Geri Dön

Mitochondrial DNA (MTDNA) haplogroup composition in Turkish sheep breeds

Türk koyun ırklarında mitokondriyal DNA (MTDNA) haplogrup kompozisyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 238718
  2. Yazar: EREN YÜNCÜ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Bu çalışmada beş yerli koyun ırkı (Karayaka, Akkaraman, Gökçeada, Dağlıç ve Morkaraman) ile komşu ülkelerden toplanan iki ırkın (İran'dan Herik ırkı ve Azerbaycan örnekleri2) haplogrup kompozisyonu, mitokondriyal DNA ND4 bölgesinin tek zincir konformasyonel polimorfizmi (SSCP) ve mitokondriyal DNA kontrol (CR) bölgesi restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) analizleri kullanılarak saptanmıştır.SSCP ve RFLP yöntemlerinin sonuçları birbirleri ile %96,82 uyumlu bulunmuştur. Sonuçlardaki %3,18 uyumsuzluğun büyük bir kısmı ise 9 örnekteki tanımlanamayan bant örgüleri nedeniyle ortaya çıkmıştır. SSCP yöntemi haplogrup A, B ve C'yi tanımlayabilmektedir ancak D ve E bu yöntemle ayrılamamıştır. RFLP yöntemi Haplogrup A, B ve büyük ihtimalle D'yi tanımlayabilmektedir ancak E ve C bu yöntemle ayrılamamıştır. Bu çalışmanın sonuçları, farklı örnekleme ile bulunan haplogrup frekans sonuçlarının güvenilirliğini test etmek için önce yapılan çalışmaların sonuçları ile karşılaştırılmıştır ve sonuçlar daha önce benzer örnekleme stratejisi ile yapılan bir sonuç ile homojen bulunmuştur.Komşu birleştirme ağacı, temel öğeler analizi, Delaunay örgüsü ve moleküler varyans analizi (AMOVA), haplogrup frekanslarına uygulanmıştır ve ırklar bulundukları coğrafi bölgelerin arasındaki genetik bariyerlere göre 4 gruba ayrılmıştır. En güçlü ayrım batı ırkları (Gökçeada, Akkaraman, Karayaka ve Dağlıç) ve doğu ırkları (Morkaraman, Herik-İran ve Azerbaycan) olarak ayrılan iki grup arasında bulunmuştur. Ayrıca Spearman'ın sıralama korelasyon testi sonuçlarına göre Azerbaycan haplogrup A'nın Anadolu'ya giriş noktası olarak, İran ise haplogrup C'nin Anadolu'ya giriş noktası olarak önerilmiştir.

Özet (Çeviri)

In the present study, haplogroup composition of five native Turkish sheep breeds, (Karayaka, Akkaraman, Gökçeada, Dağlıç, Morkaraman) and two sheep breeds from neighboring countries (Herik from Iran, samples from Azerbaijan) were determined by single strand length polymorphism (SSCP) analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) region and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of mtDNA control (CR) region.Results of the SSCP and RFLP approaches were found to be 96,82% consistent. Most of the 3,18% inconsistency was due to unidentified band patterns of 9 individuals. SSCP method could identify haplogroups A, B and C, but not D and E. Similarly RFLP method could identify haplogroup A, B and possibly D, but not E and C. Data of the present study were compared with those of the previous studies to test the robustness of results under different samplings and were found to be homogenous with a previous study with similar sampling strategy.Neighbor joining tree, principal component analysis (PCA), Delaunay network analysis and analysis of molecular variance (AMOVA) were employed to analyze the haplogroup frequencies and breeds were separated in four groups according to the genetic barriers between breeds from different geographical locations. Strongest differentiation was present between two groups which were eastern breeds (Morkaraman, Herik-Iran and Azerbaijan) and western breeds (Gökçeada, Akkaraman, Karayaka and Dağlıç). Additionally, Azerbaijan was proposed as the entrance point of the haplogroup A and the Iran was proposed as the entrance point of haplogroup C to Anatolia with the Spearman rank correlation test.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    313599

    MtDNA based genetic diversity of native sheep breeds and Anatolian mouflon (Ovis gmelinii Anatolica) in Turkey

    Türkiye?deki yerli koyun ırklarının ve anadolu mouflonun (Ovis gmelinii Anatolica) mtDNA?ya dayalı genetik çeşitliliği

    SEVGİN DEMİRCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoenformatik Bölümü

    PROF. DR. İNCİ TOGAN

  2. Tez No

    255907

    The conservation of genetic diversity in turkish native horse breeds

    Türk atlarının genetik çeşitliliğinin korunması

    ÖZGÜR ASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEZEN ARAT

    YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN

  3. Tez No

    416678

    Ancient dna isolation and mitochondrial dna analysis of human samples from Çemi̇alo Sırtı, Batman in Southeast Anatolia

    Güneydoğu Anadolu'daki Batman, Çemialo Sırtı kazı yerinden çıkarılmış insan örneklerinden antik dna izolasyonu ve mitokondriyal dna analizi

    REYHAN YAKA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İNCİ TOGAN

  4. Tez No

    167028

    Mitochondrial DNA (MTDNA) sequence analyses of Kangal dogs in Turkey

    Türkiye'deki Kangal köpeklerinin mitokondrial DNA (MTDNA) dizi analizi

    ÇİĞDEM GÖKÇEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. İNCİ TOGAN

  5. Tez No

    450390

    Bosna Hersek yerli koyunları ve keçilerindeki mitokondriyal DNA (mtDNA) d-loop polimorfizmi

    Mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region polymorphisms in Bosnian native sheep and goat breeds

    ADELINA PILJUG

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ALİ YILDIZ

Geri Dön