Geri Dön

Safranda SSR (Simple sequence repeat) DNA markörlerinin geliştirilmesi ve yakın akraba türlere aktarılabilirliğinin araştırılması

Development of SSR (Simple sequence repeat) DNA markers in saffron (Crocus sativus L.) and their transferability to the closer relative species of saffron.

PDF İndir

  1. Tez No: 424228
  2. Yazar: AYSUN GEDİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 130

Özet

Bu çalışma safran için SSR markörlerini geliştirmek ve bu markörlerin safranın yakın yabani akrabalarına aktarılabilirliğini araştırmak amacıyla yürütülmüştür. Safranbolu bölgesinden toplanmış safran genotipine ait DNA kullanılarak farklı tekrar motifleriyle zenginleştirilmiş dört adet genomik kütüphaneden toplam 528 adet klon sekanslanmış, 350`sinde (%66.3) tekrar motifi belirlenmiş ve 235 adet (%67.1) klon için SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Gradient PCR analizi sonucunda, 188 adet SSR primerinin (% 80.0) DNA`ya optimum bağlanma sıcaklığı belirlenmiş olup, 128 adet SSR primer çifti 27 adet safran genotipinde genetik çeşitliliği araştırmak için kullanılmıştır. Polimorfik bulunan 21 adet (%16,4) SSR primer çifti 27 adet safran genotipinde toplam 78 adet bant üretmiş, bunlardan 52 tanesi polimorfik bulunmuştur. Polimorfizm Bilgi İçeriği 0.071 ile 0.499 arasında değişmiş olup, ortalama 0.211 olarak bulunmuştur. Geliştirilen 138 adet SSR primer çiftinden; 114 tanesinin C.asumaniae`da, 129 tanesinin C.cartwrightianus`da, 121 tanesinin C. pallasi x C. mathewi`de, 124 tanesinin C. mathewi`de, 122 tanesinin C. pallasii ssp. pallasii`de, 122 tanesinin C. pallasii ssp. turcicus`da, 120 tanesinin C. pallasii ssp. dispathaceus`a PCR ürünü verdiği saptanmıştır. Crocus serisine ait taksonlarda yapılan filogenetik analiz sonucunda, kültürü yapılan safran genotiplerine en yakın yabani türün C. cartwrightianus olduğu belirlenmiştir. Geliştirilen SSR primer çiftlerinin hem safran bitkisinde genetik çeşitliliğin belirlenmesinde hem de Crocus serisinin filogenetik ve evrimsel çalışmalarında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

The aims of this study were to develop microsatellite markers for Crocus sativus (saffron) and to test them for the transferability into the close wild relatives of saffron. Four genomic libraries, which were enriched with different microsatellite motifs, were developed by using genomic saffron DNA of Safranbolu genotype. 350 of the 528 clones sequenced (% 66,3) contained microsatellites and 235 (%67,1) of the primers were designed. Optimum annealing temperature was determined for 188 (% 80.0) SSR markers with Gradient PCR protocol. The 21 (%16,4) out of 128 microsatellite primer pairs generated polymorphic bands among 27 saffron genotypes and 78 fragments were obtained. 52 of them were polymorphic. The average PIC value was 0.211, ranging from 0.071 to 0.499. Out of 138 SSRs developed, 114 in C.asumaniae, 129 in C.cartwrightianus, 121 in C. pallasi x C. mathewi, 124 in C. mathewi,122 in C. pallasii ssp. pallasii,122 in C. pallasii ssp. turcicus and 120 in C. pallasii ssp. dispathaceus gave amplicons. The results of phylogenetic analysis in taxa of Crocus series showed that the closest relative wild species of saffron could be C. cartwrightianus. From the results of the study, it was concluded that themicrosatellite markers developed in this study could bee useful both for evaluating genetic diversity in saffron and phylogenetic, taxonomic and evolutionary studies in Crocus species.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    414092

    Crocus speciosus Bieb. alt türlerinin in vitro çoğaltımı, moleküler ve sitogenetik analizleri ve MADS-box genleri ifadelerinin belirlenmesi

    In vitro micropropagation, molecular and cytogenetic analysis of Crocus speciosus Bieb. subspecies, and expression of MADS-box genes

    PARIZAD VAZIRI ALLAHVERDIKHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZ SANCAK

    PROF. DR. ALİ ERGÜL

  2. Tez No

    387656

    Harran Ovası koşullarında safran (Crocus sativus L.)'da verim ve kalite üzerine agronomik çalışmalar

    Agronomic trials on the yield and the quality in saffron (Crocus sativus L.) under the Harran Plain conditions

    KAAN ERDEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ABDULHABİP ÖZEL

  3. Tez No

    476624

    Tekirdağ koşullarında safran(Crocus sativus L.)'ın verim ve bazı bitkisel özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of yield and some plant characteristics in saffron (Çrocus sativus L.)'in tekirdağ conditions

    YASEMİN YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SEVİYE YAVER

  4. Tez No

    514570

    Analytical studies on traditional Iranian herbs

    İran'a özgü geleneksel bitkiler üzerine analitik çalışmalar

    PARYA HASHEMIMYANDOAB

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA BEDİA ERİM BERKER

  5. Tez No

    581915

    Üniversite öğrencilerinde kişiler arası bağımlılık ile utandırılma korkusu aidiyet duygusu ve sosyal onay ihtiyacı arasındaki ilişkinin incelenmesi

    An investigation of the relationship between interpersonal dependency, fear of embarrasment, general belongingness and the need of social aproval in university students

    SARANDA RABA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eğitim ve ÖğretimSakarya Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EYÜP ÇELİK

Geri Dön