Klinik örneklerden Burkholderia cepacia kompleksinin PCR tabanlı identifikasyonu
PCR-based detection and identification of Burkholderia cepacia complex from clinical specimens
- Tez No: 196652
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜVEN URAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
iiiKLİNİK ÖRNEKLERDEN BURKHOLDERİA CEPACİA KOMPLEKSİNİNPCR TABANLI İDENTİFİKASYONU(Doktora Tezi)Dilek Hande BİNNETGAZİ ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜOcak 2006ÖZETSon yıllarda Pseudomonas ve Burkholderia cepacia kompleks etkenlerininbelirlenmesinde moleküler tanı yöntemlerinin kullanılması önem kazanmıştır.Araştırmada 97 klinik örnekten B. cepacia kompleksin moleküleridentifikasyonu yapılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 97 izolatın 28'indeB. cepacia kompleks için özel olan 770 baz çift (bp)'lik 16S rRNA gen bölgesiçoğaltılmıştır. B. cepacia kompleks PCR ürünleri TaqI, RsaI ve Tsp509Irestriksiyon endonükleaz enzimleri ile doğrulanmıştır. Çalışmada restiriksiyonendonükleaz enzimleri ile doğrulanan izolatların nükleotid dizilerininbelirlenmesi hedeflenmiş ve örneklere DNA dizi analizi uygulanmıştır.B. cepacia kompleks izolatlarının DNA dizi analizi ile belirlenen nükleotid dizisi,gen kütüphanesine kayıtlı AY207313 nükleotid dizisi ile karşılaştırılmıştır. Heriki nükleotid dizisinin birbirinin aynı olduğu tespit edilmiştir. 28 B. cepaciakompleks izolatına moleküler bant yapılarının tespiti için rastgele seçilenprimerle PCR (AP-PCR) uygulanmıştır ve örnekler 6 gruba dağılmıştır. AP-PCR ürünlerinin oluşturduğu bantların sayı ve büyüklüğünü tespit etmek içinürünlere DNA biyoanalizi uygulanmıştır. DNA biyoanaliz sonuçlarının grafik,ivjel ve sayısal değerlendirmeleri sonucunda B. cepacia kompleks izolatları 11gruba ayrılmıştır ve her grubun DNA bant büyüklüklerinin sayısal sonuçlarıelde edilmiştir. Çalışmada B. cepacia kompleks izolatlarının identifikasyonundamoleküler yöntemlerin önemi vurgulanmış ve. mikroorganizmalarınidentifikasyonu için geleneksel kültür yöntemlerinin yanında moleküleryöntemlerinde kullanılması tavsiye edilmiştir.Bilim Kodu : 203.1.104Anahtar Kelimeler : Burkholderia cepacia kompleks, PCR, identifikasyon,DNA biyoanalizi, AP-PCRSayfa Adeti : 84Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven Uraz
Özet (Çeviri)
vPCR-BASED DETECTION AND IDENTIFICATION OFBURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX FROM CLINICAL SPECIMENS(PhD. Thesis)Dilek Hande BINNETGAZI UNIVERSITYINSTUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGYJanuary 2006ABSTRACTMolecular identification methods have gained importance at detection of bothPseudomonas genus and Burkholderia cepacia in recent years. During the research,molecular identification of B. cepacia complex from 97 clinical specimens werestudied. 770 base pair (bp) 16S rRNA gene region specific for B. cepacia complexhad been amplified by PCR. The PCR products of B. cepacia complex wereverified using, TaqI, RsaI and Tsp5091 restriction endonucleases enzymes. In thisstudy, determination of nucleotide sequence of strains which were verified withrestriction endonucleases enzymes had been aimed and DNA sequence analysis ofspecimens were applied. The nucleotide sequence which was defined as a result ofDNA sequence analysis of verified B. cepacia complex isolates compared withB. cepacia complex (AY207313) nucleotide sequence which registered in GenBank.At the end of comparison, nucleotide sequences, was found to carry the samesequence with the previously submitted sequence. As consequence of AP-PCRmethod which was used for molecular typing of 28 B. cepacia complex isolates andvithe specimens are separated into 6 different bands. In order to determine thenumbers and greatness of bands which caused by amplifying fragments, DNAbioanalysis process was applied to the fragments. At the end of this analysis it wasdetected that same fragments are separated into 11 different groups. According toour study results, molecular methods in B. cepacia complex identification wereconfirmed and verified as more confident and faster tests. Due to thesespecifications molecular methods are also advised in addition to traditional culturemethods for clinical research laboratories.Science Code : 203.1.104Key Words : Burkholderia cepacia complex, identification, DNA bioanalysis,PCR, AP-PCRPage Number : 84Adviser : Prof. Dr. Güven Uraz
Benzer Tezler
- Burkholderıa cepacıa kompleks türlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle tanımlanması ve antibiyotik duyarlılığı
Identification and antibiotic susceptibility of burkholderia cepacia complex species by phenotypic and genotypic methods
YUNUS EMRE ALPDOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY BAHÇECİ
PROF. DR. ZİHNİ AÇAR YAZICI
- Katyonik steroid antibiyotiklerin burkholderia cepacia kompleks suşlarına karşı oluşturduğu in vitro etkilerin araştırılması
Investigation of in vitro effects of cationic steroid antibiotics against burkholderia cepacia complex strains
ELİF SENA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞLA BOZKURT GÜZEL
- Farnesol ve tyrosolün Acinetobacter baumannii, Burkholderia cepacia kompleks ve Stenotrophomonas maltophilia izolatları üzerine antibakteriyel etkilerinin araştırılması
Investigation of antibacterial effects of farnesol and tyrosol on Acinetobacter baumannii, Burkholderia cepacia complex and Stenotrophomonas maltophilia isolates
SİNEM ESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI ÖZDEMİR
- Klinik mikrobiyoloji laboratuvarında acinobacter subtipleri olarak değerlendirilen nonfermentatif gram negatif bakterilerin API 20 NE sistemi ile tiplendirilmesi ve bazı antimikrobiyal ajanlara duyarlılık durumlarının belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
İDİL İKBAL GÖKDAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYYAL ROTA
- Non-fermantatif gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Biofilm formation of non fermantative gram negative bacteria and determination of antibiotic sensitivity
MUHAMMED FATİH TURSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN