Construction of recb-recd genetic fusion and analysis of recbdc fusion enzyme functions in echerichia coli
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 193144
- Danışmanlar: PROF.DR. GERRY R SMITH, PROF.DR. PAKİZE DOĞAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: RecBCD, homolog rekombinasyon, genetik füzyon, Recombineering, RecA loading activity
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 170
Özet
ÖZETPortakal, O., Escherichia coli'de recB-recD genetik füzyonunun oluşturulması veRecBDC füzyon enzim fonksiyonlarının analizi. Hacettepe Üniversitesi SağlıkBilimleri Enstitüsü Biyokimya Programı Doktora Tezi, Ankara, 2006. NormalE.coli'de, konjugasyonal ve transdüksiyonal rekombinasyon ve çift zincirli DNAkırıklarının tamiri için RecBCD enzimi gereklidir. RecBCD (330 Mr), 3 farklıpolipeptitten, RecB, RecC ve RecD, oluşan büyük bir proteindir. RecBCD çokfonksiyonlu bir enzimdir; ATP-bağımlı çift zincirli (ds) ve tek zincirli (ss) DNAekzoonükleaz, ATP'nin uyardığı ssDNA endonükleaz, helikaz, DNA bağımlı ATPaz veRecA bağlama aktiviteleri. RecBCD, E.coli rekombinasyonu için sıcak nokta (hotspot)olan ?Chi? dizisini (5' GCTGGTGG 3') tanıma yeteneğine de sahiptir. RecBCD'ninbaşlıca görevi, 3'ssDNA uzantısını oluşturmak üzere rekombinasyonun presinaptikfazını gerçekleştirmektir. Bu 3'ssDNA uzantısı, RecA proteini tarafindan zincirdeğişimi için bir substrat olarak kullanılır. Chi-RecBCD etkileşimi, enzimaktivitelerinin düzenlenmesinde önemlidir. RecB ve RecD alt birimlerinin helikazprotein ailesinin 1.grubuna ait olduğu bildirilmiştir. Fakat enzim aktivitelerinin nasıldüzenlendiği ve enzim altbirim ve spesifik domainlerinin bu düzenlemedeki rolü tamolarak kesinlik kazanmamıştır. Bu çalışmada, RecD polipeptidinin RecBCD enzimaktiviteleri üzerindeki düzenleyici rolünü saptamak için recB-recD genetik füzyonuoluşturuldu. Delesyon ve yer değiştirme füzyon mutasyonları ?Recombineering? ileoluşturuldu ve RecBDC füzyon proteininin enzim aktiviteleri, ?Chi? genetik aktivitesi,rekombinasyon frekansı ve DNA-hasar verici ajanlara karşı duyarlılığı analiz edildi. UVışık ve Mitomisin C, homolog rekombinasyon ile tamir edilen dsDNA lezyonuoluşumunu indüklemek için kullanıldı. Çalışmanın sonuçları delesyon ve yer değiştirmemutasyonlarının füzyon enzim fenotipini değiştirmediğini gösterdi. Benzer şekilde, heriki mutant proteinin de nükleaz, helikaz ve ?Chi? kesme aktivitesine sahip olduklarisaptandı. Fakat, protein analizlerinde normalden daha az holoenzim olduğu ve azmiktarda normal uzunlukta RecD polipeptidi gözlendi. Sonuç olarak, bu çalışmadafüzyon mutasyonlarının protein katlanmasını etkilemediği, ancak RecD polipeptidininheterotrimere katılımının azaldığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACTPortakal, O., Construction of recB-recD genetic fusion and analysis of RecBDCfusion enzyme functions in Escherichia coli. Hacettepe University, Institute ofHealth Sciences, Biochemistry Program, Doctor of Philosophy Thesis, Ankara,2006. In wild type E.coli, conjugational and transductional recombination and doublestrand break repair require RecBCD enzyme. RecBCD is a large protein (330 Mr)consisting three different polypeptides; RecB, RecC and RecD. RecBCD has multiplefunctions; ATP-dependent double strand (ds) DNA and single strand (ss) DNAexonuclease, ATP-stimulated ssDNA endonuclease, helicase, DNA dependent ATPaseand RecA loading activities. RecBCD has also an ability to recognize with Chisequences (5? GCTGGTGG 3?) that are hotspots of E.coli recombination. Primary roleof RecBCD is to carry out the presynaptic processing of recombination to produce 3?single strand overhang. This 3?ssDNA is used as a substrate for strand exchange byRecA protein. Chi-RecBCD interaction is important for the regulation of enzymeactivities. It was implicated that RecB and RecD subunits of the enzyme are themembers of helicase superfamily 1. However, how the regulation of enzyme activitieshas been occurred and the role of subunits and specific domains of enzyme onregulation remains unclear. In this study, recB-recD genetic fusion was generated toinvestigate the regulatory role of RecD polypeptide on the enzyme activities. Deletionand substitution fusion mutations were generated by Recombineering method and thenenzyme activities, Chi genetic activity and recombination frequency, and the sensitivityto DNA damaging agents of RecBDC fusion enzymes were analyzed. UV light andMitomycin C were used for induction of ds break formation, which is repaired byhomologous recombination. The results of this study demonstrated that deletion andsubstitution mutations did not change the phenotype of the fusion enzymes. Similarlyboth fusion mutants have nuclease, helicase and Chi cutting enzyme activities.However, protein analysis showed that the presence of less heterotrimer than wild typeand wild type length RecD polypeptide. Therefore, these fusion mutations did not affectprotein folding, but reduced the assembling of RecD polypeptide into heterotrimer.RecBCD enzyme, homologous recombination, genetic fusion,
Benzer Tezler
- Türk evlerinde yapı malzemeleri ve yapım teknikleri
Construction materials and techniques in Turkish houses
MURAT EYÜP COŞKUN
- Posthümanist düzende gerçeklik inşası: Westworld Dizisi örneğinde türlerin melezleşmesi ve gerçekliğin temsili
Construction of reality in the posthumanist system: Hybridization of genres and representation of reality in the example of Westworld TV Series
EMİNE KANMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Radyo-TelevizyonÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR ÖZGÖKBEL BİLİS
- Construction of cyclic dna codes over finite rings
Devirli dna kodların halklar üzerindeki inşaası
THEYYAZIN MAMDOOH YOUSIF YOUSIF
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
MatematikKarabük ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TÜLAY YILDIRIM TURAN
- Üç boyutlu biyobasım yönteminde denizel kaynaklı biyomürekkep kullanılarak karaciğer doku mühendisliği uygulamaları için ko-kültür yapılarının oluşturulması
Construction of co-culture structures for liver tissue engineering applications by using marine-derived bioink in three-dimensional bioprinting method
ELİF BALIKÇI
Doktora
Türkçe
2024
BiyomühendislikSağlık Bilimleri ÜniversitesiDoku Mühendisliği Anabilim Dalı
PROF. DR. ERKAN TÜRKER BARAN
- Construction of a system of meaning in-between modernity and (mass) housing: TOKİ
Modernlik ve (toplu) konut arasında bir anlam sistemi inşası: TOKİ
NİHAN BÖLÜKBAŞ BARAN
Doktora
İngilizce
2024
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HACER ELA ARAL
PROF. DR. GÜVEN ARİF SARGIN