Elucidation of the deamidation mechanism of asparaginyl residues in peptides and proteins
Peptit ve proteinlerde asparagin deamidasyon mekanizmasının incelenmesi
- Tez No: 237461
- Danışmanlar: DR. MANUEL F. RUİZ LOPEZ, PROF. GERALD MONARD, PROF. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
Protein deamidasyonu, bugüne kadar çok sayıda deneysel ve teorik çalışmaya konu olmuştur. Deamidasyon, enzimle katalize edilmesi gerekmeyen, asparagin amino asidini aspartik aside çeviren, spontane bir reaksiyondur. Molekülün yükünde meydana gelen değişikliğin proteinlerde zamana bağlı konformasyonel değişikliklere yol açtığı ve protein degredasyonuna hatta yaşlanmaya sebep olduğu bilinmektedir.Bu çalışmada, deamidasyon reaksiyonunun mekanizması teorik bir çalışmaya konu olmuş ve ayrıntılı olarak incelenmiştir. Deamidasyona yol açabilecek potansiyel mekanizmalarla ilgili birçok önemli bilgi edinilmiş, bu mekanizmalar ve enerjileri detaylı olarak sunulmuştur. Asparagin'in bir diğer potansiyel degradasyon mekanizması ?peptid omurgasının kopması? da ele alınmış ve deamidasyon mekanizmasıyla karşılaştırılmıştır. Son olarak, asparagin'e komşu olan amino asitlerin deamidasyonu ne şekilde etkilediğini anlamak üzere yapılan çalışmalara yer verilmiştir. Buna ek olarak, gelecekte yapılması planlanan çalışmalar da fikir bazında sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Deamidation of proteins is a topic of wide interest that has been subject to experimental and theoretical studies. Deamidation is a nonenzymatic and spontaneous process that converts asparagine residues in proteins into aspartic acid. The change in charge leads to time-dependent conformational changes in proteins and has been associated with protein degradation and ageing.In this study, certain mechanistic aspects of this process have been investigated and many insights have been attained on potential mechanisms leading to deamidation. These mechanisms and their energetics have been presented in detail. Another potential fate of asparagine residues, backbone cleavage, has been introduced and compared with the deamidation mechanism. Finally, attempts to understand the effect of neighboring residues on Asn deamidation have been elaborated and several ideas for future work have been outlined.
Benzer Tezler
- Potansiyel biyoaktif bileşikler olan 2-(4-hidroksifenil) benzimidazol mannich bazları üzerinde çalışmalar
Studies on mannich bases of 2-(4-hydroxyphenyl)benzimidazole which is potential bioactive compounds
ZEHRA YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. İNCİ GÜL
- Elucidation of the mechanisms that underlie centriolar satellite biogenesis and dynamics
Sentriyolar satelit biyojenez ve dinamik davranışlarında rol alan mekanizmaların belirlenmesi
DİLA GÜLENSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Theoretical investigation of CO2 adsorption pathway over N-[3-(trimethoxysilyl)propyl] ethylenediamine-modified mesoporous silica sorbents
N-[3-(üçmetoksisilil)propil]etilendiyamin ile modifiye edilmiş mezoporlu silica tutucuları üzerinde CO2 adsorpsiyon mekanizmalarının hesaplı yöntemlerle incelenmesi
İMGE KALKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Kimya MühendisliğiYeditepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA DAVRAN CANDAN
- Elucidation of the effects of fermented spirulina protein hydrolysate and bioactive peptide fractions on anti-inflammatory, anticancer, and indirect antioxidant mechanisms for therapeutic and nutraceutical applications
Fermente spirulina protein hidrolizatı ve biyoaktif peptit fraksiyonlarının anti-inflamatuar, antikanser ve indirekt antioksidan mekanizmalar üzerine etkilerinin terapötik ve nutrasötik uygulamalar için aydınlatılması
ZEYNEP ÖZLEM CİNAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA TÜMER
PROF. DR. MEHMET AY
- Fertil ve infertil hasta gruplarında CC ve CXC kemokinlerinin ekspresyonlarının saptanması
Elucidation of the CC and CXC chemokine expressions in fertile and infertile patients
ASLI TOKYAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Histoloji ve EmbriyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KÖSE VURUŞKAN