Systolic architectures for sequence alignment operations
Sıra hizalama işlemleri için sistolik mimariler
- Tez No: 178456
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA GÖK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Computer Engineering and Computer Science and Control, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, sistolik mimariler, uygulamaya özel işlemciler, FPGA'ler, Smith-Waterman algoritması, Bioinformatics, systolic architectures, application specific processors, FPGAs, Smith-Waterman algorihtm
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Bu çalışmada, biyoinfomatik biliminin temel işlemlerinden biri olan sıra hizalama işlemlerini çalıştırmaya yönelik, yeni ve optimize edilmiş algoritmalar ve bu algoritmaları temel alan uygulamaya yönelik işlemciler tasarlanmıştır. Bu çalışmada, ikili ve çoklu sıra hizalama işlemlerini gerçekleştirmeye yönelik sistolik donanımlar geliştirilmiştir. Önerdiğimiz tasarım yöntemleri, ASIC ve FPGA platformlarında gerçekleştirilen tasarımların alan ve zamanlarını yüzde yüzü aşan oranlarda geliştirmiştir. Bu çalışmada yer alan tasarımlar, FPGA üzerinde gerçeklendiğinde %189,92'ye kadar bir performans artışı sağlamıştır. Böylelikle biyoinformatik araştırmaları yapan diğer dallara daha büyük verileri daha kısa zaman dilimlerinde analiz etme imkanı sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this work, new and optimized algorithms and application specific processors based on these algorithms to perform sequence alignment operations, which is one of the basic operations in bioinformatics are designed. In this work, systolic architectures are developed to implement pairwise and multiple sequence alignment operations. Proposed hardware methods develop hardwares implemented on ASIC and FPGA platforms at the rate of over one hundred per cent. The designs proposed in this work provides performance gain up to 189,92% when it is implemented on FPGA. Therefore, it is provided to other research branches in bioinformatics to analyse larger amount of data in smaller time periods.
Benzer Tezler
- Asynchronous design of systolic array architectures in CMOS
CMOS devrelerle asenkron sistolik dizi mimarisi tasarımı
AYŞE NESLİN İSMAİLOĞLU
Doktora
İngilizce
2008
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT AŞKAR
- Reconfigurable cnn accelerator design using dataflow analysis
Veri akışı analizi kullanarak yeniden yapılandırılabilir CNN hızlandırıcı tasarımı
ALPEREN KALAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR GÜDÜKBAY
PROF. DR. ÖZCAN ÖZTÜRK
- A high-speed asic implementation of the RSA cryptosystem
RSA kripto sisteminin yüksek hızlı tümdevre uygulaması
SONER YEŞİL
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT AŞKAR
- Power efficient FPGA implementation of RSA algorithm
RSA algoritmasının düşük güç tüketimli FPGA tasarımı
DİLEK BAYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SIDDIKA BERNA ÖRS YALÇIN
- Değişken uzunluklu RSA şifreleme sistemlerinin tasarımı ve gerçeklenmesi
The design and implementation of the variable length RSA cryptosystems
EMİN AYTAÇ DERELİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ATİLLA ATAMAN