Geri Dön

Kolon kanseri tanılı olgularda MS-MLPA metodu ile MMR (Mismatch Repair=Hatalı eşleşme tamiri) genlerinde metilasyon sıklığının saptanması

Detection of methylation pattern at MMR (mismatch repair) genes by MS-MLPA method in cases of colon cancer

PDF İndir

  1. Tez No: 244404
  2. Yazar: İBRAHİM ÇEKEN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SERAP TUTGUN ONRAT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Onkoloji, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Oncology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Kanser, Kolon Kanseri, Hatalı-Eşleşme Tamir Genleri, DNA Metilasyonu, MLPA (Multipleks Ligasyon Esaslı Prob Amplifikasyonu)
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Afyon Kocatepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

Diğer tümör tiplerinde olduğu gibi, kolon kanserinde de, onkogenlerin aktivasyonunu, tümor suppressor ve DNA-tamir genlerinde değişiklikler meydana gelmektedir. Genetik değişimlere ek olarak, sitozin metilasyonu gibi epigenetic abormaliler de gözlenmektedir. DNA'daki en önemli tamir mekanizmalarından birisi olan MMR (mismatch repair) genlerindeki mutasyonlar kolon kanserinde önemli rol oynamaktadırlar, özellikle MLH1 ve MSH2.1. MMR genlerinde 1500 den fazla değişik varyantın olduğu bildirilmiştir.Çalışmamızda parafin dokuya gömülü olarak elde edilen kolon kanseri örnekleri kullanılmıştır. 4 tane kontrol ve 70 tane çalışma grubu olmak üzere, toplam 70 örnek çalışılmış ve bu örneklerin 49 tanesi (%70) adenokarsinoma ve 21(30.0%) karsinomadır. MLPA tekniğinin bir modifikasyonu MS-MLPA (methylation-specific multiplex ligation dependent probe amplification)tekniği kullanılarak kopya sayısı değişimleri elde edilmiştir. MS-MLPA probları metilasyon için özeldir ve metilasyona hassas olan HhaI restriksiyon enzimi ile de kesim yapılmıştır. Gende metilasyon olan kısımların belirlenmesi amacıyla MS-MLPA yöntemini çalışmak üzere ME001 tumor-suppressor kit (MRC Holland) kullanılmıştır. Amplifiye edilen ürünler sekans tip kapiller elektroforez kullanılarak (ABI 310; Applied Biosystems, Foster City, California, USA) analiz edilmiştir. Elde edilen pik büyüklükleri ve arealar Excel dosyasına aktarılarak, kolon kanseri örneklerindeki genlerin metilasyon durumlarını belirlemek üzere kesilen ve kesilmeyen bölgeler karşılaştırılarak sonuçlar elde edilmiştir. Metilasyon duyarlı enzim kesim bölgesi içeren MLH1, MSH2, MSH6, MSH3, MLH3, PMS2, MGMT genlerine ait toplam 21 adet özgül hedef bölgenin prob amplifikasyonu yapıldı. Analiz sonuçlarına göre çalışılan genlerin metilasyon oranları sırası ile MLH1 (97.14%), MSH2 (24.28%), MSH6 (67.14%), MSH3 (78.57%), MLH3 (75.71%), PMS2 (65.71%), MGMT (82.85%) olarak bulunmuştur. Genomik instabiltenin tanımlanması için MMR (Mismatch Repair) genlerindeki metilasyon değişimi parametreleri kolon kanseri değerlendirmelerinde çok önemli bir kriter olarak kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Like other tumor types, colon carcinoma is thought to arise following the activation of oncogenes and inactivation of tumor suppressor and DNA-repair genes. In addition to genetic alterations, epigenetic abnormalities, such as changes in genomic DNA cytosine methylation patterns, are associated with all cancer types. The syndrome is caused by germline mutations in DNA mismatch repair (MMR) genes, predominantly MLH1 and MSH2.1. More than 1,500 different variants in MMR genes have been reported, approximately half of which may be pathogenic.In our study with a diagnosis of colorectal cancer tissue samples embedded in paraffin were used. With total 70 samples were studied, adenocarcinoma is 49 (70.0%) of samples, carcinoma is 21(30.0%) of total consists of samples. A modification of the MLPA technique, MS-MLPA (methylation-specific multiplex ligation dependent probe amplification) allows the detection of both copy number changes and unusual methylation levels of 10-50 different sequences in one simple reaction. MLPA probes for methylation quantification are similar to normal MLPA probes, except that the sequence detected by the MS-MLPA probe contains the sequence recognized by the methylation-sensitive restriction enzyme HhaI. Gene methylation status was evaluated by (MS-MLPA), using the ME001 tumor-suppressor kit (MRC Holland). A total of 24 genes were studied, using 20?200 ng of sample DNA. The amplified products were analyzed by sequence-type capillary electrophoresis (ABI 310; Applied Biosystems, Foster City, California, USA). The peak sizes and areas were exported to an Excel file, and the normalized areas from the digested and undigested samples were compared to determine the methylation status of the genes in colon cancer patients. According to the results of this amplification mean MLH1 methylation rates (97.14%), MSH2 (24.28%), MSH6 (67.14%), MSH3 (78.57%), MLH3 (75.71%), PMS2 (65.71%), MGMT (82.85%) were found to be. The Mismatch Repair (MMR) system is critical for the maintenance of genomic stability.Key Words : Cancer, Colorectal Cancer, Mismatch Repair Genes, DNA Methylation, MLPA (Multiplex Ligation Dependent Prob Amplifiaction)

Benzer Tezler

  1. Tez No

    297359

    Kraniyal görüntüleme bulguları normal akciğer karsinomlu olgularda erken dönem ve 3 ay sonrası kraniyal manyetik rezonans spektroskopi bulguları

    Cranial ımaging findings in patients with normal lung carcinoma and early post-cranial magnetic resonance spectroscopy findings in 3 months

    ADİL DOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Radyoloji ve Nükleer Tıpİnönü Üniversitesi

    Radyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET SIĞIRCI

  2. Tez No

    142199

    Meme kitlelerinde MR-spektroskopi'nin tanıya katkısı

    Contribution of MR-spectroscopy in evaluation of breast masses

    IŞIL TOPCU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Radyoloji ve Nükleer TıpDokuz Eylül Üniversitesi

    Radyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PINAR BALCI

  3. Tez No

    487048

    Kolon kanserli hastalarda tümörün immünohistokimyasal olarak CDX2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 PMS2 boyanma paterninin ve morfolojik özelliklerinin sağkalım ile ilişkisinin belirlenmesi

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR SARI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    PatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN ÇAĞLAR ÇAKIR

  4. Tez No

    745595

    Kolon kanseri tanılı olgularda primer veya metastatik odakların mutasyonel durumu ile F18-FDG PET/BT parametreleri arasındaki ilişkilinin retrospektif olarak incelenmesi

    Retrospective investigation of the relationship between the mutational status of primary or metastatic focus and F18-FDG PET/CT parameters in patients with colon cancer diagnosis

    FATİH TAMER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Radyoloji ve Nükleer TıpEge Üniversitesi

    Nükleer Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜLKEM YARARBAŞ

  5. Tez No

    181416

    Kolon kanseri tanılı olgularda PCR-RFLP metodu ile p53 gen mutasyonlarının saptanması

    Detection of p53 gene mutations by using PCR-RFLP method in cases of colon cancer

    EMİNE DURHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. SERAP TUTGUN ONRAT

Geri Dön