The phylogenetic analysis of liquidambar Orientalis mill. varieties by comparing the non-coding trn regions of the chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak liquidambar Orientalis mill. varyetelerinin filogenetik analizi
- Tez No: 201925
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Liquidambar orientalis, trn, cpDNA, genetik çeşitlilik, filogenetik, Liquidambar orientalis, trn, cpDNA, genetic variance, phylogeny
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Liquidambar L. cinsi dünya çapında 4 türe sahip bir cinstir. Bu türlerden biri olan Sığla ya da Günlük Ağacı, doğal olarak sadece Güneybatı Türkiye' de Muğla civarında sınırlı bir alana yayılmıştır. Relik endemik olan bu türün genetik kaynaklarına yönelik tehditler, bu türde filogenetik ve genetik çeşitlilik çalışmalarının önemini arttırmıştır. Bu çalışmada, türün doğal yayılış alanlarında mevcut olan 18 adet populasyondan örnek alınmış ve kloroplast genomundaki kodlanmayan transfer ribonükleik asit (trn) bölgesine dayalı dizi analiziyle genetik çeşitliliği ve filogenetik ilişkileri saptanmıştır. Bu amaçla, DNA izolasyonu, kloroplast genomundaki trn bölgesinin çoğaltılması ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Filogenetik ilişkilendirmeler ve genetik çeşitlilik verileri dizi analizi sonuçları kullanılarak, MEGA 3.1 ve Arlequin 2.000 yazılımları ile yapılmıştır. Veri tabanından alınan Liquidambar cinsine ait 6 türün (ABD'den L. Styraciflua ve L. acalycina, Meksika'dan L. macrophylla, Vietnam'dan L. formosana, Çin'den L. Acalycina ve L. formosana) dizileri de analize dahil edilmiştir. Moleküler çeşitlilik sonuçları, Muğla-Yatağan bölgesinde bulunan populasyonun çalışılan diğer populasyonlara göre daha fazla polimorfik bölgeye sahip olduğunu göstermiştir. Marmaris-Günnücek'te bulunan populasyonun, 0.0032 ortalama genetik mesafe değeriyle, populasyon içi en yüksek farklılaşmaya sahip olduğu görülmüştür. Varyete orientalis'in 0.0011 ortalama genetik mesafe değeriyle en yüksek farklılaşmaya sahip olan varyete olduğu belirlenmiş, fakat en farklılaşmış ya da çeşitlilik gösteren populasyonların varyete integriloba'ya dahil olduğu gözlenmiştir. Hem coğrafi konumlara hemde varyetelere göre toplam çeşitliliğin büyük bir kısmının (>%80) gruplar arası değil, grup içi farklılıktan kaynaklandığı saptanmıştır. Denizli ve Muğla-Yatağan'da bulunan populasyonların 0.0014 genetik mesafe değeriyle en yüksek genetik çeşitliliğe sahip olduğu görülmüştür. Sığla ağacının en yakın komşusu Amerika Birleşik Devletleri'den L. styraciflua ile arasındaki genetik mesafe 0.0002 iken, en uzak komşuları Vietnam'dan L. formosana, Çin'den L. acalycina ve L. formosana ile aralaraındaki genetik mesafe 0.0051 olarak saptanmıştır. Çalışmanın sonuçlarına dayanılarak, Marmaris bölgesinde bulunan yedi populasyonun gen kaynaklarının koruma kapsamına alınması ve sürekliliklerinin sağlanması önerilmiştir. Populasyonlar coğrafi konumlarına göre incelendiklerinde, en çok çeşitliliği gösteren bölgelerin Denizli ve Muğla-Yatağan-Yılanlı olduğu ortaya çıkmıştır. Bu populasyonların in-situ (yerinde) koruma programları ya da ex-situ (yapay) olarak gen kaynaklarının korunması için, olası projelerde göz önünde bulundurulması önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Liquidambar L. genus are represented with four species in the world and one of these species, Turkish sweet gum (Liquidambar orientalis Miller) is naturally found only in southwestern Turkey with limited distribution in Muğla Province. The presence of increasing threats to its genetic resources signifies the importance of studying the phylogenetic relationships and genetic diversity in this relict endemic species. In this study, 18 different populations were sampled throughout the species range and noncoding transfer ribonucleic acid (trn) region of chloroplast DNA was studied to asses the phylogenetic relationships and genetic diversity. Experimental studies included the extraction of DNA, amplification and sequencing of the trn region of the chloroplast DNA. Molecular evolutionary analysis was done by using MEGA version 3.1 and Arlequin 2.000 softwares. Sequences from six other species of Liquidambar (L. styraciflua from USA, L. macrophylla from Mexico, L. formosana from Vietnam, L. acalycina from China, L. formosana from China and L. acalycina from USA) in the database were also included in the analysis. Moleculer diversity results show that population located in Muğla-Yatağan district has the highest number of polymorphic sites among the other populations of Turkish sweet gum. Population located in Marmaris-Günnücek has an average genetic distance value of 0.0032 within population, being the highest within the studied populations of Turkish sweet gum. The average genetic distance within variety orientalis (0.0011) was the greatest among all the varieties, but the most separated or divergent populations were members of variety integriloba. For both varieties and geographic groups, average diversity within was found to be the greatest portion (greater than 80%) of the total sequence diversity. The geographic groups located in Denizli and Muğla-Yatağan showed the highest average genetic distances within location, with a value of 0.0014. The genetic distance between the closest neighbor of Turkish sweet gum, American L. styraciflua was 0.0002, whereas the genetic distance between the most distant neighbors (Vietnamese L. formosana, Chinese L. acalycina and L. formosana) was 0.0051. Based on the molecular diversity analysis, seven populations were found to be important for conservation issues and two of them located in Marmaris have the highest priority. The most variant geographic groups are located in Denizli and Muğla-Yatağan districts. These populations could be considered as good candidates for future in-situ or ex-situ conservation programs
Benzer Tezler
- Genetic differentiation of liquidambar Orientalis mill. varieties with respect to matK region of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki matK gen bölgesine göre liquidambar Orientalis mill. varyetelerinin genetik farklılaşması
ASLI ÖZDİLEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Türkiye'de yayılış gösteren Pluteus Fr. cinsinin moleküler filogenisi, taksonomik revizyonu ve ekolojik istekleri
Molecular phylogeny, taxonomic revision and ecological requirements of the genus Pluteus distributed in Turkey
OĞUZHAN KAYGUSUZ
- Türkiye Scaligeria DC. (Apiaceae) cinsinin nrDNA ITS, cpDNA trnL-F ve trnLintron bölgelerine dayalı moleküler filogenisi
Molecular phylogenetic analysis of the genus Scaligeria L. from Turkey based on nrDNA-ITS, cpDNA trnL-F and trnLintron
HAMDİYE ALATLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BotanikSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇETİN
- The phylogenetic analysis of Pinus nigra Arnold subspecies pallasiana varieties with respect to non-coding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Pinus nigra Arnold alt tür pallasiana varyetelerinin filogenetik analizi
AYSUN DEMET GÜVENDİREN GÜLSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- The phylogenetic analysis of Picea orientalis populations from Northeastern Turkey with respect to non-coding trn and matK regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn ve matK bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Kuzeydoğu Anadolu'daki Picea orientalis populasyonlarının filogenetik analizi
ALİ MURAT GÜLSOY