Geri Dön

Nonsendromik işitme kaybında 2p25 kromozom bandının aday gen açısından taranması

Searching of 2p25 cytoband for candidate genes in the nonsyndromic hearing loss

PDF İndir

  1. Tez No: 192582
  2. Yazar: HÜLYA GÜNDEŞLİ
  3. Danışmanlar: PROF.DR. PERVİN DİNÇER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Nonsendromik işitme kaybı, genetik haritalama, aday gen, biyoinformatik, koklear cDNA kütüphanesi, Nonsyndromic hearing loss, gene mapping, candidate gene, bioinformatic, cochlear cDNA library
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

ÖZETGündeşli, H. Nonsendromik işitme kaybında 2p25 kromozom bandının adaygen açısından taranması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri EnstitüsüTıbbi Biyoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2006. İşitme kaybıdünyada yaklaşık 1000 yenidoğandan birinde görülen sensörinöral bir hastalıktır.İşitme kayıpları genetik ve çevresel faktörlere bağlı olarak ortaya çıkmaktadır.Prelingual işitme kayıplarının %50'den fazlası genetik faktörlere bağlıdır. Çevreselfaktörlerden kaynaklanan işitme kayıpları ise doğum öncesi ve doğum sonrasıdönemlerdeki enfeksiyon hastalıklarına ve ototoksik ilaçlara bağlı olarak ortayaçıkmaktadır. Kalıtsal işitme kayıplarının %70'ini nonsendromik, %30'unu sendromikformlar oluşturmaktadır. Nonsendromik işitme kayıplarının yaklaşık %80'iotozomal resesif, %18'i otozomal dominant, % 1-2'si X'e bağlı kalıtılmaktadır.Yakın zamana kadar, otozomal resesif nonsendromik işitme kayıpları için 60 lokus-21 gen, otozomal dominant nonsendromik işitme kayıpları için 56 lokus-21 gen veX'e bağlı kalıtılanlar için 8 kromozom lokusu-1 gen tespit edilmiştir. Tezçalışmasında, 2p25 kromozom bandına bağlantı gösteren otozomal resesifnonsendromik işitme kaybı görülen bir ailede D2S319-D2S168 genetik belirleyicileriarasındaki kromozom aralığında (6.430.934 bç), hastalıktan sorumlu olabilecek adaygenlerin belirlenebilmesi hedeflenmiştir. Buna göre, D2S2211 ve D2S162 genetikbelirleyicileri çevresinde ilave genetik belirleyiciler (D2S281,D2S1329, D2S2164)NCBI-Map Viewer veri bankası aracılığı ile belirlenmiştir. Daha sonra, haplotipanalizi ve iki-noktalı LOD skor analizi yapılarak hastalıktan sorumlu aday genlerinbulunabileceği kromozom aralığının daraltılması amaçlanmıştır. Elde edilen sonuçlarD2S319-D2S168 aralığının aday genlerin taranması gereken aralık olduğunugöstermiştir. Buna göre, koklear cDNA kütüphanesi ve veri bankaları (NCBI-MapViewer, NCBI-Gene, NCBI-UniGene, Ensembl, Human Genome Browser, Swiss-Prot, Bioinformatic Harvester, Pfam) taranarak bu aralıkta nonsendromik işitmekaybından sorumlu olabilecek 10 adet aday gen belirlenmiştir. Bu sonuçlara görebelirtilen aralıkta bu ailede otozomal resesif nonsendromik işitme kaybından sorumluolabileceği düşünülen aday genler: RNF144, DDEF2, YWHAQ, KIDINS220, SIPL,ID2, OACT2, KCNF1, ATP6V1C2, ROCK2'dir. Aday genleri belirlemeye yönelikyapılmış olan bu çalışma ileride hastalıktan sorumlu genin tespiti için önemli birkaynak olacaktır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACTGundesli, H. Searching of 2p25 cytoband for candidate genes in thenonsyndromic hearing loss. Hacettepe University Institute of Health Sciences,MS.Thesis in Medical Biology, Ankara, 2006. Hearing loss is a very commonsensorineural disorder which is seen approximately one in every 1000 newborns.Hearing loss is caused by both genetic and environmental factors. More than 50% ofprelingual deafness is attributable to genetic factors. Environmental causes of hearingloss include pre and postnatal infectious diseases and ototoxic drugs. Hereditaryhearing loss is due to 70% nonsyndromic, 30% syndromic forms. Approximately,80% of nonsyndromic hearing loss has an autosomal recessive, 18% autosomaldominant and 2% X linked mode of inheritance. Recently, for autosomal recessivehearing loss 60 loci-21 genes, for autosomal dominant hearing loss 56 loci-21 genesand for X linked inheritance 8 loci-1 gene have been identified. In this thesis, it isaimed to determine candidate genes which can be responsible for nonsyndromichearing loss at the interval of D2S319-D2S168 (6.430.934 bp) in an autosomalrecessive hearing loss family linked to 2p25. In the extend of our study new markers(D2S281, D2S1329, D2S2164) were added around D2S2211 and D2S162 geneticmarkers by using NCBI-Map Viewer database. After that, by performing haplotypeanalysis and two-point analysis it was aimed to fine chromosomal interval whererelated candidate genes could be found. Results, obtained from both haplotype andtwo-point analysis showed that entire interval of D2S319-D2S168 was responsiblefor searching disease related candidate genes. In conclusion, by using cochlearcDNA library and electronic databases (NCBI-Map Viewer, NCBI-Gene, NCBI-UniGene, Ensembl, Human Genome Browser, Swiss-Prot, Bioinformatic Harvester,Pfam), 10 candidate genes were found. According to these results, candiate geneswhich can be responsible for autosomal recessive nonsyndromic hearing loss in thisfamily are: RNF144, DDEF2, YWHAQ, KIDINS220, SIPL, ID2, OACT2, KCNF1,ATP6V1C2, ROCK2. We believe that this study will be a valuable resource for thefurther works to identify the gene.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    431882

    Nonsendromik işitme kayıplarında hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyolojinin belirlenmesi

    Identification of genetic etiology in nonsyndromic hearing loss using targeted next generation sequencing technology

    TAHİR ATİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY

  2. Tez No

    248072

    Konjenital işitme kayıplarında genetik tarama

    Genetic investigation in congenital hearing loss

    PELİN ARICI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Kulak Burun ve BoğazÇukurova Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METE KIROĞLU

  3. Tez No

    118855

    İşitme kaybından sorumlu connexin 26 (Cx26/GJB2) geni 35delG mutasyonunun populasyonumuz için atasal haplotipinin belirlenmesi

    Identification of the ancestral haplotype of 35delG mutation in the connexin 26 (Cx26/GJB2) gene responsible for hearing loss in Turkish population

    BURCU BALCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. PERVİN DİNÇER

  4. Tez No

    306263

    Türk toplumunda ailesel nonsendromik işitme kaybının genetik temelinin araştırılması

    The investigation of the genetic base of the familial nonsyndromic hearing loss in turkish population

    ASLI SUBAŞIOĞLU UZAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUNİS DÜNDAR

  5. Tez No

    712901

    Prelingual non-sendromik sensörinöral işitme kaybı bulunan hastalardaki genetik mutasyonların ve epigenetik modifikasyonların araştırılması

    Investigation of genetic mutations and epigenetic modifications in patients with non-syndromic sensorineural hearing loss

    OĞUZ KADİR EĞİLMEZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Kulak Burun ve Boğazİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT TAYYAR KALCIOĞLU

Geri Dön