Geri Dön

Systolic architectures for sequence alignment operations

Sıra hizalama işlemleri için sistolik mimariler

  1. Tez No: 178456
  2. Yazar: ÇAĞLAR YILMAZ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA GÖK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Computer Engineering and Computer Science and Control, Electrical and Electronics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, sistolik mimariler, uygulamaya özel işlemciler, FPGA'ler, Smith-Waterman algoritması, Bioinformatics, systolic architectures, application specific processors, FPGAs, Smith-Waterman algorihtm
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü
  12. Bilim Dalı: Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Bu çalışmada, biyoinfomatik biliminin temel işlemlerinden biri olan sıra hizalama işlemlerini çalıştırmaya yönelik, yeni ve optimize edilmiş algoritmalar ve bu algoritmaları temel alan uygulamaya yönelik işlemciler tasarlanmıştır. Bu çalışmada, ikili ve çoklu sıra hizalama işlemlerini gerçekleştirmeye yönelik sistolik donanımlar geliştirilmiştir. Önerdiğimiz tasarım yöntemleri, ASIC ve FPGA platformlarında gerçekleştirilen tasarımların alan ve zamanlarını yüzde yüzü aşan oranlarda geliştirmiştir. Bu çalışmada yer alan tasarımlar, FPGA üzerinde gerçeklendiğinde %189,92'ye kadar bir performans artışı sağlamıştır. Böylelikle biyoinformatik araştırmaları yapan diğer dallara daha büyük verileri daha kısa zaman dilimlerinde analiz etme imkanı sağlanmıştır.

Özet (Çeviri)

In this work, new and optimized algorithms and application specific processors based on these algorithms to perform sequence alignment operations, which is one of the basic operations in bioinformatics are designed. In this work, systolic architectures are developed to implement pairwise and multiple sequence alignment operations. Proposed hardware methods develop hardwares implemented on ASIC and FPGA platforms at the rate of over one hundred per cent. The designs proposed in this work provides performance gain up to 189,92% when it is implemented on FPGA. Therefore, it is provided to other research branches in bioinformatics to analyse larger amount of data in smaller time periods.

Benzer Tezler

  1. Asynchronous design of systolic array architectures in CMOS

    CMOS devrelerle asenkron sistolik dizi mimarisi tasarımı

    AYŞE NESLİN İSMAİLOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT AŞKAR

  2. Reconfigurable cnn accelerator design using dataflow analysis

    Veri akışı analizi kullanarak yeniden yapılandırılabilir CNN hızlandırıcı tasarımı

    ALPEREN KALAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Mühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR GÜDÜKBAY

    PROF. DR. ÖZCAN ÖZTÜRK

  3. A high-speed asic implementation of the RSA cryptosystem

    RSA kripto sisteminin yüksek hızlı tümdevre uygulaması

    SONER YEŞİL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT AŞKAR

  4. Power efficient FPGA implementation of RSA algorithm

    RSA algoritmasının düşük güç tüketimli FPGA tasarımı

    DİLEK BAYHAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SIDDIKA BERNA ÖRS YALÇIN

  5. Değişken uzunluklu RSA şifreleme sistemlerinin tasarımı ve gerçeklenmesi

    The design and implementation of the variable length RSA cryptosystems

    EMİN AYTAÇ DERELİOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ATİLLA ATAMAN