Gating mechanism in nicotinic acetylcholine receptor channel
Asetilkolin reseptörlerinde kanal açılma mekanizması
- Tez No: 181302
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Nikotinic asetilkolin resept¨or¨u (nAChR) ligand kontroll¨u (ligand gated) iyon kanalıdır. Bu resept¨ordeki bozukluklar bir¸cok kas hastalı˜gına neden olur. Bu resept¨or¨un ¸calı¸sma mekanizması tam anlamıyla anla¸sılamamı¸stır. Bu ¸calı¸smada Torpedo marmorata'nın nAChR'ı protein veri bankasındaki sadece h¨ucre duvarının i¸cindeki b¨olgeyi i¸ceren 1oed ve h¨ucre dı¸sı ve h¨ucre i¸ci b¨olgeri de i¸ceren 2bg9 kodlu yapılar incelenmi¸stir. Elastik a˜g modelleri olan Gaussian ve anizotropik (Anisotropik) a˜g yapı modelleri resept¨or¨un hareketlerini incelemek i¸cin kullanımı¸stır. C¸ apraz korelasyonları inceleyip yapı i¸cindeki haberle¸sme yollarını bulmak i¸cin MCPOOL adlı bir program tasarlanmı¸stır. Ayrıca korunmu¸s (conserved) aminoasitler ve beraber de˜gi¸sime u˜gramı¸s aminoasit ¸ciftleri (correlated mutation) belirlenerek aminoasitlerin evrimsel de˜gi¸simi ile ¨u¸c boyutlu yapıdaki dinami˜gin nasıl ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u irdelenmi¸stir. Dinamik sonu¸clar h¨ucre duvarındaki M1, M2, M3 ve M4 sarmal yapılarından olu¸san, b¨olgenin di˜ger b¨olgelerin varlı˜gından etkilendi˜gini g¨ostermektedir. H¨ucre dı¸sı b¨olge ile h¨ucre duvarı i¸cinde olan b¨olge arasındaki M2-M3 b¨olgesinin hareketlerinin h¨ucre dı¸sı b¨olge tarafından bastırıldı˜gı g¨or¨ulmektedir. MCPOOL tarafından ortaya ¸cıkarılan haberle¸sme yolu ¨uzerinde M1'deki ilk M4'teki son ve M2-M3 ara b¨olgesindeki aminoasitler yer almaktadır. En kısa haberle¸sme yolu ¨uzerinde en ¸cok yer alan aminoasitlerin yapınin mekanistik olarak ¨onemli noktalarında yer aldı˜gı ve korunan ve birlikte de˜gi¸sen aminoasit ¸ciftleri ile ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u g¨or¨ulmektedir. Bu sonu¸clar ı¸sı˜gında adı ge¸cen b¨olgelerin resept¨or kanalının a¸cılma mekanizması i¸cin ¨onemli oldukları belirlenmi¸stir
Özet (Çeviri)
Nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) is a ligand gated ion channel. Aberrations of nAChR is the primary reason of many congenital myasthenic syndromes. The mechanism behind the function of nAChRs is still unclear. In the present study nAChR from Torpedo marmorata was analyzed using the 3D structures of trasmembrane domain (TMD) (Protein Data Bank (PDB) Code: 1oed) and TMD with ligand binding domain (LBD) and five helices from the cyptoplasmic domain (PDB Code: 2bg9). Elastic Network Models (ENM), namely Gaussian Network Model (GNM) and Anisotropic Network Model (ANM), were employed to assess the underlying motions of nAChR. A program called MCPOOL was designed to analyze the correlated fluctuations by GNM to study the communication pathways between the binding domain and the gate. Conservation and correlated mutation analysis was performed to interpret the results of the ENMs from an evolutionary standpoint. The results of GNM analysis suggested that TMD domain is largely affected by LBD and cytoplasmic domain. The highly fluctuating motion of M2-M3 loop is suppressed by the presence of LBD. The cross correlations elaborated by MCPOOL revealed the pathways between binding and gating region. The most visited regions are the initial residues of M1, M2-M3 loop, and the last residues of M4. They are on the pathways and overlap the minimum fluctuating regions and highly associate with the conserved residues and the residue pairs of correlated mutations. The results agree in the suggestion that these most visited regions are key passageways on the signal transmission pathway, and thus affect the gating mechanism
Benzer Tezler
- Allosteric communication in binding domain of nicotinic acetylcholine receptors
Nikotinik asetilkolin reseptörlerinin hücredışı bölümlerindeki alosterik etkileşimler
LEVENT TUNA
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Şizofreni hastalığının biyolojik belirteçlerinden biri olan bozulmuş ön uyaran aracılı inhibisyon (ÖUAİ)testi üzerine CDP-kolin'in etkisi
Effect of CDP-choline on distrupted prepulse inhibition (PPI) which is one of the biological markers of schizophrenia
GÜLŞAH USLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eczacılık ve FarmakolojiUludağ ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN GÖKTALAY
- Bupropiyon HCI'in nikotin bağımlısı hastalarda bilişsel fonksiyonlar üzerine etkilerinin olaya ilişkin beyin potansiyelleri ile değerlendirilmesi
Evaluation of bupropion HCI's effects on the cognitive functions of nicotine dependent patients via event-related brain potentials
ÖZGE ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. OSMAN ÖZDEMİR
PROF.DR. TAMER DEMİRALP
- Novel gating mechanisms for temporal convolutional networks
Zamansal evrişimli sinirsel ağlar için özgün bir geçit mekanizması
FATİH ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN SERDAR KOZAT