Comparative metabolite profiling of drought stress responsive biochemical pathways in root and leaves of Triticeae species
Komparatif metabolit taranması yöntemiyle Triticeae türlerinin kök ile yapraklarında kuraklık stresinde biyokimyasal yolakların karakterizasyonu
- Tez No: 470654
- Danışmanlar: PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Gaz Kromatografi-Kütle Spektrometri (GC-MS) yöntemiyle hedeflenmeyen metabolit taranması çağdaş buğday çeşitleriyle yabani akraba türlerine uygulanmıştır. Toplam olarak 84 buğday örneklerin metabolomune karakterize edilmiştir. Çok değişkenli analize olan Temel Bileşen Analizi (PCA) ve Kısmi En Az Kare Ayırtaç Analizi (PLSDA) kullanarak verilerinde kontrol ile kuraklık stres koşulların arasında istatistik olarak anlamlı değişiklikleri tespit edilmiştir. Tüm türlerine bakarken, GC-MS çalışmasında 45 istatistik olarak anlamlı fark gösteren metabolit belirlenmiştir; kuraklık stresinde rol oynadığını düşünülmektedir. Kuraklık stresine tepki gösteren metabolitlerini üreten biyokimyasal yolaklarında yer bulunan enzim kodlayan genleri, FL-cDNA ve transkriptom verilerinden araştırılmıştır. Varsayım bulunmakta ki, eğer kuraklık stresine özel metabolitlerin biyosentezi yapan enzimlerin genleri dayanıklılığında rol oynarsa, farklı genotiplerde metabolit içeriklerinde değişiklik bulunurdu. Kuraklığa hassas genotiplerde, bazı metabolitin birikmesini azaldığını görülmüştür. Belirtilen genler, kısıtlı su koşullarında doğrudan veya dolaylı olarak metabolomu ayarlayan biyokimyasal yolaklarında yer aldığını gösterilmektedir. Sonuç olarak, kuraklık stresine iyi tolerans gösteren genotipler, özellikle yabani gernik buğdayı, ileride metabolomikgenomik ağlarını araştırmak için faydalı genetik model sistemleri olacağını önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
An untargeted metabolite profiling was applied to modern wheat and wild relatives exposed to drought stress using Gas Chromatography-Mass Spectrometry technique. A total of 84 analytes were resolved in the wheat metabolome for which multivariate analyses including supervised (Principal Component Analyses) and unsupervised (Partial Least-Squares-Discriminant Analysis) provided significantly variable dataset under control and drought stress conditions. Around 45 significantly altered metabolites, with possible roles in drought stress, were identified in all species tested through the GC-MS study. The potential drought stress responsive metabolites were further investigated to track genes encoding the enzymes of selected biochemical pathways using FL-cDNA sequences and transcriptome data. It has been hypothesized that if the genes encoding the enzymes that control the biosynthesis of drought stress-specific metabolites have a significant role in tolerance, contrasting genotypes would have a variance in the metabolite content. A small proportion showed a reduction in the metabolite accumulation in the drought sensitive genotypes, indicating that selected genes are directly or indirectly engaged in metabolome-regulative biochemical pathways under water-limiting conditions. These results demonstrated that those specific genotypes with high drought tolerance skills, especially wild emmer wheat, could be genetic model systems for experiments to validate metabolomics–genomics networks.
Benzer Tezler
- Genome-wide microRNA identification in drought tolerant wild emmer wheat: Assesment of antimicrobial activity of surface active antimic agent on raw fruit and vegetable packaging
Kuraklığa dirençli yabani buğday genomunda mikroRNA tesbiti: Yüzey aktif antimikrobiyal antimic ürününün yaş meyve ve sebze paketlemede etkinliğinin değerlendirilmesi
REYYAN FATİMA BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Comparative analysis of transcriptome profiles during early leaf development in Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) wheat
Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) buğdayının erken yaprak gelişim sürecindeki transkriptom profillerinin karşılaştırılmalı analizi
YUNUS ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Myeloid kanserlerde kemik iliği mikroçevresinin metabolik profilinin incelenmesi
Investigation of the metabolic profile of the bone marrow microenvironment in myeloid cancers
ASUDE BAHAR ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA VİSAL OKUR
- Investigation of blood and urine metabolite profiles of diabetic patients with high field NMR
Diyabetli hastaların kan ve idrar metabolitlerinin yüksek alan NMR ile incelenmesi
GÜLNUR ÖZKORKMAZ YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Fizik ve Fizik MühendisliğiBatman ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ YILMAZ
- Sıçanlarda parsiyel hepatektomi sonrası karaciğer rejenerasyonunda valin, glutamin ve lösin amino asitlerinin ubiquitin-proteozom yolağı üzerine etkisinin PCR array analizi ile belirlenmesi
Determining the effects of valine, glutamine, and leucine amino acids with pPCR array analysis of ubiquitin-proteasome pathway on liver regeneration after partial hepatectomyin rats
LAMAN RASULZADE
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEDİHA CANBEK