Studies on the genes controlling glucose signaling in yeast
Mayalarda glükoz sinyal iletimini kontrol eden genler üzerinde çalışmalar
- Tez No: 232504
- Danışmanlar: PROF. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 177
Özet
Bu proje kapsamında glukozun algılanma, sinyal iletimi ve baskılanma mekanizmalarının yazılımında rol alan proteinlerin ve bu proteinleri şifreleyen genlerin araştırılması amaçlanmıştır. S. cerevisia BY 4743'nin gen delesyonu taşıyan ho?/ho?, hap4?/hap4?, rip1?/rip1? ve RIP1/rip1? suşları glukoz kaynağını eksik miktarda içeren F1 ortamında, sıcaklık, pH, çözünmüş oksijen ve karıştırma hızı kontrollü kesiksiz fermentasyon koşullarında büyütülmüştür. Ortama glukozun darbe (pulse) şeklinde eklenerek besin sınırlandırılmasının kaldırılması sonucu glukoz algılama, sinyal iletimi ve glukoz baskılama yolizinde görev alan genlerin gen anlatımındaki değişimler gözlenmiştir. Suşların büyütülmesi sırasında belirli zaman aralıklarında alınan örneklerde biyokütle, etanol, glukoz, gliserol ve amonyak derişimleri belirlenmiştir. CYC8, GRR1, MTH1, RGT1, RGT2, SKP1, SNF3, STD1,TUP1, YCK1, YCK2, ELM1, GLC7,HXK2, MIG1, PAK1, REG1, SNF1, SNF4, TOS3, HAP4 ve MBA1 genlerinin gen anlatım profilleri incelenmiştir. rip1?/rip1? suşunda en yüksek miktarda hücre üretimi gözlenmiştir. En yüksek etanol derişimi solunum eksikligi gözlenen hap4?/hap4? ve rip1?/rip1? genlerinde belirlenmiştir. HAP4 geninin anlatımı ho?/ ho? suşunda baskılanırken RIP1 geni silinmiş suşlarda artmıştır. Bu da HAP4 geninin glukoz darbesine yanıtının solunum eksikliği ile azaldığını göstermiştir. Kısmı solunum eksikliği ise GRR1 ve SKP1 genlerini benzer şekilde etkilenmiştir. ho?/ho?, hap4?/hap4? ve RIP1/rip1? suşlarında MTH1, STD1, MTH1, STD1, YCK1 ve YCK2 genlerinin gen anlatımları baskılanırken rip1?/rip1? suşunda arttığı gözlenmiştir. Benzer bir ekti PAK1 geninde de gözlenmiştir. Her dört suşda MTH1 gen anlatımının yüksek glukoz derişiminde baskılandığı belirlenmiştir. REG1, GLC7, MIG1, SNF1 ve SNF4genlerinin gen anlatımlarının glukoz darbesi ile artması bu genlerin glukoz baskılanma mekanizmasında rol aldığını önermiştir.
Özet (Çeviri)
This project was aimed to study the phosphorylation or dephosphorylation of the proteins involved in glucose sensing, signal transduction and glucose repression pathways by transcription of genes encoding these proteins. S. cerevisiae BY4743 strains (ho?/ho?, hap4?/hap4?, rip1?/rip1? and RIP1/rip1?) were cultivated under carbon limited condition in order to identify the variations in the expression levels of genes involved in glucose sensing, signal transduction and glucose repression pathways as a response to system level perturbations. Metabolite profiles for glucose, ethanol, ammonia and glycerol were obtained. Expression profiles to be investigated were of CYC8, GRR1, MTH1, RGT1, RGT2, SKP1, SNF3, STD1,TUP1, YCK1, YCK2, ELM1, GLC7,HXK2, MIG1, PAK1, REG1, SNF1, SNF4, TOS3, HAP4, MBA1 genes. The highest cell density in steady state was seen in rip1?/rip1? strain. The respiratory deficient strains hap4?/hap4? and rip1?/rip1? produced maximum ethanol. The expression of HAP4 downregulated in ho?/ ho? strain, and was upregulated in both deletion mutants of RIP1 of S. cerevisiae showing the lack of the response of HAP4 to glucose pulse caused by respiratory deficiency. MTH1, STD1, YCK1 and YCK2 genes were downregulated in the strains ho?/ho?, hap4?/hap4? and RIP1/rip1?, and upregulated in the homozygous deletion mutant of RIP1. REG1, GLC7, MIG1, SNF1 and SNF4 genes are upregulated with carbon pulse suggesting their involvement in the glucose repression pathway. MBA1 gene expression upregulated after carbon pulse in ho?/ho?, rip1?/rip1? and RIP1/rip1? strains, however for the HAP4 deletion mutant, the response to pulse injection wasn?t immediate.
Benzer Tezler
- Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
AYÇA CANKORUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Diyabet hastalarında dini eğilimlere psikolojik bir yaklaşım
A psychological approach to religious tendencies in diabetes patients
ELİF FİLİK PARMAKSIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
DinAmasya ÜniversitesiFelsefe ve Din Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL APAYDIN
- Salmonella typhimurium'da CsrA regülasyonunun AI-2 sentezine ve hücre içine alımına etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of CsrA regulation on AI-2 synthesis and uptake in Salmonella typhimurium
NASRINE BEKHEDDA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEFİSE AKÇELİK
- Determination of distress status in patients with diabetes mellitus
Diyabetli hastalarda distress durumunun belirlenmesi
ANMAR ABDULAMEER AZEEZ AZEEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HemşirelikÇankırı Karatekin ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇAYLAK
- Tip 2 diyabet hastalarında farklı diyabetik retinopati evrelerinde görmeye bağlı yaşam kalitesinin Amerikan Ulusal Göz Enstitüsü Görme İşlevi Ölçeği ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
N. SİNAY DEMİRTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Göz HastalıklarıMarmara ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN BAVBEK