Construction of recb-recd genetic fusion and analysis of recbdc fusion enzyme functions in echerichia coli
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 193144
- Danışmanlar: PROF.DR. GERRY R SMITH, PROF.DR. PAKİZE DOĞAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: RecBCD, homolog rekombinasyon, genetik füzyon, Recombineering, RecA loading activity
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 170
Özet
ÖZETPortakal, O., Escherichia coli'de recB-recD genetik füzyonunun oluşturulması veRecBDC füzyon enzim fonksiyonlarının analizi. Hacettepe Üniversitesi SağlıkBilimleri Enstitüsü Biyokimya Programı Doktora Tezi, Ankara, 2006. NormalE.coli'de, konjugasyonal ve transdüksiyonal rekombinasyon ve çift zincirli DNAkırıklarının tamiri için RecBCD enzimi gereklidir. RecBCD (330 Mr), 3 farklıpolipeptitten, RecB, RecC ve RecD, oluşan büyük bir proteindir. RecBCD çokfonksiyonlu bir enzimdir; ATP-bağımlı çift zincirli (ds) ve tek zincirli (ss) DNAekzoonükleaz, ATP'nin uyardığı ssDNA endonükleaz, helikaz, DNA bağımlı ATPaz veRecA bağlama aktiviteleri. RecBCD, E.coli rekombinasyonu için sıcak nokta (hotspot)olan ?Chi? dizisini (5' GCTGGTGG 3') tanıma yeteneğine de sahiptir. RecBCD'ninbaşlıca görevi, 3'ssDNA uzantısını oluşturmak üzere rekombinasyonun presinaptikfazını gerçekleştirmektir. Bu 3'ssDNA uzantısı, RecA proteini tarafindan zincirdeğişimi için bir substrat olarak kullanılır. Chi-RecBCD etkileşimi, enzimaktivitelerinin düzenlenmesinde önemlidir. RecB ve RecD alt birimlerinin helikazprotein ailesinin 1.grubuna ait olduğu bildirilmiştir. Fakat enzim aktivitelerinin nasıldüzenlendiği ve enzim altbirim ve spesifik domainlerinin bu düzenlemedeki rolü tamolarak kesinlik kazanmamıştır. Bu çalışmada, RecD polipeptidinin RecBCD enzimaktiviteleri üzerindeki düzenleyici rolünü saptamak için recB-recD genetik füzyonuoluşturuldu. Delesyon ve yer değiştirme füzyon mutasyonları ?Recombineering? ileoluşturuldu ve RecBDC füzyon proteininin enzim aktiviteleri, ?Chi? genetik aktivitesi,rekombinasyon frekansı ve DNA-hasar verici ajanlara karşı duyarlılığı analiz edildi. UVışık ve Mitomisin C, homolog rekombinasyon ile tamir edilen dsDNA lezyonuoluşumunu indüklemek için kullanıldı. Çalışmanın sonuçları delesyon ve yer değiştirmemutasyonlarının füzyon enzim fenotipini değiştirmediğini gösterdi. Benzer şekilde, heriki mutant proteinin de nükleaz, helikaz ve ?Chi? kesme aktivitesine sahip olduklarisaptandı. Fakat, protein analizlerinde normalden daha az holoenzim olduğu ve azmiktarda normal uzunlukta RecD polipeptidi gözlendi. Sonuç olarak, bu çalışmadafüzyon mutasyonlarının protein katlanmasını etkilemediği, ancak RecD polipeptidininheterotrimere katılımının azaldığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACTPortakal, O., Construction of recB-recD genetic fusion and analysis of RecBDCfusion enzyme functions in Escherichia coli. Hacettepe University, Institute ofHealth Sciences, Biochemistry Program, Doctor of Philosophy Thesis, Ankara,2006. In wild type E.coli, conjugational and transductional recombination and doublestrand break repair require RecBCD enzyme. RecBCD is a large protein (330 Mr)consisting three different polypeptides; RecB, RecC and RecD. RecBCD has multiplefunctions; ATP-dependent double strand (ds) DNA and single strand (ss) DNAexonuclease, ATP-stimulated ssDNA endonuclease, helicase, DNA dependent ATPaseand RecA loading activities. RecBCD has also an ability to recognize with Chisequences (5? GCTGGTGG 3?) that are hotspots of E.coli recombination. Primary roleof RecBCD is to carry out the presynaptic processing of recombination to produce 3?single strand overhang. This 3?ssDNA is used as a substrate for strand exchange byRecA protein. Chi-RecBCD interaction is important for the regulation of enzymeactivities. It was implicated that RecB and RecD subunits of the enzyme are themembers of helicase superfamily 1. However, how the regulation of enzyme activitieshas been occurred and the role of subunits and specific domains of enzyme onregulation remains unclear. In this study, recB-recD genetic fusion was generated toinvestigate the regulatory role of RecD polypeptide on the enzyme activities. Deletionand substitution fusion mutations were generated by Recombineering method and thenenzyme activities, Chi genetic activity and recombination frequency, and the sensitivityto DNA damaging agents of RecBDC fusion enzymes were analyzed. UV light andMitomycin C were used for induction of ds break formation, which is repaired byhomologous recombination. The results of this study demonstrated that deletion andsubstitution mutations did not change the phenotype of the fusion enzymes. Similarlyboth fusion mutants have nuclease, helicase and Chi cutting enzyme activities.However, protein analysis showed that the presence of less heterotrimer than wild typeand wild type length RecD polypeptide. Therefore, these fusion mutations did not affectprotein folding, but reduced the assembling of RecD polypeptide into heterotrimer.RecBCD enzyme, homologous recombination, genetic fusion,
Benzer Tezler
- Türk evlerinde yapı malzemeleri ve yapım teknikleri
Construction materials and techniques in Turkish houses
MURAT EYÜP COŞKUN
- Orta doğu'da yeni stratejik çevreleme girişimlerinin Türk dış politikasına etkisi: Suriye örneği
The effects of strategic containment attempts in the middle east on turkish foreign policy: The example of Syria
OĞUZHAN ERGÜN
Doktora
Türkçe
2013
Kamu YönetimiDokuz Eylül ÜniversitesiKamu Yönetimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET NAZMİ ÜSTE
- İslâm'ın ik yıllarında (h.1-41/m.622-661) iskân
Settlement in early years of islam (ah.1-41/a.c.622-661)
TAHSİN KOÇYİĞİT
Doktora
Türkçe
2006
TarihDokuz Eylül Üniversitesiİslam Tarihi ve Sanatları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA SAVAŞ
- Numerical modeling of the bosphorus exchange flow dynamics
İstanbul Boğazı değişim akımlarının sayısal modellenmesi
ADİL SÖZER
Doktora
İngilizce
2013
Deniz BilimleriOrta Doğu Teknik ÜniversitesiOşinografi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ÖZSOY
- Kırım hanlarının imar faaliyeti ve mezar taşları
Construction activities and tombstones of the crimean khans
NİCOLE SİLVİA KANÇAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Sanat Tarihiİstanbul ÜniversitesiSanat Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARA ALTUN
- Erken Cumhuriyet Döneminde Kürt sorunu (1920 - 1938): Bir güvenlikleştirme analizi
The Kurdish question in the Early Years of Republican era (1920 - 1938): A securitization analysis
HÜSNA TAŞ YETİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Kamu YönetimiSakarya ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNCAY KARDAŞ