Laktik asit bakterilerinde düşük pH ile uyarılabilen promotor: rcfB
Low pH inducible promotor: rcfB in lactic acid bacteria
- Tez No: 213565
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİN ÖZKÖSE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Gıda Mühendisliği, Biology, Biotechnology, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: IL1403 strain, rcfB gene, CRP, inducible promoter
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 40
Özet
Bu çalışmada, Lactococcus lactis subsp. lactis IL1403 bakterisinde bulunan katabolit aktivatör protein (CRP) benzeri RcfB proteinini kodlayan rcfB geninin promotor bölgesinin karakterizasyonu yapılmıştır. IL1403 suşunun kromozomal DNA'sında bulunan rcfB geninin promotor bölgesinin çoğaltılabilmesi için primerler tasarlanmıştır. rcfB promotor bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmış ve pCT vektöre klonlanmıştır. Oluşturulan rcfB içeren pBGML4 plazmiti E. coli DH5? hücresine transfer edilmiş ve X-gal ile amfisilin içeren LB besiyerine ekilmiştir. Elde edilen beyaz koloniler PCR ile teyit edilmiştir. rcfB genini içeren plazmit, koloni PZR ile kontrol edilmiş tek koloniden izole edilmiştir. İzole edilen ve rcfB genini içeren pBGML4 plazmiti HindIII ve BamHI enzimleri ile kesilerek promotor bölgesi yapışkan kesim uçlarını içerecek şekilde agoroz jelden izole edilmiştir. Laktik asit bakterilerinde çalışabilecek pAK80 plazmiti HindIII ve BamHI enzimleri kesilmiş ve jelden izole edilen parça pAK80 plazmitine aktarılmış, sonuçta rcfB promotoru içeren pAK80 plazmiti oluşturulmuştur ve pBGML5 olarak numaralandırılmıştır. Oluşturulan plazmit PCR ve kesme enzimi ile teyitinden sonra, pBGML5 plazmiti elektroporasyon ile IL1403 suşuna aktarılmıştır ve BGML115 suşu oluşturulmuştur. rcfB geninin ekspresiyon seviyesi yedi farklı karbonhidrat ve iki farklı pH ortamında araştırılmıştır. Deney sonuçları farklı karbonhidrat ve asit şartlarında farklı ekspresiyonun seviyesinin gerçekleştiğini göstermiştir sonuç olarak rcfB gen regülasyonu karbonhidrat kaynağı ve ortamın pH'sına bağlıdır. Anahtar kelimeler; IL1403 suşu, rcfB geni, CRP, uyarılabilen promotor
Özet (Çeviri)
In this study, rcfB gene, encode catabolite activator protein (CRP) like RcfB protein, promoter region characterization was carried out in Lactoccocus lactis subsp. lactis IL1403. Primers were designed to amplified rcfB gene promoter region on IL1403 strain chromosomal DNA. rcfB promoter region was amplified using polymerase chain reaction (PCR) and amplified region cloned into pCT vector. Constructed rcfB containing pCT plasmid (pBGML4) transferred into E. coli DH5? cell and colonies are plated on X-gal and ampicillin containing LB agar. Observed white colonies were confirmed with PCR. rcfB gene containing plasmids were isolated from a single PCR checked colony. Isolated pBGML4 plasmid digested with HindIII and BamHI restriction enzyme and sticky end containing fragment was isolated from agorose gel. Lactic acid bacteria compatible plasmid pAK80 was digested with HindIII and BamHI enzymes and gel isolated fragment ligated to pAK80 so rcfB promoter containing pAK80 plasmid constructed and numbered pBGML5. Following PCR and restriction enzyme confirmation, pBGML5 plasmid electroporated into IL1403 strain and numbered BGML115. The expression level of rcfB gene under seven different carbohydrate source and two different pH condition was carried out. Experiment results concluded that different expression level were observed under different carbohydrate and acid conditions so rcfB gene regulation was depend on carbohydrate source and pH.
Benzer Tezler
- Tamponlanmış ortamda starter kültür kullanarak pancar turşusu üretimi
Production of beet pickle in the buffered brine by using starter cultures
ZEKİ DEMİRTAŞOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VELİTTİN GÜRGÜN
- Tamponlanmış ortamda Türk tipi lahana turşusu üretimi üzerinde çalışmalar
Studies on Turkish type buffered cabbage fermentation
YUDUM ŞİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VELİTTİN GÜRGÜN
- Molecular evolution and population genetics of acid resistant pathway glutamate decarboxylase in lactic acid bacteria
Laktik asit bakterilerinde aside dirençli yol glutamat dekarboksilazın moleküler evrimi ve populasyon genetiği
BURCU TEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EFE SEZGİN
- Kapari (Capparis ovata Desf. var. Canescens) çiçek tomurcuklarının fermantasyonu üzerine bazı baharat uçucu yağ ve ekstraktlarının etkisi
The effect of some spices essential oil and extracts on fermentation of capers (Capparis ovata Desf. var. Canescens) flower buds
MUHAMMED EMİN ARGUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Gıda MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MUSA ÖZCAN
- Yöresel peynirlerden izole edilen laktik asit bakterilerine ait suşların bazı teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of some technological properties of lactic acid bacterial strains isolated from traditional cheese
FATMA AYLİN SEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU