Cloning of wheat trehalose-6-phosphate synthase gene and microarray analysis of wheat gene expression profiles under abiotic stress conditions
Trehaloz-6-fosfat sentaz geninin buğdaydan izolasyonu ve buğday gen ifade profillerinin abiyotik stres koşullarında mikroarray yöntemi ile incelenmesi
- Tez No: 238393
- Danışmanlar: PROF. DR. HALUK HAMAMCI, PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 139
Özet
Bu çalışmanın amacı, buğday (Triticum aestivum L. cv. Bayraktar) Trehaloz-6-fosfat Sentaz (TPS) geninin klonlanması ve tuz ve kuraklık stresleri altında buğdayın genel gen ifade profillerinin mikroarray Wheat GeneChip (Affymetrix) kullanılarak incelenmesidir.Bu çalışmada, tuz (350 mM NaCl) ve kuraklık (20% PEG) stresi 10 gün büyütülmüş buğday fidelerine 24 saat uygulanmıştır. Stres sonunda toplanan kök ve yaprak numuneleri kullanılarak TPS gen klonlaması ve mikroarray çalışmaları yapılmıştır.Buğday TPS genine (TaTPS) ait cDNA dizisinin belirlenmesi için RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) yöntemi kullanılmıştır. Bu cDNA dizisinin açık okuma bölgesi, moleküler ağırlığı (MW) 96.7 kDa ve izoelektrik noktası (pI) 5.97 olarak tahmin edilen 859 amino asitlik bir proteini kodlamaktadır. Bu dizi tblastx sonuçlarına göre diğer bitki TPS genleri ile benzerlik göstermiştir. Buğday kök dokularında bu genin ifadesi kuraklık stresi altında artarken, tuz stresi altında değişim göstermemiştir. Yaprak dokularında ise hem tuz hem de kuraklık uygulamaları bu genin ifadesini azaltmıştır.Tuz ve kuraklık stresi uygulanmış buğday fidelerinde, transkript miktarlarındaki değişime mikroarray yöntemi kullanılarak bakılmıştır. Veri analizleri GCOS 1.4 ve GeneSpringGX 10 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Tuz ve kuraklık stresleri altında, ferritin, LTP, LEA/Dehidrin, Erken Nodulin, Soğuk Regüle Proteini ve Germin Benzeri proteinleri kodlayan genlerin ifadelerinde en az 10 kat artış belirlenmiştir. Bunlara ek olarak, tuz ve kuraklık stresleri DREB, ERF, NAC, MYB ve HSF olarak belirlenen genlerin ifadelerinde artışa neden olmuştur ki bu gözlem tuz ve kuraklık stresleri altında çeşitli transkripsiyon düzenleyici izyollarının varlığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was cloning of wheat (Triticum aestivum L. cv. Bayraktar) Trehalose-6-phosphate synthase gene and examining of gene expression pattern of wheat seedlings in response to salt and drought stress conditions using Wheat GeneChip (Affymetrix).In this study, 10-days old wheat seedlings were subjected to the salt (350 mM NaCl) and drought stress (20% PEG) for 24 hours, then root and leaf tissues were used for wheat TPS gene cloning and microarray studies.RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) was used to determine cDNA sequence of wheat TPS gene, TaTPS. The ORF of TaTPS encodes a putative protein of 859 amino acids with a predicted molecular weight (MW) of 96.7 kDa and an isoelectric point (pI) of 5.97. Based on tblastx, TaTPS showed great similarity with other plants TPS genes. In root tissue, expression of TaTPS increased under drought stress while no change was observed under salt stress. In leaf tissue, both salt and drought treatments repressed the expression of TaTPS.Microarray study was used to monitor transcript abundance in salt and drought stressed wheat. Data analyses were determined by using GCOS 1.4 and GeneSpring GX10. The genes encoding ferritin, Lipid transfer protein, LEA/Dehydrin, early nodulin, cold regulated protein and germin like proteins were upregulated at least 10-fold under salt and drought stress conditions. In addition, salt and drought stresses induced the expression of genes identified as DREB, ERF, NAC, MYB, and HSF, suggesting existence of various transcriptional regulatory pathways under salt and drought stresses.
Benzer Tezler
- Domates fw2.2 verim geninin buğday ortologlarının klonlanması ve önemli buğday çeşitlerinin genomik ve fonksiyonel genomik bazında fw2.2 buğday ortologu ile taranması
Cloning of wheat orthologous of tomato fw2.2 yield gene and genomic and functional genomic analysis of wheat varieties by fw2.2 wheat orthologous
EMRE İLHAN
- Buğday sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) efektör adaylarına ait RNAi parçalarının BSMV vektörüne klonlanması
Cloning of RNAi fragments of wheat yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) effector candidates into BSMV vector
ALPEREN DİLEKLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA HASANÇEBİ
- Identification and cloning of genes induced and / or repressed upon treatments of wheat plants (avocet S) with BTH, BABA and Trichoderma harzianum Raifi KRL-AG2
BTH, BABA veya trichoderma harzianum Raifi KRL-AG2 uygulamasıyla artan ve/veya azalan buğday bitki (avocet S) genlerinin tanımlanması ve klonlanması
ADNAN AL-ASBAHI
Doktora
İngilizce
2006
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MAHİNUR AKKAYA
Y.DOÇ.DR. CANDAN GÜRAKAN
- Isolation and characterization of rust resistance marker DNAs of wheat
Buğdayda pas hastalığına karşı direnç markör DNAlarının isolasyonu ve tanımlanması
SEVGİ SALMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜGE TÜRET SAYAR
- Erwinia amylovora EAKKB29 izolatının harpin geninin klonlanması ekspresyonu ve altındane ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) fideleri üzerinde etkilerinin araştırılması
Cloning, expression of harpin gene from a Erwinia amylovora EAKKB29 isolate and studying its effect on wheat (Triticum aestivum L.) seedlings
MERVE BEKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ