Acinetobacter baumannii kökenli beta-laktamaz OXA-23 geninin klonlanması ve enzim karakterizasyonu
Cloning of Acinetobacter baumannii originated beta-lactamase OXA-23 gene and enzyme characterization
- Tez No: 204085
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MURAT KASAP
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Genetik, Mikrobiyoloji, Biophysics, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acinetobacter, beta-laktamaz, OXA-23'ün saflaştırılması, enzim kinetiği, Acinetobacter spp, beta-lactamase, OXA-23 purification, enzyme kinetics
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Acinetobacter baumannii yoğun bakım ünitelerinde sıklıkla izole edilen klinik önemi olan fırsatçı bir patojendir. Acinetobacter türlerinde görülen karbapenem direnci çoğu kez karbapenem hidroliz eden beta-laktamaz (karbapenemaz) genlerinin varlığı ve yaygınlığı ile alakalıdır. Acinetobacter'lerde karbapenem direncine sebep olan OXA-23 (ARI-1) bir karbapenemaz olup 1985'te İskoçya'da tanımlanmış daha sonra dünyanın birçok bölgesinde tespit edilmiştir. Kocaeli Üniversitesi yoğun bakım ünitesinde salgın etkeni Acinetobacter baumannii türü izolatlarda blaOXA-23 geni klonlanarak tespit edilmiştir. blaOXA-23 geni ve bu genin flanking bölgeleri tespit edilen bu klona pAc-KOU1 adı verilmiştir. Yapılan dizi analizinde genin ISAba1 transpozonu üzerinde olduğu belirlenmiştir. Bu güne kadar dünyanın çeşitli bölgelerinde blaOXA-23 geni tanımlanmasına karşın bu genin ürünü olan OXA-23 enzimi saflaştırılmamış ve kinetik özellikleri belirlenmemiştir. Bu çalışmada OXA-23 enzimini aktif halde saflaştırmak ve kinetik parametrelerini tanımlamak istedik. Ön denemeler OXA-23'ün klasik protein saflaştırma metodları olan amonyum sülfat çöktürmesi, sıcaklık inaktivasyonu ve iyon değiştirici kromatografi ile saflaştırılamayacağını gösterdi. Bu nedenle OXA-23 füzyonla E.coli maltoz bağlama proteinine eklendi ve tek adımda amiloz kolon maddesi üzerinden saflaştırıldı. Saf protein ile imipenem, meropenem, sefepim, seftazidim, ampisilin, piperasilin, penisilin G ve nitrosefin hidrolizi çalışıldı. Aynı zamanda klavulanik asit, sulbaktam ve tazobaktam ile enzim aktivitesini yarıya indiren inhibitör konsantrasyonları belirlendi. OXA-23 enziminin yüzey yük dağılımı, füzyon haldeki konformasyonu ve topolojik özellikleri enzimin kendine has özelliklerinin ortaya çıkarılması için yapılan bir model üzerinde incelendi.
Özet (Çeviri)
Acinetobacter baumannii is the most common isolated opportunistic pathogen that is frequently involved in outbreaks of infection. Carbapenem resistance which are observed in Acinetobacter spp. is mostly related to carbapenem hydrolyzing beta-lactamase genes and their prevalence. OXA-23 (ARI-1) responsible for carbapenem resistance in Acinetobacter spp. was first described in Scotland in 1985 and then isolated in many other parts of the world. blaOXA-23 gene and its? flanking region was detected by cloning in Acinetobacter baumannii isolated from Kocaeli University intensive care unit. The clone was named pAc-KOU1. Sequence analysis showed that this gene is located on ISAba1 transpozon. Although blaOXA-23 is defined in many parts of the world, the enzyme has not been purified. We, thus, aimed to purify and characterize of OXA-23 protein and determine its kinetic properties. Preliminary results showed that classic protein purification methods including ammonium sulphate precipitation, heat inactivation and ion exchange chromatography were not efficient for purification of OXA-23. Therefore, blaOXA-23 gene was cloned into pMal-c4x to fuse the enzyme with maltose binding protein in E. coli. Recombinant protein was purified in a single step. Pure protein was used for imipenem, meropenem, cefepime, ceftazidime, ampisiline, piperasilin, penisilin G and nitrocefin hydrolysis. Also clavulanic acid, tazobactam and sulbactam concentration that inhibit 50 % of OXA-23 enzyme activity was calculated. Modelling of OXA-23 revealed its ionic surface structure, conformation in the fused form and its topology.
Benzer Tezler
- Karbapenem dirençli gram negatif bakterilerde kolistin duyarlılığının saptanmasında sıvı mikrodilüsyon ve ticari yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of broth microdilution and commercial methods for the detection of colistin susceptibility in carbapenem resistant Gram negative bacteria
CEREN HEKİMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN DELİALİOĞLU
- Phenotypic and genotypic investigation of metallo beta lactamase in acinetobacter strains isolated from clinical samples
Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter spp.kökenlerinde metallo beta laktamaz varlığının fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
SAADET MERVE OCAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiMustafa Kemal ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURÇİN ÖZER
- Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen gram negatif nonfermenter bakterilerde metallo beta-laktamaz enzim aktivitesinin araştırılması
The research for metallo beta-lactamase enzyme activity in gram negative nonfermenting bacterial isolates in Suleyman Demirel University Medical School Hospital.
TÜLAY TETİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EMEL SESLİ ÇETİN
- Klinik örneklerden izole edilen gram negatif çomaklarda beta-laktamaz aktivitesi ve antibiyotiklere direnç durumları
Beta-lactamase activity and susceptibility to antibiotics of gram negative bacilli isolated from clinical materials
SEMA YANIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MÜZEYYEN MAMAL TORUN
- Bir eğitim ve araştırma hastanesi yoğun bakım ünitesi hastalarının kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında beta laktam direnç genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of beta-lactam resistance genes and clonal relationships in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates from blood cultures of patients in an education and research hospital intensive care unit
CANSET NUR AYDOGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TEVFİK YAVUZ