Kovalent olmayan boya-protein etkileşimlerinin kapiler elektroforez ve MALDI-MS ile incelenmesi
Investigation of noncovalent dye-protein interactions by capillary electrophoresis and MALDI-MS
- Tez No: 244949
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 161
Özet
Makromoleküller arasındaki etkileşimler, birçok biyolojik işlemin temelini oluşturur.Fizyolojik ortamda gerçekleşen biyomolekül etkileşimlerin en önemlileri kovalent olmayan etkileşimlerdir. Boya-protein arasındaki kovalent olmayan etkileşimlerin kapiler elektroforez tekniği ile incelenmesi bu tür kovalent olmayan etkileşimleri açıklayan en temel model olarak seçilmiştir. Kapiler elektroforez tekniği çok hızlı ve çok az örnek kullanımı olan, yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir. Bu teknikle, protein-protein, protein-boya gibi etkileşimler, fizyolojik ortam şartlarına benzer koşullarda çalışılarak belirlenebilir. Kapiler elektroforez ile bazı protein-boya etkileşimlerinin MALDI-Kütle Spektrometresi de kullanımı ile tayinleri detaylı olarak yapılabilmektedir. Bu çalışmada, sülfonil grubu içeren boyalarla, asidik, bazik veya nötral proteinlerin, etkileşim mekanizmalarının kapiler elektroforez yöntemiyle incelenmesi planlanmış ve gerçekleştirilmiştir. Deneysel şartlar optimize edildikten sonra, Sığır serum albumin (BSA)-sibakron mavisi F3GA, sitokrom c-sibakron mavisi F3GA, BSA-kongo kırmızısı ve sitokrom c-kongo kırmızısı arasındaki kovalent olmayan etkileşimler incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında kapiler elektroforez yöntemi ile elde edilen veriler ile birlikte, toplanan fraksiyonların MALDI-Kütle Spektrometresi ile yapılan çalışmalardan sağlanan veriler birlikte değerlendirilmiş, komplekslerin oluşum stokiyometrileri ve kararlılıkları belirlenmeye çalışılmıştır. Proteinlerin (BSA ve sitokrom c) sibakron mavisi F3GA ile oluşturdukları kompleksler daha detaylı bir şekilde belirlenebilmesine rağmen, kongo kırmızısı ile oluşturdukları komplekslerin kristallenerek çökmesi ile oluşan yüksek dereceli komplekslerin katı fazda kalmaları ve çözücüdeki çözünürlüklerinin az olmasından dolayı gözlenebilmeleri mümkün olamamıştır.
Özet (Çeviri)
Interactions between macromolecules are formed the basis of many biological processes. The most important biomolecules interactions that occur in physiological environment are non-covalent interaction nature. Non-covalent interactions between dye-protein were appropriate to be examined by capillary electrophoresis technique. This technique is very fast and requires very low amount of sample usage, and also technique has a high sensitivity. With this technique, protein-protein, protein-dye interactions, could be studied under the soft conditions such as at physiological pH. The work described in this study was devised and implemented using capillary electrophoresis and MALDI-MS to investigate the different protein-protein and protein-dye interactions. In this study, the interaction between dye containing sulphonyl groups and the acidic, basic or neutral proteins was investigated by capillary electrophoresis method to investigate mechanisms of interaction. After the optimized the experimental conditions of capillary electrophoresis, non-covalent interactions between Bovine Serum Albumin (BSA)-Cibacron blue F3GA, Cytochrome c-Cibacron blue F3GA, BSA-Congo red and Cytochrome c-Congo red were investigated. At the second part of the work, data obtained by capillary electrophoresis method and MALDI-MS data obtained from the analyzing the fractions collected from capillary electrophoresis by MALDI-MS were evaluated together for the determination of the interaction stoichiometries and the stabilities of complexes. Although proteins (BSA and Cytochrome c) complexes are formed with cibacron blue F3GA could be determined more clearly, but their congo red complexes were not possible to characterize either in capillary electrophoresis or MALDI-MS. This is because the precipitate form of complexes under the analyzing conditions, higher order complexes remained in the solid phase. Therefore, complexes could not be migrated in the column of capillary electrophoresis and also complexes could not be transferred into the gas-phase under MALDI-MS conditions.
Benzer Tezler
- Novel polymeric materials via reactive polymers
Reaktif polimerlerden yeni polimerik malzemeler
NERGİZ CENGİZ
Doktora
İngilizce
2014
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AMİTAV SANYAL
DOÇ. DR. RANA SANYAL
- Fabrication and functionalization of rGO containing polymeric materials
rGO içeren polimerik maddelerin yapımı ve işlevsellestirilmesi
MERVE ASLAN
- Bioactivity and functionality of chickpea protein-spent coffee phenolic complex
Nohut proteini-kahve atığı fenoliği kompleksinin biyoaktivitesi ve fonksiyonel özellikleri
BEYZA VAHAPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN
- Sama işleminde boya-ligand bağlı poli (HEMA) nanoyapılarının kullanılabilirliğinin araştırılması
Resarch of availability of dye-ligand incorporated poly(HEMA) nanostructures in bating process
EVREN TÜRKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiDeri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ASLAN
- Boya ligand afinite nanopolimerlerinin hazırlanması, karakterizasyonu ve alfa amilaz adsorpsiyonunda kullanılması
Preparation and characterization of dye ligand affinity nanopolymers and its usage for alpha amylase adsorption
YEŞİM ÖZCAN