Geri Dön

Mitokondriyal DNA değişimlerinin kanser ile ilişkisinin araştırılması

Investigation of mitochondrial DNA changes in association to cancer

  1. Tez No: 196071
  2. Yazar: CENK ARAL
  3. Danışmanlar: PROF.DR. AYŞE ÖZER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Mitokondriyal DNA, kanser, mutasyon, D310, sık delesyon, Mitochondrial DNA, cancer, mutation, D310, common deletion
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

Kanser oluşumu ve gelişimi için son yıllarda mitokondriyal DNA mutasyon ve polimorfizmlerinin önemli rol oynayabileceği düşünülmektedir. Bunlar arasında, en çok çalışılan kodlama yapmayan D-loop bölgesinde yer alan D310 polimorfizmidir. Bu bölge bir timin nükleotidi ile kesintiye uğrayan iki poli-sitozin zincirinden oluşmaktadır ve birinci zincirdeki sitozin sayısı yüksek değişiklik göstermektedir. Bu dizi değişikliğinin tanımlanmasında uygulaması pahalı ve güç yöntemler olan DNA dizi analizi ve radyoaktiviteye dayalı teknikler kullanılmaktadır. Bu çalışmada RFLP kullanılarak D310 polimorfizmi için sadece 7 sitozin taşıyan örneklerin belirlenmesini sağlayacak bir ön tarama yöntemi geliştirilmesi hedeflenmiştir. Ayrıca çalışılan kanser olgularında bir diğer mitokondriyal DNA değişimi olan sık delesyonun varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Tez çalışması kapsamında 100 kanser olgusu ve bunların tümör dışı dokularından elde edilen DNA örneklerinde D310 polimorfizmi RFLP yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca 41 sağlıklı gönüllü örneği kontrol amacıyla çalışmaya dahil edilmiştir. Yedi sitozin taşıyan örneklerin belirlenmesi amacıyla PZR sonrası örnekler BsaXI restriksiyon enzimi ile kesilmiş ve 7 sitozin taşıyan BsaXI (+) örnekler, heteroplazmik BsaXI (+/-) örnekler ve diğer BsaXI (-) örnekler agaroz jel elektroforezinde tanımlanmıştır. Kesim sonuçları dizi analizi ile de ayrıca doğrulanmıştır. Tümör ve onların tümör dışı sağlıklı dokularında mitokondriyal DNA sık delesyonu PZR ile incelenmiştir. Çalışılan örneklerde BsaXI RFLP yönteminin ilk kez ve başarı ile uygulanabildiği ve elde edilen sonuçların dizi analizi ile uyumlu olduğu gösterilmiştir. Çalışılan olgularda tümör dokuları ve tümör dışı sağlıklı dokular arasında BsaXI polimorfizmi açısından bir fark görülmemiştir. Kolorektal tümör ile sağlıklı kontroller arasında BsaXI genotipinin anlamlı şekilde farklı olduğu ancak meme ve tiroid tümörlerinde bir fark görülmediği belirlenmiştir. Sık delesyon sadece tiroid örneklerinde izlenmiş meme ve kolorektal olgularında görülmemiştir. Sonuç olarak BsaXI RFLP yöntemi D310 polimorfizminin özellikle geniş popülasyonlarda taranmasında kullanışlı ve etkili bir ön tarama yöntemidir. Kolorektal tümör olguları ile sağlıklı kontroller arasında gözlenen farkın daha büyük çalışma gruplarında tekrar edilmesi gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

It is suggested that mitochondrial DNA mutations and polymorphisms may play an important role in the development and progression of cancer. Among them, D310 polymorphism which is located at the non-coding D-loop region is the most studied. This region consists of two polycytosine stretches interrupted by a thymidine nucleotide and the number of cytosines within the first stretch is highly variable. For the determination of this sequence alteration DNA sequencing and radioactivity-based methods are applied that are difficult and expensive to perform. One of the goals of this study was to develop of a prescreening test that allows detection of 7 cytosinecontaining allele by RFLP. Furthermore, determination of mitochondrial DNA common deletion at the cancer samples aimed. The D310 polymorphism was studied by RFLP method on DNA samples obtained from 100 cancer cases and their non-tumoral healthy tissues. In addition, 41 healthy volunteers included in the study as a control group. In order to determine 7-cytosine carriers, samples digested by BsaXI restriction enzyme after PCR and 7-C carrying BsaXI (+), heteroplasmic BsaXI (+/-) and remaning BsaXI (-) cases determined by agarose gel electrophoresis. Sequencing was applied in order to verify RFLP results. Mitochondrial DNA common deletion has been determined by PCR at tumoral and non-tumoral tissues. As a result, it is the first time that BsaXI RFLP method is successfully applied and consistent with the sequencing analysis results. There was no difference between tumoral and their non-tumoral tissues for BsaXI status. A significant difference was found between colorectal tumors and healthy controls for their BsaXI status whereas no difference was found in breast and thyroid tumors. Common deletion was only detected in thyroid samples but not in breast and colorectal cancer cases. In conclusion, BsaXI RFLP is an effective method for prescreening of D310 polymorphism, especially for large population studies. Further studies in large groups are necessary in order to confirm the difference observed between colorectal tumors and control cases.

Benzer Tezler

  1. Türk toplumunda fonksiyonel ve nonfonksiyonel tiroit nodülleri ile papiller tiroit karsinomlarında mitokondriyal DNA kopya sayısının belirlenmesi

    Determination of mitochondrial DNA copy number in functional and non-functional thyroid nodules and papillary thyroid carcinomas in Turkish community

    ŞEYMA TEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyolojiTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. RIFAT BİRCAN

  2. Association of mitochondrial DNA copy number variations in triple negative breast cancer patients

    Mitokondriyal DNA kopya sayısı değişimleri ile üçlü negatif meme kanseri arasaındaki ilişki

    KARİN MANTO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR ÖZBEK

    DOÇ. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU

  3. Akciğer adenokarsinomlarının etiyolojisinde apobec gen ailesinin rolünün araştırılması

    The investigation of role of apobec gene family on lung adenocarcinoma etiology

    MUHAMMET ENSAR DOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUNİS DÜNDAR

  4. Türk popülasyonunda tiroit nodüllerinde, mitokondriyal DNA D-loop bölgesi mutasyonlarının analizi

    Analysis of mitochondrial DNA D-loop region mutations in thyroid nodules in turkish population

    ESRA ULU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikNamık Kemal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CENK ARAL

  5. Deltametrin ve thiakloprid insektisit karışımının insan akciğer fibroblastlarında oksidatif stes potansiyelinin ve hücre canlılığına etkisinin belirlenmesi

    Determining of oxidative stress potential and effect on cell viability of deltamethri̇n and thi̇aclopri̇d insecticides in human lung fibroblasts

    ALPEREN KARABIYIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiOrdu Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VEDAT ŞEKEROĞLU