Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen sert çekirdekli meyve ağaçlarında saptanan apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) izolatlarının duyarlı tanılarının yapılması
Sensitive detection of apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) isolates collected from stone fruits in Eastern Anatolia by using reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)
- Tez No: 154821
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: RT-PCR, ACLSV, teşhis, optimizasyon, RT-PCR, ACLSV, detection, optimization. m
- Yıl: 2004
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
ÖZET REVERZ TRANSKRIPTAZ POLIMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU TEKNİĞİ İLE DOĞU ANADOLU BÖLGESİNDE YETİŞTİRİLEN SERT ÇEKİRDEKLİ MEYVE AĞAÇLARINDA SAPTANAN APPLE CHLOROTIC LEAF SPOT VİRÜS (ACLSV) İZOLATLARTNIN DUYARLI TAMLARININ YAPILMASI POLAT, Bülent Yüksek Lisans Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Yrd.Doç.Dr. Hikmet Murat SİPAHÎOĞLU Eylül 2004, 38 Sayfa ACLSV virüsünün Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT- PCR) ile hassas teşhisine yönelik yapılan çalışmada Van izolatlan kullanılmıştır. Total RNA ekstraksiyonu dormant şeftali kabuk ve tomurcuk dokuları ile yaprak ve çiçek taç yaprağı dokularından gerçekleştirilmiştir. Total RNA ekstraktlanna reverz transkripsiyonla komplementer DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilmiş ve elde edilen cDNA'lar RT-PCR reaksiyonunda kullanılarak virüse ait genom farklı primer setleri ile 358 bp ve 677 bp uzunluğunda çoğaltılmıştır. ACLSV virüsünün farklı bitki dokularındaki varlığı RT-PCR tekniği ile tespit edilmiştir. Otsu konukçulardan Chenopodium guinoa'ya aktarılan ACLSV-11B izolatı infekteli bitkinin yapraklarında klorotik lokal lekelere sebep olmuş ve virüsün bu konukçudaM varlığı RT-PCR yöntemi ile doğrulanmıştır. ACLSV virüsünün RT-PCR yöntemi ile hassas teşhisi çalışmalarında PCR büeşenlerinin optimum konsantrasyonları saptanmıştır. Virüsün RT-PCR ile teşhisinde en iyi primer konsantrasyonunun 0.1-0.002 pmol//il, en iyi dNTP konsantrasyonunun 5-10 mM, en iyi MgCI2 konsantrasyonun 1-2.5 mM, en iyi Taq DNA polimeraz enzimi konsantrasyonunun 1-5 ünite/ul aralığında olduğu tespit edilmiştir. En iyi cDNA miktarının ise 1.2-4 (il aralığında olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen optimum PCR bileşen konsantrasyonları ile virüsün hem arazi hem de iklim odası koşullarında gelişen bitkilerdeki varlığını tespit etmek için gerçekleştirilen reaksiyonlarda PCR ürünü oluşmadığı saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT SENSITIVE DETECTION of APPLE CHLOROTIC LEAF SPOT VIRUS (ACLSV) ISOLATES COLLECTED FROM STONE FRUITS in EASTERN ANATOLIA by USING REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) POLAT, Bülent MSc, Department of Plant Protection Supervisor: Assoc. Prof. Hikmet Murat SİPAHÎO?LU September 2004, 38 pages Van isolates were used in the sensitive detection of ACLSV by RT-PCR. Total RNA extractions were done from dormant bark and bud tissues and vegetative leaf and flower tissues of peach plants. Total RNA extractions were served as template in reverse transcription for complementary DNA (cDNA) and the synthesized DNA was used in RT-PCR reaction. Two amplified fragments of 358bp and 677bp in length were obtained by using two different primer pairs. The presence of the isolates in different tissues of the infected peaches was ascertained by RT- PCR. ACLSV-11B isolate was transferred to the herbaceaous host Chenopodium quinoa and coused chlorotic local lesions on its leaves. The presence of the isolate in C. quinoa was confirmed by RT-PCR. The optimum concentrations of each PCR item were determined for the sensitive detection of the virus. The optimum primer concentration was ranged between 0.1-0.0002 pmol/ul, the optimum dNTP concentration was 5-10mM, the optimum concentration of MgCI2 was l-2.5mM and the optimum concentration of Taq DNA polymerase was 1-5 unite/ul. The optimum cDNA amount was between 1.2-4 ul in detection of ACLSV by RT-PCR. The optimized values did not generate any fragment when brought together in one tube for the detection of ACLSV isolates from field and growing chamber grown infected plants.
Benzer Tezler
- Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) izolatının duyarlı tanısının yapılması ve duyarlığının ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) testi ile karşılaştırılması
Sensitive detection of prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and comparison of the sensitiveness with ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) test
MUSTAFA USTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatYüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
- İnfeksiyöz bursal hastalık virusunun revers transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile teşhisi ve moleküler tiplendirilmesi
Diagnosis of infectious bursal disease virus by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and its molecular characterization
GAZEL AYÇA KURTBEYOĞLU
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET AKAN
- Revers transkriptaz-PCR tekniği (mRNA analizi) ile talasemiye neden olan mutasyonların alfa ve beta gen ekspresyonları üzerine etkilerinin incelenmesi
An Investigation on the relative expressional levels of alpha and beta mRNA allels by the reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) technique
MUSTAFA MERT SÖZEN
- Arpa (Hordeum vulgare L.) kültür varyetelerinde transpozon ve kromozom analizleri
Transposon and chromosome analysis on barley (Hordeum vulgare L.) culture varieties
SEVGİ MARAKLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Kolorektal kanserli vakalarda Wnt-2 ve HOX 2G genlerin transkripsiyonlarının incelenmesi
Investigation of Wnt-2 and HOX 2G genes transcription in cases of colorectal cancers
HANDAN POLAT