Glial tümörlerde ARHI tümör süpresör geninde loh ve metilasyon profillerinin araştırılması
Investigation of loh and methylation profiles of the ARHI tumour supressor gene in glial tumours
- Tez No: 195820
- Danışmanlar: DOÇ. SİBEL BERKER KARAÜZÜM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Glial beyin tümörleri, ARHI, LOH, metilasyon, Glial brain tumors ARHI, LOH, methylation
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
1p31 bölgesinde lokalize olan ARHI geni, Ras protoonkogenine % 60 homoloji göstermesine karşın Ras ailesine ait tanımlanmış ilk tümör süpresör gendir. Maternal olarak susturulmuş ve sadece paternal allelden eksprese olan ARHI geninin, başta meme ve over olmak üzere kalp, karaciğer, pankreas ve beyin normal dokularında sürekli sentezlendiği bilinmektedir. Yapılan çalışmalarla meme ve over kanserlerinin % 70- 80'inde ARHI geninin ekspresyonunda azalma olduğu gösterilmiştir. ARHI geninin glial beyin tümörlerinin gelişimde etkili olup olmadığı ise bilinmemektedir. Bu çalışmada normal beyin dokusunda ekspresyon gösteren ARHI geninin, glial beyin tümörü gelişiminde rolünün belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda, 21 glial tümörlü olgunun tümör ve periferik kan örnekleri ile 7 otopsiden elde edilen normal beyin doku örnekleri incelenmiştir. ARHI gen ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı RT-PCR tekniği ile değerlendirildiğinde, 21 glial tümör örneğinin 7'sinde (% 33.3) ARHI gen ekspresyonunda azalma gözlenmiştir. Ekspresyon azalmasına neden olabilecek mekanizmalardan biri olan heterozigosite kaybı, 1p31 bölgesinde yer alan D1S207, D1S226, D1S430, D1S488 ve D1S2638 olmak üzere 5 işaretli polimorfik markır kullanılarak fragment analizi uygulanarak gerçekleştirilmiştir. 21 olgunun 2'sinde (% 9.5) LOH tespit edilmiş olup bu olgular gerçek zamanlı RT-PCR tekniği ile ARHI gen ekspresyonunda azalma gösteren 7 olgunun içerisinde yer almaktadır. Kalan 5 olgunun tümör DNA örneklerinde, ekspresyon azalmasına neden olabilecek bir başka mekanizma olan metilasyon araştırılmıştır. Yapılan çalışmalarla ARHI geninin promotor bölgesinde 3 farklı CpG adacığı tanımlanmış olup, gen ekspresyon kaybı ile en çok CpG II bölgesi arasında ilişki bulunmuştur. Buradan yola çıkarak CpG II bölgesinin metilasyon profili, 5 olguda COBRA tekniği ve restriksiyon enzim kesimi teknikleri uygulanarak çalışılmıştır. Değerlendirme sonucunda 5 olgunun hiçbirinde ARHI geninin promotorundaki CpG adacığı II bölgesinde metilasyon belirlenmemiştir. Bulgularımız, ARHI tümör süpresör geninin ekspresyonundaki azalmanın glial beyin tümörü gelişiminde rol oynayabileceğini ve heterozigosite kaybının bu ekspresyon azalmasından sorumlu mekanizmalardan birisi olabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Although the ARHI gene, which is localized in the 1p31 chromosomal region, shows 60% homology to the Ras protooncogene, it is the first tumor supressor gene defined in the Ras family. The maternally silenced ARHI gene that is expressed only from the paternal allele, is known to be constitutively expressed in primarily the normal breast and ovarian tissues, and in normal heart, liver, pancreas, and brain tissues also. Studies have revealed reduction in the ARHI gene expression in 70 to 80% of the breast and ovarian cancers. It is not known yet whether the ARHI gene plays a role in the development of the glial brain tumors or not. This study aimed detection of the role of ARHI gene, which is expressed in the normal brain tissue, in development of the glial brain tumors. In the study, tumor and peripheral blood samples of 21 cases with glial tumor, and normal brain tissue samples obtained from 7 autopsies were investigated. Evaluation of the ARHI gene expression levels by Real time RT-PCR revealed decrease in 7 (33.3%) of the 21 glial tumor samples. Analysis of loss of heterozygosity, which is one of the mechanisms that can lead to decrease in expression, was performed by fragment analysis using 5 labeled polymorphic markers localized in the 1p31 region, namely D1S207, D1S226, D1S430, D1S488, and D1S2638. LOH was detected in 2 (9.5%) of the 21 cases, who were included in the 7 cases who were found to reveal a decrease in the ARHI gene expression by real time RT-PCR. Methylation status, which is another mechanism that can lead to decrease in the ARHI expression, was investigated in the tumor DNA samples of the remaining 5 cases. Studies performed revealed 3 different CpG islands in the promotor region of the ARHI gene, where the CpG region II had the highest relation with the gene expression loss. Thus, the methylation profiles of the CpG region II in these 5 cases were investigated by COBRA technique and restriction enzyme analysis. Evaluation of the results revealed no methylation in the CpG island region II located in the promotor of the ARHI gene in any of the 5 cases studied. Our results revealed that decrease in the ARHI tumor supressor gene expression may play a role in the glial brain tumor development, and that loss of heterozygosity can be one of the mechanisms responsible for this reduction in the ARHI gene expression.
Benzer Tezler
- Glial tümörlerde kan ve tümör mikroçevresindeki innate lenfoid hücrelerin (ılc) karakterize edilmesi
Characterization of innate lymphoid cells (ilc) in the blood and tumor microenvironment in glial tumors
ŞERİFE ERDEM
- Glial tümörlerde morbidite ve mortaliteyi etkileyen faktörler ve klinik sonuçlarımızın yeni Dünya Sağlık Örgütü sınıflaması çerçevesinde retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the factors affecting morbidity and mortality in glial tumors and our clinical results within the framework of the new World Health Organization classification.
BERKAY AYHAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
NöroşirürjiSağlık Bilimleri ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYHAN TEKİNER
- Glial tümörlerde ATRX durumu ve MRG bulguları arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between ATRX status and MRİ findings in glial tumors
ENGİN CAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
NöroşirürjiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET HAKAN SEYİTHANOĞLU
- Glial tümörlerde gözlemlenen mtDNA'nın D-LOOP bölgesi varyasyonları
The observed mtDNA D-LOOP area variations in the glial tumors
ALİ MUTLUKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
NöroşirürjiSelçuk ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN KARABAĞLI
- Glial tümörlerde perfüzyonun arteriyel spin işaretleme ile değerlendirilmesi ve dinamik suseptibilite kontrast yöntemi ile karşılaştırılması
Assesment of perfusion in glial tumors with arterial spin labeling; comparison with dynamic susceptibility contrast method
HAKAN CEBECİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Radyoloji ve Nükleer TıpUludağ ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. BAHATTİN HAKYEMEZ