A computational approach for analysis of communication in proteins
Proteinler içi haberleşmenin incelenmesi için hesapsal bir yaklaşım
- Tez No: 200277
- Danışmanlar: PROF.DR. PEMRA DORUKER TURGUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Özet yok.
Özet (Çeviri)
Allostery and communication in proteins are crucial for the regulation of protein functions. The binding of a ligand changes the affinity of the protein at a distal ligand binding site and leads to conformational changes which are important for its function. In other words, the functional motions of the proteins reveal the communication patterns that are inherent to native architecture. The discrete-time, discrete-state Markov process applied on the network of interacting residues determines the potential pathways of signal transduction. This novel method involves the evaluation of two basic quantities: hitting and commute times, which express the information flow between the residue pairs. Furthermore maximum likelihood communication pathways are computed based on the Markov transition probabilities. This methodology is applied to adenylate kinase, triosephosphate isomerase, PDZ signaling protein and Cdc25B. As a result, the key interactions and the communication ability of the residues in the selected networks are ascertained. It is shown that the catalytic residues are located at the minima of the mean commute time curves, which indicates their efficient signal transduction abilities. Mobile residues are found to be slow communicators and the residues in the protein core are illustrated to be efficient communicators of the network. Besides, the residues on the maximum likelihood pathways are, at large, evolutionarily conserved; this issue confirms the functional importance of the residues on the pathways. In summary, the new methodology provides insights into understanding of communication patterns in proteins.
Benzer Tezler
- Investigation of dynamic allostery in motor proteins
Motor proteinlerin dinamik allosterisinin incelenmesi
CİHAN KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Konformal anten dizilerinin sentezi için optimizasyon yaklaşımı
Optimization approach for the synthesis of conformal antenna arrays
MAHMUD ESAD YİĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT TAYFUN GÜNEL
- Asynchronous runtime for AMR applications on exascale systems
Exascale sistemlerde AMR uygulamalari için asenkron yürütme sistemi
MUHAMMAD NUFAIL FAROOQI
Doktora
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. DİDEM UNAT
- District-based urban sprawl monitoring and modelling using CA-Markov model: application in two mega cities
İlçe bazlı kentsel yayılma izleme ve CA-Markov model ile modelleme: iki mega şehirde uygulama
ANALI AZABDAFTARI
Doktora
İngilizce
2022
İletişim Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİletişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE FİLİZ SUNAR
- Sayısal hücre görüntülerinin kodlanması ve nicel analizi
Coding and quantitative analysis of the digital cell images
NEŞE APAK
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiY.DOÇ.DR. MUHİTTİN GÖKMEN