Geri Dön

A computational approach for analysis of communication in proteins

Proteinler içi haberleşmenin incelenmesi için hesapsal bir yaklaşım

  1. Tez No: 200277
  2. Yazar: SİNEM ÖZEL
  3. Danışmanlar: PROF.DR. PEMRA DORUKER TURGUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Allostery and communication in proteins are crucial for the regulation of protein functions. The binding of a ligand changes the affinity of the protein at a distal ligand binding site and leads to conformational changes which are important for its function. In other words, the functional motions of the proteins reveal the communication patterns that are inherent to native architecture. The discrete-time, discrete-state Markov process applied on the network of interacting residues determines the potential pathways of signal transduction. This novel method involves the evaluation of two basic quantities: hitting and commute times, which express the information flow between the residue pairs. Furthermore maximum likelihood communication pathways are computed based on the Markov transition probabilities. This methodology is applied to adenylate kinase, triosephosphate isomerase, PDZ signaling protein and Cdc25B. As a result, the key interactions and the communication ability of the residues in the selected networks are ascertained. It is shown that the catalytic residues are located at the minima of the mean commute time curves, which indicates their efficient signal transduction abilities. Mobile residues are found to be slow communicators and the residues in the protein core are illustrated to be efficient communicators of the network. Besides, the residues on the maximum likelihood pathways are, at large, evolutionarily conserved; this issue confirms the functional importance of the residues on the pathways. In summary, the new methodology provides insights into understanding of communication patterns in proteins.

Benzer Tezler

  1. Investigation of dynamic allostery in motor proteins

    Motor proteinlerin dinamik allosterisinin incelenmesi

    CİHAN KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Konformal anten dizilerinin sentezi için optimizasyon yaklaşımı

    Optimization approach for the synthesis of conformal antenna arrays

    MAHMUD ESAD YİĞİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT TAYFUN GÜNEL

  3. Asynchronous runtime for AMR applications on exascale systems

    Exascale sistemlerde AMR uygulamalari için asenkron yürütme sistemi

    MUHAMMAD NUFAIL FAROOQI

  4. District-based urban sprawl monitoring and modelling using CA-Markov model: application in two mega cities

    İlçe bazlı kentsel yayılma izleme ve CA-Markov model ile modelleme: iki mega şehirde uygulama

    ANALI AZABDAFTARI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    İletişim Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    İletişim Sistemleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE FİLİZ SUNAR

  5. Sayısal hücre görüntülerinin kodlanması ve nicel analizi

    Coding and quantitative analysis of the digital cell images

    NEŞE APAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. MUHİTTİN GÖKMEN