Weighted bipartite crossing minimization applications on biclustering and graph unions
Ağırlıklı ikili çizgelerin ayrıt kesışimleri azaltılmasının ikili kümeleme ve çizgelerin görselleştirmesi problemlerine uygulanması
- Tez No: 234123
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. CESİM ERTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Işık Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çift taraflı kümeleme problemi, biyol ile ilgili verilerin alt matrisler arasından, belli oranda verinin, sütun kısmında ve satır kısmında ilintili olanları elde etme problemidir. Biz adı LEB(Localize-and-Extract Biclusters) olan bir yöntem sunarak, cift taraflı kümeleme problemini tüm veri üzerinde çalışması yerine, kendine yakın komşu olan alt matrisler üzerinde çalışmasını sağladık. Bu sayede tarama süreci, genelden, yerel alt kümelere indirgenmiş oldu. Yerelleştirme probleminin temelini, çizge tabanlı teorik yöntem kullanarak Çift taraflı Kümeleme problemi ile ilintili olduğunu deney yaparak belirledik. Yerelleştirme metodundan sonra bu küçük alt yapıların birleştirilmesi içinde ayrı yöntem önerdik. Son olarakta biz öne sürdüğümüz yöntemin performansını birçok deney yaparak hem gerçek hem de sanal veriler üzerinde denedik. Bunun yanısıra, çizgeler için öne sürdüğümüz yöntemi, Çizgelerin Görselleştirilmesi içinde kullandık. Bunu da ikinci kısımda ayrınıtılı olarak inceledik.
Özet (Çeviri)
Biclustering gene expression data is the problem of extracting submatrices of genes and conditions exhibiting significant correlation across both the rows and the columns of a data matrix of expression values. We provide a method, LEB (Localize-and-Extract Biclusters) which reduces the search space into local neighborhoods within the matrix by first localizing correlated structures. The localization procedure takes its roots from effective use of graph-theoretical methods applied to problems exhibiting a similar structure to that of biclustering. Once interesting structures are localized the search space reduces to small neighborhoods and the biclusters are extracted from these localities. We evaluate the effectiveness of our method with extensive experiments both using artificial and real datasets. Finally, we also used our crossing minimization heuristics for graph visualization in a layered fashion.
Benzer Tezler
- Büyük ölçekli iki parçalı karmaşık ağlarda güçlendirilmiş yansıma modeline dayalı bağlantı tahmini yöntemleri
Link prediction methods based on strengthening projection model in large-scale bipartite networks
SERPİL ASLAN
Doktora
Türkçe
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KAYA
- K?way partitioning of signed bipartite graphs
İşaretli ağırlıklı iki parçalı grafların K gruba ayrılması
NURETTİN BURAK ÖMEROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI TOROSLU
- Automatic synset detection from Turkish dictinary using confidence indexing
Güven endeksi kullanılarak Türkçe sözlükten eş anlam kümelerinin otomatik tespiti
ERHAN TURAN
Doktora
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolÇukurova ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UMUT ORHAN
- A computational approach for prioritization of patient-specific cancer drivers
Başlık çevirisi yok
AHMED AMINE TALEB BAHMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAntalya Bilim ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CESİM ERTEN
DOÇ. DR. HİLAL KAZAN
- Solving the Teacher Relocation Problem Using Constraint Logic Programming
Sınırlamalı Mantıksal Programlama Kullanılarak Öğretmen Yer Değiştirme Probleminin Çözümü
NAGEHAN İLHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolDogu Akdenız Unıversıtesı-Eastern Medıterranean UnıversıtyBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ BAYRAM