Geri Dön

Ege denizinden alınan sünger örneklerindeki mikrobiyal çeşitliliğin metagenomik yöntemlerle belirlenmesi

Determination of microbial diversity in two sponges sample from aegean sea by metagenomics methods

PDF İndir

  1. Tez No: 315628
  2. Yazar: GÜRKAN YİĞİTTÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ATAÇ UZEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 151

Özet

Çevremizdeki mikroorganizmaların % 98' inden fazlası kültüre edilememektedir. Bu durum temel ve biyoteknolojik araştırmalar ile çalışılmamış birçok mikroorganizmanın varlığını göstermektedir. Bu zorluğun üstesinden gelmek amacıyla mikrobiyal komünitelerin kültürden bağımsız genomik analizlerini sağlayan ?Metagenomik yaklaşımlar? geliştirilmiştir. Deniz süngerlerinin özel mikrobiyal komüniteler ile birlikte yaşadığı varsayılmaktadır. Fakat bu mikroorganizmaların süngerlere özgül olduğu veya rastgele dağılım gösterdiği kesin olarak bilinmemektedir. Bu bilinmezliğe cevap olarak çalışmamızda, Ege Denizinden alınan iki sünger örneğindeki bakteriyel ve fungal çeşitlilik incelenmiştir. Her iki süngerde bulunan dominant bakteri-fungus çeşitliliği ve komünite yapısının ortaya çıkarılmasında metagenomik 16S rDNA ve ITS DGGE parmakizi ve filogenetik analizler kullanılmıştır. Sünger total komünite DNA' sı kollajenaz kullanan indirekt DNA izolasyon metodu ile elde edilmiş ardından 16S rDNA ve ITS amplifikasyonunu izleyen 16S rDNA ve ITS DGGE profillemesi gerçekleştirilmiştir. 16S rDNA-V3 ve ITS1 fragmentlerinden elde edilen sırasıyla 11 ve 22 DGGE bandının DNA dizi analizi gerçekleştirilerek GenBank veribankasındaki bakteri ve funguslarla karşılaştırılmıştır. Aynı bölgelerden alınan iki sünger örneğinin farklı bakteri ve fungus çeşitliliği göstermesinden dolayı mikrobiotanın sünger spesifik olduğu düşünülmektedir. Protobacteria (?- ve ?-) ve Clostridia altfilumları süngerlerde simbiyotik olarak yaşadığı tahmin edilen dominant bakterilerin çoğunluğunu oluşturmaktadır. Çalışmamızda Petrosia ficiformis' in bakteriyel çeşitliliğinin Sarcotragus sp.'den daha yüksek olduğu saptanmıştır. Sarcotragus sp.' nin fungal çeşitliliği ise Petrosia ficiformis' ten yüksektir. Her iki süngerdeki bakteriyel ve fungal çeşitliliğe bakıldığında fungal çeşitliliğin bakteriyal çeşitliliğe göre önemli derecede yüksek olduğu görülmüştür. Mikrobiyal çeşitlilik ve komünite analizlerinde doğru sonuçların gözlenmesi amacıyla DGGE parmak izi analizleri, DGGE bantı dizi analizi ve filogenetik analizler gibi moleküler yöntemler bir arada kullanılmalıdır.

Özet (Çeviri)

More than 98% of the microbes that exist in the environment cannot be cultivated easily. Thus, most of the microbes in the environment have not been described and accessed for biotechnology or basic research. ?Metagenomics,? which is the culture-independent genomic analysis of the microbial community, attempts to overcome these difficulties. Marine sponges have been hypothesized to serve as accumulation spots of particular microbial communities, but it is unknown to what extent these communities are directed by the organism or the site or occur randomly. To address this question, we assessed the composition of bacterial and fungal communities associated with the two sponges from the Aegean Sea. Metagenomic 16S rDNA and ITS DGGE fingerprinting and phylogenetic analysis were used to reveal the community structure and diversity of the predominant bacteria and fungi associated with the two sponges. Sponge total community DNA extracted with indirect DNA isolation method by using collagenase followed by 16S rDNA and ITS amplification16S rDNA and ITS amplicons were subjected to DGGE profiling. Respectively 11 and 22 individual DGGE bands from 16S rDNA-V3 and ITS1 fragments were sequenced and were matched corresponding bacteria and fungi in the GenBank database. Since tested sponges from the same geographical location showed different predominant bacterial and fungal diversity, the microbiotas are considered as host specific. Proteobacteria (?- and ?-), and Clostridia subdivisions, make up the majority of the predominant bacteria in sponges and are probably in close symbiotic relationship with sponges. In the present research, it was detected that Petrosia ficiformis had the higher bacterial diversity than sponge Sarcotragus sp. On the other hand, Sarcotragus sp. had the higher fungal diversity than Petrosia ficiformis. When the bacterial and fungal diversity of both sponges were considered, fungal diversity was found significantly higher than bacterial diversity. DGGE fingerprint-based analysis should ideally be integrated with band sequencing, phylogenetic analysis and molecular techniques to obtain precise results in terms of the microbial community and diversity.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    457021

    Çanakkale Boğazı ve Kuzey Ege denizinden toplanan bazı sünger (Porifera) türlerindeki toplam protein, yağ, kül ve nem içerikleri

    Total protein, lipid, ash and moisture contents of certain species of sponges (Porifera) sampled/collected from the Dardanelles Northern Aegean sea

    TUĞBA KAYA EREN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Su ÜrünleriÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET AKBULUT

  2. Tez No

    587634

    Deniz sularında kullanılan çelik malzemelerin slurry erozyon aşınma davranışının incelenmesi

    Investigation of slurry erosion wear behavior of steel materials used in seawaters

    ELİF SENA GÜR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Makine MühendisliğiKonya Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. MEHMET BAĞCI

  3. Tez No

    387302

    Ege Denizi'nden alınan sediment örneklerindeki bakterilerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

    Determination of antibiotic sensitivities of bacteria from sediment samples in the Aegean Sea

    ELİF İPEK YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Deniz BilimleriDokuz Eylül Üniversitesi

    Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAYET BİZSEL

  4. Tez No

    637634

    Paleoceanographic and paleoclimate records in the gulf of Saros (Aegean sea) during the late pleistosene to holocene

    Geç pleyistosen-holosen boyunca Saros Körfezi'ndeki (Ege Denizi) paleoşinografik ve paleoiklimsel kayıtlar

    CERENNAZ BOZYİĞİT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KÜRŞAD KADİR ERİŞ

    DR. MARIE-ALEXANDRİNE SICRE

  5. Tez No

    866666

    The impact of paleoclimatic changes on the archaeological settlement patterns in the Gediz Graben (Western Türkiye) during the late pleistocene and holocene

    Geç pleyistosen ve holosen boyunca paleoiklim değişiklerin Gediz Grabeni'ndeki (Batı Türkiye) arkeolojik yerleşmeler üzerindeki etkisi

    MESUT KOLBÜKEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Arkeolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜLENT ARIKAN

Geri Dön