Geri Dön

In silico analysis of mutant p53(R249S) oncogenicity in Hepatocellular carcinoma

Hepatosellüler karsinomadaki mutant p53(R249S) onkojenisitenin in silico analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 200599
  2. Yazar: GUVANCHMURAD OVEZMURADOV
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyokimya, Onkoloji, Biostatistics, Biochemistry, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: p53, hepatosellüler karsinoma, mikrodizin, gen ağı, biyoenformatik, p53, hepatocellular carcinoma, microarray, gene network, bioinformatics
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 57

Özet

Mutant p53 proteinlerinin onkojenik özellikleri hala az bilinenen bir konudur ve bu olguyu sağlayan mekanizma hala çözülmüş değildir. Bu tezin amacı, oligonukleotid dizinlerinin kullanıldığı geniş ölçekli transkriptomik analizini yaparak, p53'ün 249. kodon (AGG?AGT, arjininden serine) mutasyonunun hepatosellüler karsinomaya (HCC) olan etkisini ortaya çıkarmak. Wild-type ve mutant p53(R249S) taşıyan HepG2 hücrelerinin ifade şekli karşılaştırıldı. Mikrodizin veri analizi sonucu ifadesi değişen 84 genden oluşan ve bir ?moleküler imza? niteliğinı taşıyan bir ifade değişikliği açığa çıkarılarak, mutant p53(R249S) ifadesinin Hep G2 hücrelerinde tamamen ayrı bir gen ifade şekline sebep olduğu gösterildi. Ayrıca, bu 84 genin p53 etkileşim ağına eşlestirilmesi sonucu p53(R249S) ifadesinin işlevsel sonuçlarını degişik moleküler etkileşimler bağlamında açıklayan varsayımlı bir etkileşim ağı ortaya cıkarıldı. Bu çalışmayla elde edilen sonuçlarla, birkaç Hepatocyte Nuclear Factor'ün (HNF1A, HNF4A and HF6) ilgili gen ağının kilit molekülleri olarak mutant p53'ün HCC'deki onkojenik aktivitesinin sağlanmasında önemli roller üstleniyor olabildikleri gösterildi.

Özet (Çeviri)

Oncogenic properties of mutant p53 proteins still stand as an ill-known subject, and the mechanism responsible for this phenomenon remains to be uncovered. This thesis aims to uncover the effect of p53 codon R249S ((AGG?AGT, arginine to serine) mutation on the development of hepatocellular carcinoma (HCC) through high throughput transcriptomics analysis using oligonucleotide arrays. We compared the expression profiles of HepG2 cells carrying wt and mutant p53(R249S). Microarray data analysis revealed a molecular signature consisting of 84 differentially regulated genes, showing that the expression of mutant p53(R249S) in HepG2 cells resulted in a distinct expression profile. Furthermore, mapping these significant differentiallyexpressed genes to the p53 interaction network revealed a putative interaction network representing functional outcomes of p53(R249S) expression in the context of diverse molecular interactions. Our results clearly demonstrated that several Hepatocyte Nuclear Factors (HNF1A, HNF4A and HNF6) could play an essential role in mediating mutant p53 oncogenic activity in HCC, as the key molecules of the gene network.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    129236

    Acquired expression of transcriptionally active p73 in hepatocellular corcinoma cells

    Karaciğer kanseri hücrelerinde p73'ün transkripsiyonel olarak aktif formunun edinilmiş ifadesi

    ABDÜLKADİR EMRE SAYAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  2. Tez No

    592495

    A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression

    Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma

    AYŞE DERYA CAVGA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

  3. Tez No

    828474

    Endoplazmik retikulum aracılı yıkım yolu (ERAD)'nun meme ve prostat kanserinde kritik rol oynayan steroid hormon reseptörlerine etkisinin ve kimyasal/biyolojik inhibitörlerinin terapötik potansiyellerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the effect of endoplasmic reticulum-associated degradation (ERAD) on steroid hormone receptors that play a critical role in breast and prostate cancer and the therapeutic potential of chemical / biological inhibitors

    ESRA ATALAY ŞAHAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PETEK BALLAR KIRMIZIBAYRAK

  4. Tez No

    806149

    Peutz-jeghers sendromlu bireylerde saptanan mutasyonların in-silico analizi

    In silico analysis of mutations detected in individuals with Peutz-Jeghers syndrome

    DUYGU UZUN ARDA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GastroenterolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT AKARSU

  5. Tez No

    496541

    Functional and structural analysis of recombinant mutant bile salt hydrolases (BSHs) from lactobacillus plantarum b14

    Lactobacillus plantarum B14'den elde edilen rekombinant mutant safra tuzu hidroz (STH) enzimlerinin fonksiyonel ve yapısal analizi

    ZEKİYE KILIÇSAYMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET ÖZTÜRK

Geri Dön