Elucidation of the deamidation mechanism of asparaginyl residues in peptides and proteins
Peptit ve proteinlerde asparagin deamidasyon mekanizmasının incelenmesi
- Tez No: 237461
- Danışmanlar: DR. MANUEL F. RUİZ LOPEZ, PROF. GERALD MONARD, PROF. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
Protein deamidasyonu, bugüne kadar çok sayıda deneysel ve teorik çalışmaya konu olmuştur. Deamidasyon, enzimle katalize edilmesi gerekmeyen, asparagin amino asidini aspartik aside çeviren, spontane bir reaksiyondur. Molekülün yükünde meydana gelen değişikliğin proteinlerde zamana bağlı konformasyonel değişikliklere yol açtığı ve protein degredasyonuna hatta yaşlanmaya sebep olduğu bilinmektedir.Bu çalışmada, deamidasyon reaksiyonunun mekanizması teorik bir çalışmaya konu olmuş ve ayrıntılı olarak incelenmiştir. Deamidasyona yol açabilecek potansiyel mekanizmalarla ilgili birçok önemli bilgi edinilmiş, bu mekanizmalar ve enerjileri detaylı olarak sunulmuştur. Asparagin'in bir diğer potansiyel degradasyon mekanizması ?peptid omurgasının kopması? da ele alınmış ve deamidasyon mekanizmasıyla karşılaştırılmıştır. Son olarak, asparagin'e komşu olan amino asitlerin deamidasyonu ne şekilde etkilediğini anlamak üzere yapılan çalışmalara yer verilmiştir. Buna ek olarak, gelecekte yapılması planlanan çalışmalar da fikir bazında sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Deamidation of proteins is a topic of wide interest that has been subject to experimental and theoretical studies. Deamidation is a nonenzymatic and spontaneous process that converts asparagine residues in proteins into aspartic acid. The change in charge leads to time-dependent conformational changes in proteins and has been associated with protein degradation and ageing.In this study, certain mechanistic aspects of this process have been investigated and many insights have been attained on potential mechanisms leading to deamidation. These mechanisms and their energetics have been presented in detail. Another potential fate of asparagine residues, backbone cleavage, has been introduced and compared with the deamidation mechanism. Finally, attempts to understand the effect of neighboring residues on Asn deamidation have been elaborated and several ideas for future work have been outlined.
Benzer Tezler
- Potansiyel biyoaktif bileşikler olan 2-(4-hidroksifenil) benzimidazol mannich bazları üzerinde çalışmalar
Studies on mannich bases of 2-(4-hydroxyphenyl)benzimidazole which is potential bioactive compounds
ZEHRA YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. İNCİ GÜL
- Elucidation of the therapeutic action mechanisms of strigolactones against neuroinflammatory diseases: Potential inhibitory effects on NLRP3 inflammasome and microglia activation
Nöroinflamatuar hastalıklara karşı strigolaktonların terapötik etki mekanizmalarının aydınlatılması: NLRP3 inflamazom ve mikroglia aktivasyonu üzerine potansiyel inhibitör etkileri
GİZEM ANTİKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA TÜMER
- Tırfıl (üçgül) bitkisinden olan Trifolium resupinatum'dan izole edilen bazı doğal bileşiklerin NMR teknikleri yardımıyla yapılarının açıklanması
Elucidation of the structures of some natural products isolated from Trifolium resupinatum L. var. microcephalum. Zoh. by the help of NMR techniques
TAHİR BAKKAL
- Fertil ve infertil hasta gruplarında CC ve CXC kemokinlerinin ekspresyonlarının saptanması
Elucidation of the CC and CXC chemokine expressions in fertile and infertile patients
ASLI TOKYAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Histoloji ve EmbriyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KÖSE VURUŞKAN
- Bazı imidazopiridin türevi bileşiklerin NMR spektroskopisi yöntemi ile yapıların açıklanması
Elucidation of the structures of some imidazopyridine derivatives by NMR spectroscopy
A. BERNA DEMİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCEL ÖZDEN