Geri Dön

Gating mechanism in nicotinic acetylcholine receptor channel

Asetilkolin reseptörlerinde kanal açılma mekanizması

PDF İndir

  1. Tez No: 181302
  2. Yazar: SERKAN KARADAĞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Nikotinic asetilkolin resept¨or¨u (nAChR) ligand kontroll¨u (ligand gated) iyon kanalıdır. Bu resept¨ordeki bozukluklar bir¸cok kas hastalı˜gına neden olur. Bu resept¨or¨un ¸calı¸sma mekanizması tam anlamıyla anla¸sılamamı¸stır. Bu ¸calı¸smada Torpedo marmorata'nın nAChR'ı protein veri bankasındaki sadece h¨ucre duvarının i¸cindeki b¨olgeyi i¸ceren 1oed ve h¨ucre dı¸sı ve h¨ucre i¸ci b¨olgeri de i¸ceren 2bg9 kodlu yapılar incelenmi¸stir. Elastik a˜g modelleri olan Gaussian ve anizotropik (Anisotropik) a˜g yapı modelleri resept¨or¨un hareketlerini incelemek i¸cin kullanımı¸stır. C¸ apraz korelasyonları inceleyip yapı i¸cindeki haberle¸sme yollarını bulmak i¸cin MCPOOL adlı bir program tasarlanmı¸stır. Ayrıca korunmu¸s (conserved) aminoasitler ve beraber de˜gi¸sime u˜gramı¸s aminoasit ¸ciftleri (correlated mutation) belirlenerek aminoasitlerin evrimsel de˜gi¸simi ile ¨u¸c boyutlu yapıdaki dinami˜gin nasıl ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u irdelenmi¸stir. Dinamik sonu¸clar h¨ucre duvarındaki M1, M2, M3 ve M4 sarmal yapılarından olu¸san, b¨olgenin di˜ger b¨olgelerin varlı˜gından etkilendi˜gini g¨ostermektedir. H¨ucre dı¸sı b¨olge ile h¨ucre duvarı i¸cinde olan b¨olge arasındaki M2-M3 b¨olgesinin hareketlerinin h¨ucre dı¸sı b¨olge tarafından bastırıldı˜gı g¨or¨ulmektedir. MCPOOL tarafından ortaya ¸cıkarılan haberle¸sme yolu ¨uzerinde M1'deki ilk M4'teki son ve M2-M3 ara b¨olgesindeki aminoasitler yer almaktadır. En kısa haberle¸sme yolu ¨uzerinde en ¸cok yer alan aminoasitlerin yapınin mekanistik olarak ¨onemli noktalarında yer aldı˜gı ve korunan ve birlikte de˜gi¸sen aminoasit ¸ciftleri ile ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u g¨or¨ulmektedir. Bu sonu¸clar ı¸sı˜gında adı ge¸cen b¨olgelerin resept¨or kanalının a¸cılma mekanizması i¸cin ¨onemli oldukları belirlenmi¸stir

Özet (Çeviri)

Nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) is a ligand gated ion channel. Aberrations of nAChR is the primary reason of many congenital myasthenic syndromes. The mechanism behind the function of nAChRs is still unclear. In the present study nAChR from Torpedo marmorata was analyzed using the 3D structures of trasmembrane domain (TMD) (Protein Data Bank (PDB) Code: 1oed) and TMD with ligand binding domain (LBD) and five helices from the cyptoplasmic domain (PDB Code: 2bg9). Elastic Network Models (ENM), namely Gaussian Network Model (GNM) and Anisotropic Network Model (ANM), were employed to assess the underlying motions of nAChR. A program called MCPOOL was designed to analyze the correlated fluctuations by GNM to study the communication pathways between the binding domain and the gate. Conservation and correlated mutation analysis was performed to interpret the results of the ENMs from an evolutionary standpoint. The results of GNM analysis suggested that TMD domain is largely affected by LBD and cytoplasmic domain. The highly fluctuating motion of M2-M3 loop is suppressed by the presence of LBD. The cross correlations elaborated by MCPOOL revealed the pathways between binding and gating region. The most visited regions are the initial residues of M1, M2-M3 loop, and the last residues of M4. They are on the pathways and overlap the minimum fluctuating regions and highly associate with the conserved residues and the residue pairs of correlated mutations. The results agree in the suggestion that these most visited regions are key passageways on the signal transmission pathway, and thus affect the gating mechanism

Benzer Tezler

  1. Tez No

    181345

    Allosteric communication in binding domain of nicotinic acetylcholine receptors

    Nikotinik asetilkolin reseptörlerinin hücredışı bölümlerindeki alosterik etkileşimler

    LEVENT TUNA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Tez No

    341906

    Şizofreni hastalığının biyolojik belirteçlerinden biri olan bozulmuş ön uyaran aracılı inhibisyon (ÖUAİ)testi üzerine CDP-kolin'in etkisi

    Effect of CDP-choline on distrupted prepulse inhibition (PPI) which is one of the biological markers of schizophrenia

    GÜLŞAH USLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eczacılık ve FarmakolojiUludağ Üniversitesi

    Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖKHAN GÖKTALAY

  3. Tez No

    123981

    Bupropiyon HCI'in nikotin bağımlısı hastalarda bilişsel fonksiyonlar üzerine etkilerinin olaya ilişkin beyin potansiyelleri ile değerlendirilmesi

    Evaluation of bupropion HCI's effects on the cognitive functions of nicotine dependent patients via event-related brain potentials

    ÖZGE ERDEM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. OSMAN ÖZDEMİR

    PROF.DR. TAMER DEMİRALP

  4. Tez No

    403018

    Understanding Kinesin's gating mechanism by optical trap

    Başlık çevirisi yok

    MERVE YÜSRA DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Makine MühendisliğiUniversity of California Berkeley

    PROF. XIANG ZHANG

  5. Tez No

    686250

    Novel gating mechanisms for temporal convolutional networks

    Zamansal evrişimli sinirsel ağlar için özgün bir geçit mekanizması

    FATİH ASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN SERDAR KOZAT

Geri Dön