Geri Dön

A computational approach for analysis of communication in proteins

Proteinler içi haberleşmenin incelenmesi için hesapsal bir yaklaşım

PDF İndir

  1. Tez No: 200277
  2. Yazar: SİNEM ÖZEL
  3. Danışmanlar: PROF.DR. PEMRA DORUKER TURGUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Proteinler, İletişim, Proteins, Communication
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Allostery and communication in proteins are crucial for the regulation of protein functions. The binding of a ligand changes the affinity of the protein at a distal ligand binding site and leads to conformational changes which are important for its function. In other words, the functional motions of the proteins reveal the communication patterns that are inherent to native architecture. The discrete-time, discrete-state Markov process applied on the network of interacting residues determines the potential pathways of signal transduction. This novel method involves the evaluation of two basic quantities: hitting and commute times, which express the information flow between the residue pairs. Furthermore maximum likelihood communication pathways are computed based on the Markov transition probabilities. This methodology is applied to adenylate kinase, triosephosphate isomerase, PDZ signaling protein and Cdc25B. As a result, the key interactions and the communication ability of the residues in the selected networks are ascertained. It is shown that the catalytic residues are located at the minima of the mean commute time curves, which indicates their efficient signal transduction abilities. Mobile residues are found to be slow communicators and the residues in the protein core are illustrated to be efficient communicators of the network. Besides, the residues on the maximum likelihood pathways are, at large, evolutionarily conserved; this issue confirms the functional importance of the residues on the pathways. In summary, the new methodology provides insights into understanding of communication patterns in proteins.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    338874

    Investigation of dynamic allostery in motor proteins

    Motor proteinlerin dinamik allosterisinin incelenmesi

    CİHAN KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Tez No

    989964

    Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations

    Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması

    MERVE YÜCE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  3. Tez No

    1014173

    DE NOVO FRATAXİN PROTEİNİ TASARIMI: KATLANMA MOTİFLERİ, METAL İYON BAĞLANMA BÖLGELERİ, MOLEKÜLER DOCKİNG VE MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYONLAR İLE OPTİMAL STABİLİTE İÇİN YAPAY ZEKÂ DESTEKLİ YAKLAŞIMLAR

    DE NOVO FRATAXIN PROTEIN DESIGN: AI-ASSISTED APPROACHES FOR OPTIMAL STABILITY THROUGH FOLDING MOTIFS, METAL ION BINDING SITES, MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS

    KEVSER KÜBRA KIRBOĞA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    BiyomühendislikSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ECİR UĞUR KÜÇÜKSİLLE

  4. Tez No

    844665

    Measurement-based antenna misalignment analysis and angle of arrival estimation for terahertz wireless communication systems

    Kablosuz haberleşme sistemlerinde ölçüm tabanlı hatalı anten hizalaması analizi ve geliş açısı kestirimi

    HASAN NAYİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜNEŞ ZEYNEP KARABULUT KURT

  5. Tez No

    142705

    Computational analysis of external store carriage in transonic speed regime

    Harici yük taşımanın transonik sürat bölgesinde hesaplamalı analizi

    İ. CENKER ASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    Havacılık ve Uzay Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Uçak Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYDIN MISIRLIOĞLU

    PROF. DR. OKTAY BAYSAL

Geri Dön