Çeşitli klinik örneklerden izole edilen candida albicans ve candida dublinienses suşlarının genotiplendirilmesi ve moleküler yöntemlerin tanıdaki yerinin araştırılması
Genotyping of candida dubliniensis and candida albicans strains, isolated from clinical samples and investigation of the role of molecular methods in diagnosis
- Tez No: 171557
- Danışmanlar: DOÇ.DR. ALPER TEKELİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: C. albicans, C. dubliniensis, Fenotipik Tam, Moleküler Tam, Genotiplendirme 68, C. albicans, C. dubliniensis, Phenotypic Diagnosis, Molecular Diagnosis, Genotyping 69
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
ÖZET Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Candida albicans ve Candida dubliniensis Suşlarının Genotiplendirilmesi ve Moleküler Yöntemlerin Tanıdaki Yerinin Araştırılması C. dubliniensis son zamanlarda tanımlanmış, fırsatçı bir patojendir. Germ tüp ve klamidospor oluşumu gibi tamsal özellikleri C. albicans ile paylaşır ve genellikle standart tamsal yöntemlerle C. albicans olarak yanlış sınıflandırılır. Klinik infeksiyonlarda C. dubliniensis'' in rolünün daha iyi anlaşılması için mikrobiyoloji laboratuvarlarında bu türün klinik örneklerden hızlı ve doğru olarak tanımlanabilmesi gereklidir. Etkenin genotiplendirilmesi epidemiyolojik çalışmalar, uygun tedavi ve korunma protokollerinin geliştirilmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden elde edilen germ tüp pozitif 84 suş C. dubliniensis'' in klamidospor oluşturma, 45°C'de ürememe, Staib agar besiyerinde R koloni oluşturma, CHROMagar Candida besiyerinde koyu yeşil koloniler oluşturma ve karbonhidrat kullanımı gibi fenotipik özellikleri açısından incelenmiştir. Fenotipik olarak C. dubliniensis' e benzeyen 6 suş elde edilmiştir. Ancak fenotipik testler suşlarm hepsinde kesin ve doğru sonuç vermediğinden ve gözlemciye bağlı olarak değişiklikler gösterebildiğinden PCR ya da diğer moleküler yöntemlerle tanımlamanın doğrulanması önerilmektedir. Fenotipik olarak C. dubliniensis^ e benzeyen suşlann PCR ve PCR/RFLP incelemeleri sonucunda C. dubliniensis olduğu kesin olarak belirlenmiştir. PCR/RFLP' nin klinik örneklerden izole edilen C. dubliniensis suşlannı tanımlamada da yararlı olduğu gözlenmiştir. M 13 primeri kullanılarak C. albicans suşlanndan C. dubliniensis suşları ayırtedilebilmiştir. ERIC2 primeri kullanılarak C. albicans suşlanndan C. dubliniensis suşlannı ayırtedebilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Genotipik yöntemler fenotipik yöntemlere göre daha kısa zaman almaktadır. Elde edilen 78 C. albicans ve 6 C. dubliniensis susunun Mİ 3 primeri ve ERIC2 primeri kullanılarak yapılan genotiplendirilmesi sonucunda; M 13 primeri kullanılarak C. dubliniensis suşlarının tanımlanabileceği, C. dubliniensis' i genotiplendirmede Mİ 3 primerinin ayrrım gücünün daha yüksek olduğu sonucuna varılmıştır. ERIC2 primerleri C. dubliniensis suşlannı tiplendirmede Mİ 3 primeri ile RAPD yönteminden daha düşük ayının gücüne sahiptir. Mİ 3 ve ERIC2 primerleri birlikte kullanıldığında C. albicans suşlan için daha yüksek aymm gücü elde edilmiştir, C. albicans suşlanm genotiplendirirken birden fazla yöntemin kullanılması önerilmektedir. CA-INT-R ve CA-INT-L primerleri ve CaLSU-F ve CaLSU-R primerleri kullanılarak 25 S intron analizi ile genotiplendirmenin C. dubliniensis suşlanm tanımlamada da kullanılabileceği gösterilmiş olup, intron analizi ile tiplendirimin C. albicans suşlan arasındaki epidemiyolojik araştırmalara faydalı olacağı düşünülmüştür.
Özet (Çeviri)
SUMMARY Genotyping of C. dubliniensis and C. albicans strains, Isolated from Clinical Samples and Investigation of the Role of Molecular Methods in Diagnosis. C. dubliniensis is an opportunistic pathogen which has been described recently. It shares the diagnostic features as germ tube and chlamydospore formation with C. albicans and it is described as C. albicans by way of standard diagnostic methods. This species must be described quickly and correctly from clinical samples in order to understand the role of C. dubliniensis in clinical infections. Genotyping the agent is important for epidemiologic studies, appropriate cure and improving the protection protocols. The germ tube positive 84 strains C. dubliniensis has been investigated for phenotypic features as chlamydospore formation, being unable to reproduce in 45 °C, forming R colony in Staib agar, and carbohydrate usage. Six strains were identified as C. dubliniensis with phenotypic characteristic. On the other hand, we can not obtain the exact and correct results from all strains and these results can changes according to researchers. Therefore it is suggested that the identification should be confirmed by way of PCR or other molecular methods. It is determined after PCR and PCR/RFLP methods that the strains, alike to C. dubliniensis as phenotypic, are C. dubliniensis. It is observed that PCR/RFLP method is useful to describe C. dubliniensis strains which are isolated from clinical samples. C. dubliniensis is able to be discriminated from C. albicans by way of using primer M13. More studies are needed to distinguish C. dubliniensis strains from C. albicans strains by way of using primer ERIC2. Seventy-eight C. albicans and six C. dubliniensis strains have been genotyped by way of using primer M13 and primer ERIC2. It is found that C. dubliniensis strains can be determined by way of using primer Ml 3 and discriminatory power of primer Ml 3 is higher for genotyping of C. dubliniensis. These two results are found after the genotyping process in which acquired. Primer ERIC2 has less discriminatory power for typing C. dubliniensis strains than primer Ml 3. When Ml 3 primer and ERIC2 primer are used together in C. albicans genotyping, higher discriminatory power is obtained. It is suggested that more than one method should be used while genotyping C. albicans strains. Genotyping with analysis of 25 S intron by using CA-INT-R, CA-INT-L and CaLSU- F, CaLSU-R primers can be useful to describe C. dubliniensis strains and typing with analysis of 25 S intron is important for epidemiological studies among C. albicans strains.
Benzer Tezler
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen candida albicans suşlarının genotipik dağılımı
Genotypic distribution of clinical isolates of candida albicans
ZEYNEP CEREN KARAHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEJAT AKAR
- Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans kökenlerinin moleküler analizi
Molecular analysis of Candida albicans isolates from clinical specimens
MELAHAT GÜRBÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR KALELİ
- Klinik örneklerden izole edilen candida'ların karakterizasyonu ve antifungal duyarlılıkları
Characterization and antifungal susceptibilities of candida species isolated from clinical samples
MİNE AYDIN KURÇ
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen candida türlerinin antifungal duyarlılıklarının disk difüzyon yöntemiyle araştırılması
Investigation of antifungal susceptibility of candida species isolated from various clinical samples with disc diffusion method
HATİCE ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiDüzce ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖKSÜZ
- Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans türlerinde virulans faktörlerinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
Investigation of virulence factors of Candida albicans species isolated from clinical specimens phenotypically and genotypically
DENİZ TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ KİRAZ