füzyonları herhangi bir dehalogenaz aktivitesi göstermemiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CONSTRUCTION OF VARIOUS FUSION PROTEINS OF RECOMBINANT CITRATE SYNTHASE FROM THERMOPLASMA VOLCANIUM özdoğan, Seda M.S., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık March 2004, 139 pages In this study, a strategy called gene splicing by overlap extension,“Gene SOEing”, was used for the construction of the fusion proteins with the purpose of increasing the thermostability of mesophilic enzymes by incorporation of stability domain from a thermostable enzyme. Gene SOEing is a PCR-based approach for recombining DNA molecules at precise junctions irrespective of nucleotide sequences at the recombination site and without the use of restriction endonucleases or ligase. In fusion constructs, as the stability determinant Thermoplasma volcanium citrate synthase (CS) large domain has been used. This gene has recently been cloned in our laboratory. In two different fusions, as fusion partners, dehalogenase II (dehCÜ) gene of Pseudomonas sp. CBS3 and aminoglycoside-3'-phosphotransferase-n (APH(3')-H) gene of E. coli were employed. Following the Gene SOEing, two fusion products, 1722 bp long CS Large Domain-die/iCII and 1750 bp long CS Large Domain-APH(3')-H were constructed. Also a 1586 bp long fife/zCH-APH(3')-H fusion was prepared. Three fusion mconstructs were cloned in E. coll. Cloning was confirmed in each case, by restriction analysis of the isolated plasmids from recombinant colonies. APH(3')-II gene associated with CS Large Domain- APH(3')-II and dehCU-APH(3')-ll fusion constructs were successfully expressed in E. coll as revealed by en2yme assay and antibiotic agar plate assay. CS Large Domain-APH(3')-n fusion protein retained 9.4% of the original APH(3')-II activity after 10 minutes at 60°C. However, CS Large Domain-öfeÂCII and de/?CII-APH(3')-n fusions did not display any dehalogenase activity.
Benzer Tezler
- Pichia pastoris organizması yeşil floresans proteini (GFP) füzyon vektörünün konstrüksiyonu
Construction of a Pichia pastoris green fluorescence protein fusion vector
GÖZDE KÖKSÜZ ŞENKAL
- Molecular recognition based self assembly of engineered proteins on nanoscaled gold surfaces
Nano-ölcek metal yüzeylerde moleküler tanıma esaslı kendiliğinden montaj olabilen protein tasarımı
BANU TAKTAK KARACA
Doktora
İngilizce
2015
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
- Construction of GFP based designer proteins
GFP bazlı tasarım proteinlerinin oluşturulması
ESRA YÜCA
Doktora
İngilizce
2011
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
- Construction and characterization of biomimetic cell membranes on the surface of electrospun conductive nanofiber mats
Elektro çekim yöntemi ile elde edilmiş iletken polimer nanofiber mat yüzeylerinde biyomimetik hücre zarı üretimi ve karakterizasyonu
ŞEBNEM SEHERLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK
