Metabolite footprinting and fingerprinting in Saccharomyces cerevisiae
Maya hücrelerinde hücre içi ve hücre dışı metabolit analizi
- Tez No: 200276
- Danışmanlar: PROF.DR. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Matematiksel modelleme, Metabolik mühendislik, İstatistiksel teknikler, Mathematical modelling, Metabolic engineering, Statistical techniques
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalısmada S. cerevisiae hücrelerinin galaktoz metabolik yolundan sorumlu genlerinin, hexose tasıyıcı, transkripsiyon düzenleyici ve solunumdan sorumlu genlerinin metabolik tepkileri arastırılmıstır. Rgt1?/ rgt1?, adh6?/ adh6?, gal4?/ gal4?, gal6?/ gal6?, gal7?/ gal7, gal80?/ gal80?, hap4?/ hap4?, hxt10?/hxt10?, hxt12?/ hxt12?, mba1?/ mba1?, mig1?/ mig1?, snf3?/ snf3?, yel057c?/yel057c? homozigot delesyon mutantları hoD/hoD (referans sus) 20 gL-1 glukoz çözeltisi içeren batch reaktörlerde büyütülmüstür. Fermantasyonun durağan fazında toplanan örnekler, QTOF kütle spektrometresi yardımıyla hücre dısı ve hücre içi metabolom profillerinin analizi için kullanılmıstır. Daha sonra, PCA ve ICA istatistiksel metodlarının metabolik verilere uygulanması sonucunda grafiklerde aynı bölgede bulunan delesyon mutantlarının biyolojik veya fonksiyonel açıdan birbirleriyle yakın görevlere sahip genler olup olmadığı incelenmistir. Metabolik verilere delesyon mutantlarının birbirleriyle olan iliskisini göstermek amacıyla Pearson korelasyon analizi uygulanmıstır. Korelasyon analizinin sonuçları PCA ve ICA yöntemlerinin geçerliliğini doğrulamaktadır. Delesyon mutantlarının hücre dısı ve hücre içi metabolom verileri için belirli m/z değerlerindeki imzaları elde edilmistir. Elde edilen m/z değerleri çiftli mutant korelasyon analizi için kullanılmıstır. Sonuç olarak, S. cerevisiae hücrelerinin 20. saatteki hücre dısı metabolom verileri ve 25. saatteki hücre içi metabolom verileri görevi bilinen gen gruplarının birbirlerinden daha iyi ayırt edilebilmesine imkan sağlamıstır. Ayrıca fonksiyonu ya da diğer genlerle iliskisi bilinmeyen yel057c? delesyon mutantının snf3?, adh6? ve hxt12? ile aynı bölgede yer aldığı gözlemlenmistir. Bu bulgudan yararlanarak yel057c? delesyon mutantının glukoz veya hexose tasınmasında snf3? ve hxt12? gibi bir rolü olduğu belirtilebilir.
Özet (Çeviri)
The metabolic response of S. cerevisiae cells of galactose metabolic pathway genes, hexose transporter genes, transcription regulation and respiration related genes were investigated. Homozygous deletion mutants rgt1?/ rgt1?, adh6?/ adh6?, gal4?/ gal4?, gal6?/ gal6?, gal7?/ gal7, gal80?/ gal80?, hap4?/ hap4?, hxt10?/hxt10?, hxt12?/ hxt12?, mba1?/ mba1?, mig1?/ mig1?, snf3?/ snf3?, yel057c?/yel057c?, and hoD/hoD (reference strain) were grown in batch reactors which were containing 20 gL-1 initial glucose in minimal medium. The samples were collected at statinaory phase of fermentation analysed for extracellular (metabolic footprinting) and intracellular (metabolic fingerprinting) metabolome profiles by Q-TOF mass spectrometer. Then, metabolic data were processed by PCA and ICA methods to identify the clusters within the biologically or functionally related deletion mutants. Pearson correlation analysis was applied to metabolic data, which shows the interaction between the deletion mutants. The results of correlation analysis confirmed the accuracy of PCA and ICA. Signatures of deletion mutants at certain m/z values were obtained for extracellular and intracellular metabolome data. Then, these m/z values were used for pair-wise mutant correlations. In conclusion, extracellular metabolome data of S. cerevisiae at 20th hour of fermentation, and intracellular metabolome data at 25th hour of fermentation provide better discrimination of known genes. It was also observed that yel057cD deletion mutant (unknown function or relation) appeared in the same region with snf3?, adh6?, and hxt12?. It could be stated that yel057c? would play a role in glucose or hexose transport like snf3? and hxt12?.
Benzer Tezler
- Methodologies for prediction of transcription factors in transcriptional regulatory mechanisms in biocatalysis of reactions in yeast central pathways
Mayaların merkezi tepkime yolizlerindeki reaksiyonların biyokatalizinde transkripsiyonel regülasyon mekanizmalarındaki transkripsiyon faktörlerinin tahminlenmesi için metodolojiler
OĞUZ ULAŞ YAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR ÇALIK
- Metabolıte bıomarkers for the subtypes of alzheımer's dısease from transcrıptome data: A genome-scale metabolıc modelıng approach
Alzheımer hastalığının alt tipleri için transkriptom verilerinden metabolit biyobelirteç tahmini: genom ölçekli metabolik modelleme yaklaşımı
KADER SARIBULAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Comparative metabolite profiling of drought stress responsive biochemical pathways in root and leaves of Triticeae species
Komparatif metabolit taranması yöntemiyle Triticeae türlerinin kök ile yapraklarında kuraklık stresinde biyokimyasal yolakların karakterizasyonu
NAIMAT ULLAH
Doktora
İngilizce
2017
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Evaluation of metabolite variation between acute lymphoblastic leukemia (ALL) and chronic myeloid leukemia (CML) cell lines via triple quadrupole LC-MS
Akut lenfoblastik lösemi (ALL) ve kronik miyeloid lösemi (KML) hücre hatları arasındaki metabolitvaryasyonun triple kuadrupol LC-MS ile değerlendirilmesi
CEREN PEKŞEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. CAN ÖZEN
DOÇ. SALİH ÖZÇUBUKÇU
- Determination of the secondary metabolite content in pimpinella anisum L. (Anise) callus elicited by green synthesized silver nanoparticles
Yeşil sentez yolu ile elde edilen gümüş nanopartiküllerin pimpinella anisum L. (Anason) kallus kültürlerinde sekonder metabolit içeriğine etkisinin belirlenmesi
AYŞENUR BOZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESMA ULUSOY