Directed evolution of industrially important properties of Fusarium oxysporum
Evrimsel mühendislik yöntemi ile Fusarium oxysporumun endüstriyel özelliklerinin geliştirilmesi
- Tez No: 223057
- Danışmanlar: DOÇ. DR. Z. PETEK ÇAKAR ÖZTEMEL, DOÇ. DR. CANDAN TAMERLER BEHAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Fusarium oxysporum, Evrimsel Mühendislik, Lipaz, Fusarium oxysporum, Evolutionary Engineering, Lipase
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Bu çalışmada evrimsel mühendislik yöntemi kullanılarak Fusarium oxysporum'un ve bu organizmadan elde edilen lipazın sıcaklığa karşı direncinin artırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, yaban tip hücreler, bir kimyasal mutajen olan etil metan sulfonat (EMS)'ye maruz bırakılmıştır. Mutasyon ile elde edilen genetik çeşitliliği artırılmış hücrelere, sabit düzeyde ve dereceli olarak artan düzeylerde olmak üzere iki ayrı stres seleksiyon stratejisi uygulanmıştır. Her aşamada hayatta kalan bireylerin bir sonraki nesile aktarılması ile seçim stratejileri nesiller boyunca devam ettirilmiştir. Seçilim şartları küfün her iki morfolojik -hif ve spor- haline de ayrı ayrı uygulanmıştır. Nesiller bu iki farklı morfolojik durumdaki küfe uygulanan stres sonrasında elde edilmişlerdir. Stres şartları kademeli olarak artan sıcaklık ile hafif şiddette sabit sıcaklık uygulamaları olarak seçilmiştir. Son nesiller bu iki sıcaklık stresinin hem hif halindeki hem de spor halindeki küfe uygulanmasıyla elde edilmişlerdir. Hif halindeki küfün artan sıcaklık stresine maruz bırakılan son neslinin, aynı küfün spor haline kıyasla aynı stres şartlarında daha az dirençli olduğu görülmüştür. Sabit olarak uygulanan sıcaklık stresinde ise yine hif halindeki küfün, spordan elde edilen aynı sıcaklık stresine maruz bırakılmış sporlardan daha az dirençli olduğu görülmüştür. Küfün her iki morfolojik durumunda mutant nesiller elde edilmişlerdir. Spor halindeki küfün hif durumundakine göre sıcaklık stresine karşı daha dirençli olduğu ortaya çıkmıştır. Bu bilgiler ışığında, elde edilen mutant spor populasyonların stres direncinin mekanizmasının anlaşılabilmesi ve olası mevcut stresten koruyucu metabolitlerin belirlenmesi için detaylı bir şekilde analiz edilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to improve thermotolerance of Fusarium oxysporum and its lipase via evolutionary engineering strategies. For this purpose, wild-type cells were firstly exposed to ethyl methane sulphonate (EMS) mutagenesis in order to create the genetic diversity. Serial stress applications, either at constant or gradually increasing levels, were performed. Survivors of a step were passed to the following step and stress selection strategy was applied over generations of populations. Stress selection was applied on both two different physiological states of filamentous fungus, hyphae and spore. Generations were obtained by the application of stress at either physiological state. Stress conditions were also chosen as gradually increasing heat stress and constant stress. The final populations were obtained as the result of both exposure of spores and hyphae to two different stress conditions. Last generation obtained by exposing hyphae to increasing stress selection strategy was found not to be as resistant as spores exposed to the same increasing stress levels. Constant stress selection strategy also resulted in similar results where spores were more resistant than hyphae at the same stress level. To summarize, mutant generations were obtained at two selective conditions for each morphological states. It was found that the fungus spores were found to be much more resistant to heat stress than hyphae. Mutant populations obtained from both selection strategies should be analyzed in detail to understand the mechanism of stress resistance in spore state and to reveal the presence of any stress-protectant metabolite.
Benzer Tezler
- Protein engineering applications on industrially important enzymes
Endüstriyel öneme sahip enzimlerin protein mühendisliği uygulamaları
GÜLŞAH ÖZGÜN
Doktora
İngilizce
2019
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Nano yapılı malzemelerin mekanik, elektronik ve kimyasal özellikleri
Mechanical, electrical and chemical properties of nanostructured materials
MİNE KONUK ONAT
Doktora
Türkçe
2015
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERYEM SONDAN DURUKANOĞLU FEYİZ
- Yerel Bacillus soylarının ürettiği lipazların özelliklerinin yönlendirilmiş evrim ve/veya akılcı protein tasarımı yöntemleri ile iyileştirilmesi
Improvement characteristics of local Bacillus lipases by directed evolution and/or rational protein design methods
NAGİHAN AKBULUT
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK
- Küçük ölçekli bir kimya sanayi işletmesinde kalite güvence sisteminin incelenmesi ve değerlendirilmesi
The examination and evolution of a quality assurance system from a small-scale chemical industry plant
ZEKİ YÖRÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMRA DURMUŞOĞLU
- Recombinant production and characterization of serine protease enzyme from Virgibacillus sp. AGTR strain using site directed mutagenesis
Virgibacillus sp. AGTR suşundan izole edilen serin proteaz enziminin bölgeye yönelik mutagenez yöntemi kullanılarak rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
EVRİM KAPUCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER