Mitochondrial DNA (MTDNA) haplogroup composition in Turkish sheep breeds
Türk koyun ırklarında mitokondriyal DNA (MTDNA) haplogrup kompozisyonu
- Tez No: 238718
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Bu çalışmada beş yerli koyun ırkı (Karayaka, Akkaraman, Gökçeada, Dağlıç ve Morkaraman) ile komşu ülkelerden toplanan iki ırkın (İran'dan Herik ırkı ve Azerbaycan örnekleri2) haplogrup kompozisyonu, mitokondriyal DNA ND4 bölgesinin tek zincir konformasyonel polimorfizmi (SSCP) ve mitokondriyal DNA kontrol (CR) bölgesi restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) analizleri kullanılarak saptanmıştır.SSCP ve RFLP yöntemlerinin sonuçları birbirleri ile %96,82 uyumlu bulunmuştur. Sonuçlardaki %3,18 uyumsuzluğun büyük bir kısmı ise 9 örnekteki tanımlanamayan bant örgüleri nedeniyle ortaya çıkmıştır. SSCP yöntemi haplogrup A, B ve C'yi tanımlayabilmektedir ancak D ve E bu yöntemle ayrılamamıştır. RFLP yöntemi Haplogrup A, B ve büyük ihtimalle D'yi tanımlayabilmektedir ancak E ve C bu yöntemle ayrılamamıştır. Bu çalışmanın sonuçları, farklı örnekleme ile bulunan haplogrup frekans sonuçlarının güvenilirliğini test etmek için önce yapılan çalışmaların sonuçları ile karşılaştırılmıştır ve sonuçlar daha önce benzer örnekleme stratejisi ile yapılan bir sonuç ile homojen bulunmuştur.Komşu birleştirme ağacı, temel öğeler analizi, Delaunay örgüsü ve moleküler varyans analizi (AMOVA), haplogrup frekanslarına uygulanmıştır ve ırklar bulundukları coğrafi bölgelerin arasındaki genetik bariyerlere göre 4 gruba ayrılmıştır. En güçlü ayrım batı ırkları (Gökçeada, Akkaraman, Karayaka ve Dağlıç) ve doğu ırkları (Morkaraman, Herik-İran ve Azerbaycan) olarak ayrılan iki grup arasında bulunmuştur. Ayrıca Spearman'ın sıralama korelasyon testi sonuçlarına göre Azerbaycan haplogrup A'nın Anadolu'ya giriş noktası olarak, İran ise haplogrup C'nin Anadolu'ya giriş noktası olarak önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
In the present study, haplogroup composition of five native Turkish sheep breeds, (Karayaka, Akkaraman, Gökçeada, Dağlıç, Morkaraman) and two sheep breeds from neighboring countries (Herik from Iran, samples from Azerbaijan) were determined by single strand length polymorphism (SSCP) analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) region and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of mtDNA control (CR) region.Results of the SSCP and RFLP approaches were found to be 96,82% consistent. Most of the 3,18% inconsistency was due to unidentified band patterns of 9 individuals. SSCP method could identify haplogroups A, B and C, but not D and E. Similarly RFLP method could identify haplogroup A, B and possibly D, but not E and C. Data of the present study were compared with those of the previous studies to test the robustness of results under different samplings and were found to be homogenous with a previous study with similar sampling strategy.Neighbor joining tree, principal component analysis (PCA), Delaunay network analysis and analysis of molecular variance (AMOVA) were employed to analyze the haplogroup frequencies and breeds were separated in four groups according to the genetic barriers between breeds from different geographical locations. Strongest differentiation was present between two groups which were eastern breeds (Morkaraman, Herik-Iran and Azerbaijan) and western breeds (Gökçeada, Akkaraman, Karayaka and Dağlıç). Additionally, Azerbaijan was proposed as the entrance point of the haplogroup A and the Iran was proposed as the entrance point of haplogroup C to Anatolia with the Spearman rank correlation test.
Benzer Tezler
- MtDNA based genetic diversity of native sheep breeds and Anatolian mouflon (Ovis gmelinii Anatolica) in Turkey
Türkiye?deki yerli koyun ırklarının ve anadolu mouflonun (Ovis gmelinii Anatolica) mtDNA?ya dayalı genetik çeşitliliği
SEVGİN DEMİRCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- The conservation of genetic diversity in turkish native horse breeds
Türk atlarının genetik çeşitliliğinin korunması
ÖZGÜR ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEZEN ARAT
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- Ancient dna isolation and mitochondrial dna analysis of human samples from Çemi̇alo Sırtı, Batman in Southeast Anatolia
Güneydoğu Anadolu'daki Batman, Çemialo Sırtı kazı yerinden çıkarılmış insan örneklerinden antik dna izolasyonu ve mitokondriyal dna analizi
REYHAN YAKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Mitochondrial DNA (MTDNA) sequence analyses of Kangal dogs in Turkey
Türkiye'deki Kangal köpeklerinin mitokondrial DNA (MTDNA) dizi analizi
ÇİĞDEM GÖKÇEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. İNCİ TOGAN
- Bosna Hersek yerli koyunları ve keçilerindeki mitokondriyal DNA (mtDNA) d-loop polimorfizmi
Mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region polymorphisms in Bosnian native sheep and goat breeds
ADELINA PILJUG