Phylogenetic analysis of bacterial communities in kefir by metagenomics
Kefir bakteri komünitelerinin metagenomik yöntemlerle filogenetik analizi
- Tez No: 232875
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALPER ARSLANOGLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Geleneksel ferment bir içecek olan kefir, kefir tanelerinin süte ilave edilip sütün mayalanmaya bırakılmasıyla elde edilir. Kefir taneleri birbirleriyle uyum içinde yaşayan bakteriler ve mayalardan oluşan karışık bir mikrofloraya sahiptir. Fermente süt ürünlerinin gıda ve insan sağlığı açısından güvenliği önem taşıdığı için mayalanmada görevli mikobiyal popülasyonun yapı ve özellikleri de çok iyi bilinmelidir. Kefir bakteriyel kompozisyonun hızlı bir şekilde belirlenmesi gıda güvenliğinin tespitini hızlandırır ve ayni zamanda kefirden elde edilecek biyoaktif maddelerin belirlenmesini kolaylaştırır. Bu çalışmanın amacı fermente kefir içeceğindeki ve kefir tanelerindeki bakteri komünitelerinin kültüre dayalı ve kültüre dayalı olmayan metotlarla (metagenomik yaklaşım) belirlenmesidir. Kefir içeceği ve kefir tanelerinden, her iki analiz metoduyla da toplam genomik DNA izole edilmiş ve kısmi 16S rRNA gen bölgesi üniversal bakteri primerleri ile çoğaltılmıştır. Çoğaltılmış 16S rRNA gen bölgeleri bir klonlama vektörü olan PGEMT-Easy plazmidine aktarılmış ve pozitif klonların DNA dizi analizleri yapılmıştır. Geniş çapta elde edilen DNA dizi analizi verileri NCBI veritabanındaki BLASTN programı kullanılarak taranmış ve benzerlik skorlarına göre de 7 farklı bakteri tür düzeyinde (Lactococcus lactis subsp. lactis, Lactobacillus kefiranofaciens, Lb. helveticus, Acetobacter lovaniensis, A.syzygii, Leuconostoc mesenteroides, Enterococcus faecium) ve 1 tane bakteride genus düzeyinde belirlenmiştir (Lactobacillus kefiri or parabucheri). Belirlenen türlerin filogenetik yakınlıkları 16S rRNA gen bölgeleri kullanılarak Neighbor-joining algoritması ile belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, mikrobial açıdan karışık bir kültürdeki populasyonun büyük çoğunluğunun belirlenmesinde, kültüre dayalı olan ve kültüre dayalı olmayan yöntemlerin birlikte kullanılmasının tek bir metodun kullanılmalarından daha etkili olduğu göstermiştir
Özet (Çeviri)
Kefir is a traditional fermented milk beverage which is produced by adding kefir grains into milk and is allowed for fermentation. Grains contain vital complex flora of microorganisms (bacteria and yeast) that live in harmony. Since health and food safety of fermented milk products is important, population structure of food-type microbes involve in fermentation should be known very well. Rapid determination of kefir bacterial composition may accelerate the determination of food quality and also may facilitate specification of bioactive products that obtain from kefir. The goal of this thesis was to analysis the genomic structure of bacterial communities of the fermented kefir drink and grains by both culture-dependent and culture-independent methods (metagenomic approach). Total Genomic DNA was purified from each analysis methods and the partial small subunits of 16S rDNA were amplified by a pair of universal bacterial primers. 16S rDNAs fragments were cloned and then sequenced. The vast quantities of data were screened in NCBI database by BLASTN program according to similarity scores with related sequences. 7 different bacteria were identified to species level composed of Lactococcus lactis subsp. lactis , Lactobacillus kefiranofaciens, Lactobacillus helveticus, Acetobacter lovaniensis, Acetobacter syzygii, Leuconostoc mesenteroides, Enterococcus faecium and 1 bacteria to genus level named Lactobacillus kefiri or parabucheri. The results of this study showed that the combination of both methods is more efficient to identify high percentage of species than using only one of them. Finally, phylogenetic relationships among identified species inferred from partial 16S rRNAs gene sequencing were determined by Neighbor-joining algorithm.
Benzer Tezler
- Toprakta denitrifiyer populasyon büyüklüğünün ölçümü, bakteri kommunite yapıları ve kültüre alınabilen denitrifiyerlerin nosZ ve 16s rrna genlerinin karşılaştırılması
Quantification of denitrifier population size in soil, bacteria community structures and comparison of nosz and 16s rRNA genes from culturable denitrifying
CUMHUR AVŞAR
- Ege denizinden alınan sünger örneklerindeki mikrobiyal çeşitliliğin metagenomik yöntemlerle belirlenmesi
Determination of microbial diversity in two sponges sample from aegean sea by metagenomics methods
GÜRKAN YİĞİTTÜRK
- Phylogenetic analysis of 16S rRNA for determination of microbial community in anoxic marin sediments of Haliç
Mikrobiyal komünitenin belirlenmesi ile Haliç anoksik deniz sedimentlerinde 16S rRNA'nın filogenetik analizi
SEHER BAHAR AÇIKSÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. HAKAN BERMEK
PROF. DR. ORHAN İNCE
- İzmir ilindeki bazı endemik bitki türlerinin endofitik mikroorganizma profillerinin DGGE ile belirlenmesi
Determination of the endophytic microorganism profiles of the some endemic plants in the İzmir province using DGGE
DİLEK EROĞLU
- Complete genome sequencing and analyzing the genes ofpseudomonas Sp. biomig1bac
Pseudomonas Sp. bıomig1bac'ın tüm genomunun çıkartılması ve genlerinin analizi
RECEP CAN ALTINBAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ULAŞ TEZEL
