Transcriptional analysis of hydrogenase genes in Rhodobacter sphaeroides O.U.001
Rhodobacter sphaeroides O.U.001 hidrojenaz genlerinde ekspresyon çalışmaları
- Tez No: 153555
- Danışmanlar: PROF.DR. MERAL YÜCEL, PROF.DR. UFUK GÜNDÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Rhodobacter sphaeroides O.U.001, alım hidrojenazı, RT- PCR vıı, Rhodobacter sphaeroides O.U.001, Biohydrogen, uptake hydrogenase, RT-PCR
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
oz RHODOBACTER SPHAEROIDES O.U.001 HIDROJENAZ GENLERİNDE EKSPRESYON ÇALIŞMALARI DOĞRUSÖZ, Nihal Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Ufuk Gündüz Yardımcı Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Meral Yücel Temmuz 2004, 79 sayfa Fotosentetik kükürt oluşturmayan bakterilerde hidrojen üretimi Nitrojenaz ve Hidrojenaz enzimleri tarafından kataliz edilir. Hidrojenazlar metal içeren enzimler olup üç ana gruba ayrılırlar; Ni-Fe Hidrojenazlar, Fe Hidrojenazlar ve Metalsiz Hidrojenazlar. Ni-Fe Hidrojenazları ise alım (Uptake) ve geri dönüşümlü (Reversible) hidrojenazlar olmak üzere iki gruba ayrılırlar. Alım hidrojenazları zara bağlı olan dimerik enzimlerdir. Küçük altbirim (hupS) ve büyük altbirimden oluşurlar (hupL) ve azot fıksasyonuna ve diğer metabolik olaylara enerji sağlayarak hidrojen alımında ve döngüsünde rol alırlar. Bu çalışmada, Rhodobacter sphaeroides O.U.001 'deki alım hidrojenaz genlerinin varlığı, küçük alt birime yönelik (hupS) hazırlanmış primerler ve PCR kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan DNA izolasyonu ve PCR sonucunda beklenen viürün elde edilmiş ve bu ürün için sekans analizi yaptırılmıştır (İontek, İstanbul). Ürünün primer dizaynında sekansı kullanılan R.sphaeroides RV suşuyla %93 oranında homoloji gösterdiği bulunmuş ve R. sphaeroides O.U.001 de Hidrojenaz genlerinin varlığı gösterilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonları bittikten sonra % 1,5 'luk agaroz jel elektroforez sisteminde yürütülerek sonuçlar incelenmiştir. Farklı metal iyon derişimleri içeren (nikel, molibdenyum ve demir) besiyerinde çoğaltılan bakterilerin üreme eğrilerinde önemli bir fark gözlenememiştir. Metal iyonların bakterilerin hidrojen gazı üretimi üzerindeki etkisi de bu çalışmada incelenmiştir. En yüksek hidrojen üretimi 8,4 /ıM nikel ve 0,1 mM demir içeren besiyerlerinde gözlenmiştir. Farklı fizyolojik koşulların (farklı Ni++ ve Fe++ derişimleri) hidrojenaz enzimleri kodlayan genlerin ifadeleri üzerindeki etkisini anlamaya yönelik çalışmalar RT-PCR yöntemiyle yapılmıştır. Nikel derişimini 8,4 juM'e artırmak hupS gen ekspresyonunu artırmıştır. Değişen demir derişimlerinde (0,01-0,1 mM) hidrojen üretimi sonlanana kadar hupS ekspresyonu gözlenmemiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT TRANSCRIPTIONAL ANALYSIS OF HYDROGENASE GENES IN RHODOBACTER SPHAEROIDES O.U.001 DO?RUSÖZ, Nihal M. Sc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Ufuk Gündüz Co-Supervisor: Prof. Dr. Meral Yücel July 2004, 79 pages In photosynthetic non-sulphur bacteria, hydrogen production is catalyzed by nitrogenases and hydrogenases. Hydrogenases are metalloenzymes that are basically classified into: the Fe hydrogenases, the Ni-Fe hydrogenases and metal-free hydrogenases. Two distinct Ni-Fe hydrogenases are described as uptake hydrogenases and bidirectional hydrogenases. The uptake hydrogenases are membrane bound dimeric enzymes consisting of small (hupS) and large QiupL) subunits, and are involved in uptake and the recycling of hydrogen, providing energy for nitrogen fixation and other metabolic processes. In this study the presence of the uptake hydrogenase genes was shown in Rhodobacter sphaeroides O.U.001 strain for the first time and hupS gene sequence was determined. The sequence shows 93% of homology with the uptake hydrogenase hupS of R.sphaeroides R.V. IVThere was no significant change in growth of the bacteria at different concentrations of metal ions (nickel, molybdenum and iron in growth media). The effect of metal ions on hydrogen production of the organism was also studied. The maximum hydrogen gas production was achieved in 8.4juM of nickel and 0. 1 mM of iron containing media. The expression of uptake hydrogenase genes were examined by RT-PCR. Increasing the concentration of Ni++ up to 8.4/xM increased the expression of uptake hydrogenase genes (hupS). At varied concentrations of Fe-citrate (0.01 mM-0.1 mM) expression of hupS was not detected until hydrogen production stopped. These results will be significant for the improvement strategies of Rhodobacter sphaeroides O.U.001 to increase hydrogen production efficiency. In order to examine the presence of hupL genes, different primers were designed. However, the products could not be observed by PCR.
Benzer Tezler
- Microarray analysis of the effects of light intensity on hydrogen production metabolism of Rhodobacter capsulatus
Işık şiddetinin Rhodobacter capsulatus bakterisinin hidrojen üretim metabolizması üzerine etkilerinin mikrodizin yöntemi ile incelenmesi
MUAZZEZ GÜRGAN ESER
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL
YRD. DOÇ. HARUN KOKU
- Cydia pomonella granulozis virüs (CpGV)'ün cydia molesta'da transkripsiyonal analizi
Transcriptional analysis of cydia pomonella granulovirus (CpGV)in cydia molesta
DÖNÜŞ TOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL DEMİR
- Transcriptional analysis of caveolae-related transcripts in the ischaemic-intolerant ageing mouse heart
Başlık çevirisi yok
CAN JUSTIN KIESSLING
- Damar yaşlanması ve hasarında THY-1 geninin rolünün transkripsiyon aşamasında analizi
Transcriptional analysis of the role of the THY-1 gene in vascular aging and damage
SARA SOLTANBEIGI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi Biyolojiİstinye ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL SABRİ HANÇER
- Kuraklık stresi uygulanmış mercimek (Lens Culinaris Medik.) bitkisinin RNA dizileme yöntemi ile transkripsiyonel analizi
Transcriptional analysis of lentil (Lens culinaris Medik.) plant exposed to drought stress by RNA sequencing method
HANDE MORGİL
Doktora
Türkçe
2019
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI