Geri Dön

Kovalent olmayan boya-protein etkileşimlerinin kapiler elektroforez ve MALDI-MS ile incelenmesi

Investigation of noncovalent dye-protein interactions by capillary electrophoresis and MALDI-MS

PDF İndir

  1. Tez No: 244949
  2. Yazar: CANSEL TUNCER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 161

Özet

Makromoleküller arasındaki etkileşimler, birçok biyolojik işlemin temelini oluşturur.Fizyolojik ortamda gerçekleşen biyomolekül etkileşimlerin en önemlileri kovalent olmayan etkileşimlerdir. Boya-protein arasındaki kovalent olmayan etkileşimlerin kapiler elektroforez tekniği ile incelenmesi bu tür kovalent olmayan etkileşimleri açıklayan en temel model olarak seçilmiştir. Kapiler elektroforez tekniği çok hızlı ve çok az örnek kullanımı olan, yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir. Bu teknikle, protein-protein, protein-boya gibi etkileşimler, fizyolojik ortam şartlarına benzer koşullarda çalışılarak belirlenebilir. Kapiler elektroforez ile bazı protein-boya etkileşimlerinin MALDI-Kütle Spektrometresi de kullanımı ile tayinleri detaylı olarak yapılabilmektedir. Bu çalışmada, sülfonil grubu içeren boyalarla, asidik, bazik veya nötral proteinlerin, etkileşim mekanizmalarının kapiler elektroforez yöntemiyle incelenmesi planlanmış ve gerçekleştirilmiştir. Deneysel şartlar optimize edildikten sonra, Sığır serum albumin (BSA)-sibakron mavisi F3GA, sitokrom c-sibakron mavisi F3GA, BSA-kongo kırmızısı ve sitokrom c-kongo kırmızısı arasındaki kovalent olmayan etkileşimler incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında kapiler elektroforez yöntemi ile elde edilen veriler ile birlikte, toplanan fraksiyonların MALDI-Kütle Spektrometresi ile yapılan çalışmalardan sağlanan veriler birlikte değerlendirilmiş, komplekslerin oluşum stokiyometrileri ve kararlılıkları belirlenmeye çalışılmıştır. Proteinlerin (BSA ve sitokrom c) sibakron mavisi F3GA ile oluşturdukları kompleksler daha detaylı bir şekilde belirlenebilmesine rağmen, kongo kırmızısı ile oluşturdukları komplekslerin kristallenerek çökmesi ile oluşan yüksek dereceli komplekslerin katı fazda kalmaları ve çözücüdeki çözünürlüklerinin az olmasından dolayı gözlenebilmeleri mümkün olamamıştır.

Özet (Çeviri)

Interactions between macromolecules are formed the basis of many biological processes. The most important biomolecules interactions that occur in physiological environment are non-covalent interaction nature. Non-covalent interactions between dye-protein were appropriate to be examined by capillary electrophoresis technique. This technique is very fast and requires very low amount of sample usage, and also technique has a high sensitivity. With this technique, protein-protein, protein-dye interactions, could be studied under the soft conditions such as at physiological pH. The work described in this study was devised and implemented using capillary electrophoresis and MALDI-MS to investigate the different protein-protein and protein-dye interactions. In this study, the interaction between dye containing sulphonyl groups and the acidic, basic or neutral proteins was investigated by capillary electrophoresis method to investigate mechanisms of interaction. After the optimized the experimental conditions of capillary electrophoresis, non-covalent interactions between Bovine Serum Albumin (BSA)-Cibacron blue F3GA, Cytochrome c-Cibacron blue F3GA, BSA-Congo red and Cytochrome c-Congo red were investigated. At the second part of the work, data obtained by capillary electrophoresis method and MALDI-MS data obtained from the analyzing the fractions collected from capillary electrophoresis by MALDI-MS were evaluated together for the determination of the interaction stoichiometries and the stabilities of complexes. Although proteins (BSA and Cytochrome c) complexes are formed with cibacron blue F3GA could be determined more clearly, but their congo red complexes were not possible to characterize either in capillary electrophoresis or MALDI-MS. This is because the precipitate form of complexes under the analyzing conditions, higher order complexes remained in the solid phase. Therefore, complexes could not be migrated in the column of capillary electrophoresis and also complexes could not be transferred into the gas-phase under MALDI-MS conditions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    413406

    First-principles Crystal Structure Prediction: A method development and its application to hydrogen storage materials

    Ab initio Kristal Yapı Tahmini: Metot geliştirme ve hidrojen depolama malzemelerine uygulanması

    ENGİN AYBEY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ADEM TEKİN

  2. Tez No

    413423

    Investigtion of the kinetic parameters of extracellular alpha-amylase from Bacillus subtilis SDP1 immobilized on alginate beads

    Alginat küreler üzerine immobilize edilmiş, Bacillus subtilis SDP1'den elde edilen alpha-amilazın kinetik parametrelerinin araştırılması

    EDA BAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyoteknolojiMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK KAZAN

  3. Tez No

    413425

    Laktaz enziminin immobilizasyonu

    Immobilization of lactase enzyme

    ONUR SARSAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaMarmara Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE OGAN

    DOÇ. DR. SERAP DEMİR

  4. Tez No

    413570

    Preparation of reactive-polyacrylate capillary monoliths and their use as stationary media in hydrophilic interaction chromatography

    Reakti̇f poli̇akri̇lat kapi̇ler monoli̇tleri̇n sentezi̇ ve hi̇drofi̇li̇k etki̇leşi̇m kromatografi̇si̇nde sabi̇t faz olarak kullanimi

    SEDEF DAMLA ERKAKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Kimya MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN ALİ TUNCEL

  5. Tez No

    413594

    Development of column filler material for solid phase extraction and investigation their removal ability upon heavy metal ions

    Grafen bazlı kolon dolgu malzemesi geliştirilmesi ve bu malzemenin ağır metal iyonlarının giderimi üzerine kullanılabilirliğinin araştırılması

    DOĞU RAMAZANOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Mühendislik BilimleriKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. MUHARREM KARABÖRK

Geri Dön