Bistability analysis of an apoptosis model in the presence of nitric oxide
Nitrik oksit içeren apoptosis modelinde iki yönlü sebatlılık analizi
- Tez No: 246012
- Danışmanlar: PROF. MEHMET C. ÇAMURDAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Apoptoz, ya da programlı hücre ölümü, çok hücreli canlıların gelişimlerinin ve sağlıklı fonksiyonlarının sağlanmasının bir parçasıdır. Programlı hücre ölümü sırasında hücreler birçok çeşit uyarıya karşılık olarak denetimli ve düzenlenmiş bir şekilde ölürler. Programlı hücre ölümünün bozukluğu birçok hastalığa neden olduğundan, programlı hücre ölümü ağı hücre içerisinde sıkı bir şekilde düzenlenir. Programlı hücre ölümü oranında aşırı azalma (tek yönlü sebatlılık şeklinde hücrenin yaşamını sürdürmesi) kansere, programlı hücre ölümü oranında aşırı artış (tek yönlü sebatlılık şeklinde hücre ölümü) ise nörolojik hastalıklara sebebiyet verdiği bilinmektedir. Bu çalışmadaki amaç, nitrik oksit (NO) etkilerini içeren mitokondriye bağlı programlı hücre ölümü modeli üzerinde Kimyasal Tepkime Ağı analizi kullanarak iki yönlü sebatlılık analizi yapmaktır. Diferansiyel denklemlerin kütle etkisi kinetiğiyle çıkartılması sonucunda, Kimyasal Tepkime Ağı Araçkutusu (CRNT) programı yardımıyla Kimyasal Tepkime Ağı (CRN) analizi gerçekleştirilebilir. Bu programın 20 kompleksle sınırlı olması nedeniyle model modüllere ayrıldı. Tepkime ağındaki diğer reaksiyonların bu modüller üzerine eklenmesi sonucunda modüller içerisinde elde edilen iki yönlü sebatlılık tüm model içerisinde korundu. Sonuç olarak, hücre içerisindeki başlangıç derişimlerine bağlı olan, ikisi apoptotik, ikisi ise hücrenin yaşamını sürdüğü durumlar elde edildi ve nitrik oksidin hücre ölümünü engelleyen etkisinin programlı hücre ölümü ağının iki yönlü sebatlılık niteliği göstermesine sebebiyet verdiği düşünüldü.
Özet (Çeviri)
Apoptosis, or programmed cell death, is a normal component of the development and healthy functioning of multicellular organisms. In apoptosis, cells die in response to a variety of stimuli in controlled and regulated ways. The apoptotic pathway is tightly regulated in the cell, since dysregulation of apoptosis may cause various illnesses. Decreased apoptosis induction is implicated in cancer (monostable cell survival) whereas increased apoptosis induction is implicated in neurodegenerative disorders (monostable cell death). In this study, the aim is to perform bistability analysis on the mitochondria-dependent apoptosis model under the influence of nitric oxide effects (NO) using Chemical Reaction Network (CRN) analysis. After obtaining ordinary differential equations derived from mass action kinetics, CRN analysis can be performed using a toolbox referred to as CRN Toolbox (CRNT). The model is decomposed into modules, since this toolbox can handle up to 20 complexes. Bistability in the modules is preserved throughout the whole model after the addition of other reactions in the pathway on these modules. Finally, two apoptotic and two cell survival states are obtained depending on the initial conditions in the cell. The results suggest that the anti-apoptotic effect of NO is responsible for the bistable character of the apoptotic pathway.
Benzer Tezler
- Analysis of bistability behaviour of lac operon by using systems theory
Sistem kuramı ile lak operonun çift kararlı çalışmasının incelenmesi
NESLİHAN AVCU
Doktora
İngilizce
2013
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT GÜZELİŞ
- A hybrid position feedback controller for bistable structures
Başlık çevirisi yok
MEHMET RAMAZAN ŞİMŞEK
- Dynamic modeling of erk signaling pathway: Sensitivity, bistability and oscillations
Başlık çevirisi yok
MOHAMMADREZA YASEMI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİYA YAMAN ARKUN
- Amino asit grupları taşıyan bazı benzimidazol türevlerinin sentezi
Synthesis of some benzimidazole deriatives bearing amino acid groups
NESRİN BUĞDAY
- Comparative analyses of artificial kidney membranes and influences of in vivo utilization on their properties of the materials and hemodialysis treatment
Yapay böbrek membranlarının ve in vivo kullanımlarının hemodiyaliz tedavisi ve performansları üzerindeki tesirlerinin mukayeseli analizleri
BURUK ARMAĞAN KONDUK
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. HİKMET ÜÇIŞIK
