Burkholderıa cepacıa kompleks türlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle tanımlanması ve antibiyotik duyarlılığı
Identification and antibiotic susceptibility of burkholderia cepacia complex species by phenotypic and genotypic methods
- Tez No: 905775
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY BAHÇECİ, PROF. DR. ZİHNİ AÇAR YAZICI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antibiyotik direnci, Burkholderia cepacia kompleksi, Mikrobiyal tanımlama yöntemleri, Antibiotic resistance, Burkholderia cepacia complex, Microbial identification methods
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bakanlığı
- Enstitü: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Amaç: Burkholderia cepacia kompleks türleri özellikle kistik fibrozis ve kronik granülomatöz hastalığı olan bireylerde ağır enfeksiyonlara neden olan, hastanede yatan ve bağışıklığı baskılanmış kişilerde yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden fırsatçı bir patojendir. Burkholderia cepacia kompleks türlerini tanımlamada biyokimyasal ve fenotipik yöntemler kullanılsa da bu yöntemlerin tür düzeyinde tanımlamaları her zaman doğru olmamaktadır. Bu mikroorganizma grubu çeşitli virülans ve adaptasyon mekanizmaları ile antibiyotik direnci geliştirebilmektedir. Tanımlamada yaşanan zorluklar ve birçok antibiyotiğe doğal direncinin bulunması, klinik ve laboratuvar yönetimini zorlaştırmaktadır. Bu amaçla, Burkholderia cepacia kompleks grubu mikroorganizmaların biyokimyasal, otomatize ve moleküler yöntemlerle tanımlanması ve farklı yöntemlerle antibiyotik duyarlılıkları belirlenerek mikrobiyolojik tanısının konması ve antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi için en ideal yöntemlerin ortaya konması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde tanı ve tedavi amacıyla izlenen hastaların Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli örneklerinden son 3 yıl içinde (2020 – 2023) izole edilen 55 adet Burkholderia cepacia kompleks bakteri grubu kullanıldı. VITEK® 2 Compact (BioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ile tanımlanan Burkholderia cepacia kompleks izolatları çalışma yapılacak zamana kadar -80°C'de stoklandı. Bu mikroorganizmaların tanımlanması için MALDI-TOF MS (EXS 2600, Zybio, Çin) ve moleküler yöntemler kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık testleri sıvı mikrodilüsyon, disk difüzyon ve E-Test yöntemleriyle yapıldı. Duyarlılık sonuçları CLSI (M100- E33, 2023) rehberine göre değerlendirildi. İzole edilen mikroorganizmaların ait oldukları hasta bilgileri hastane bilgi sisteminden elde edildi. Bulgular: Bu çalışmada, 55 klinik örnekten izole edilen Burkholderia cepacia kompleks izolatlarının tanımlamasında PZR yöntemi altın standart olarak kabul edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle 42 (%76.4) izolat B. cepacia, 2 (%3.6) izolat B. cenocepacia ve 9 (%16.4) izolat S. maltophilia olarak tanımlanmış, 2 (%3.6) izolat tanımlanamamıştır. PZR yöntemiyle yapılan analizlerde ise, 48 (%87.3) izolat recA geni pozitif bulunmuş, 7 (%12.7) izolat negatif sonuç vermiştir. Tüm izolatlar minosiklin, levofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazol antibiyotiklerine duyarlı bulunmuştur. Ancak, seftazidim ve meropenem antibiyotiklerine karşı direnç oranları farklılık göstermiştir. En yüksek direnç oranları tikarsilin-klavulanik asit için gözlenmiştir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile izolatların %91.7'si (44 izolat) seftazidime duyarlı, %87.5'i (42 izolat) meropeneme duyarlı bulunmuştur. Tikarsilin-klavulanik asit antibiyotiğine karşı E-Test yöntemiyle izolatların %16.7'si duyarlı (8 izolat) bulunurken, sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle %6.3'ü duyarlı (3 izolat) saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, Burkholderia cepacia kompleksinin yüksek doğal antibiyotik direncine sahip olmasının klinik önemini vurgulamaktadır. Ayrıca, kullanılan tanımlama yöntemleri arasındaki tutarsızlıklar, doğru tanı ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde önemli zorluklar yaratabileceğini göstermiştir. Çalışmada antibiyotik duyarlılık testleri arasında belirgin farklılıklar gözlemlenmemiştir. Literatürde bu konuda çeşitli farklılıklar rapor edilmiştir. Bu durum, klinik pratiğe yönelik daha tutarlı ve güvenilir yöntemlerin geliştirilmesinin önemini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Burkholderia cepacia complex species is an opportunistic pathogen that causes severe infections especially in individuals with cystic fibrosis and chronic granulomatous disease, with high morbidity and mortality in hospitalised and immunocompromised individuals. Although biochemical and phenotypic methods are used to identify Burkholderia cepacia complex species, these methods are not always accurate at the species level. This group of microorganisms can develop antibiotic resistance through various virulence and adaptation mechanisms. Difficulties in identification and the presence of natural resistance to many antibiotics make clinical and laboratory management difficult. For this purpose, it was aimed to identify Burkholderia cepacia complex group microorganisms by biochemical, automated and molecular methods and to determine their antibiotic susceptibilities by different methods and to reveal the most ideal methods for microbiological diagnosis and determination of antimicrobial susceptibility. Materials and Methods: A total of 55 Burkholderia cepacia complex bacterial groups isolated in the last 3 years (2020 - 2023) from various samples of patients followed up for diagnosis and treatment sent to the Microbiology Laboratory (Recep Tayyip Erdoğan University Faculty of Medicine Training and Research Hospital) were used. Burkholderia cepacia complex isolates identified by VITEK® 2 Compact (BioMerieux, France) automated system were stored at -80°C until the time of the study. MALDI-TOF MS (EXS 2600, Zybio, China) and molecular methods were used for the identification of these microorganisms. Antibiotic susceptibility tests were performed by the liquid microdilution, disc diffusion and E-Test methods. Susceptibility results were evaluated according to CLSI (M100-E33, 2023) guidelines. Patient information of the isolated microorganisms was obtained from the hospital information system. Results: In this study, the PCR method was considered as the gold standard for the identification of Burkholderia cepacia complex isolates isolated from 55 clinical samples. By MALDI-TOF MS method, 42 (76.4%) isolates were identified as B. cepacia, 2 (3.6%) as B. cenocepacia and 9 (16.4%) as S. maltophilia, while 2 (3.6%) isolates could not be identified. In the analyses performed by PCR method, 48 (87.3%) isolates were positive for recA gene and 7 (12.7%) isolates were negative. All isolates were susceptible to minocycline, levofloxacin and trimethoprimsulfamethoxazole antibiotics. However, resistance rates to ceftazidime and meropenem antibiotics differed. The highest resistance rates were observed for ticarcillin-clavulanic acid. By the liquid microdilution method, 91.7% (44 isolates) of the isolates were susceptible to ceftazidime and 87.5% (42 isolates) were susceptible to meropenem. While 16.7% (8 isolates) of the isolates were susceptible to ticarcillin-clavulanic acid antibiotic by E-Test method, 6.3% (3 isolates) were susceptible by liquid microdilution method. Conclusion: The findings of this study emphasise the clinical significance of the high natural antibiotic resistance of the Burkholderia cepacia complex. Furthermore, inconsistencies between the identification methods used showed that it may create significant difficulties in the development of accurate diagnostic and therapeutic strategies. In this study, no significant differences were observed between antibiotic susceptibility tests. Various differences have been reported in the literature in this regard. This situation shows the importance of developing more consistent and reliable methods for clinical practice.
Benzer Tezler
- Burkholderıa cepacıa kompleks bakterilerin gıdalardaki varlığı ve halk sağlığı açısından önemi
The presence of burkholderia cepacia complex bacteria in foods and its importance for public HEALTH
EMEL ALIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Besin Hijyeni ve TeknolojisiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiGıda Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZEN YURDAKUL
- Katyonik steroid antibiyotiklerin burkholderia cepacia kompleks suşlarına karşı oluşturduğu in vitro etkilerin araştırılması
Investigation of in vitro effects of cationic steroid antibiotics against burkholderia cepacia complex strains
ELİF SENA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞLA BOZKURT GÜZEL
- Klinik örneklerden Burkholderia cepacia kompleksinin PCR tabanlı identifikasyonu
PCR-based detection and identification of Burkholderia cepacia complex from clinical specimens
DİLEK HANDE BİNNET
- Farnesol ve tyrosolün Acinetobacter baumannii, Burkholderia cepacia kompleks ve Stenotrophomonas maltophilia izolatları üzerine antibakteriyel etkilerinin araştırılması
Investigation of antibacterial effects of farnesol and tyrosol on Acinetobacter baumannii, Burkholderia cepacia complex and Stenotrophomonas maltophilia isolates
SİNEM ESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI ÖZDEMİR
- Kistik fibrozisli hastalarda anaerop bakterilerin rolünün araştırılması
The evaluation of the importance of anaerobic bacteria in patients with cystic fibrosis
ÖZLEM DOĞAN AYÇIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. FATMA FERDA TUNÇKANAT