Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması
Dna barcoding of some endemic Ida mountain (Çanakkale, Turkey) plants
- Tez No: 259344
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CÜNEYT AKI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barkodlaması, Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barcoding
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Bu çalışmada Kazdağı endemik bitkilerinden Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) ve Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) türlerinin DNA barkodlaması yapılmıştır. DNA barkodlaması çalışması için matK (Maturase) geni ve trnH- psbA genler arası bölge seçilmiştir. Genç yaprak dokularından DNA ayrıştırılması yapılmış, matK geni ve trnH- psbA genler arası bölgeye özgü primerlerle PCR çoğaltımı sağlanmıştır. İlgili bant Agaroz jel elektroforeziyle UV altında görüntülenmiştir. Bantı veren PCR ürünü için hizmet alımı yapılmıştır. Türlere ait dizilerin eldesinden sonra gerekli programlar kullanılarak hem diziler yoluyla elde edilen sınıflandırma klasik taksonomi ile karşılaştırılmış, hem diziler baz alınarak Kazdağı endemik bitkilerinin diğer bitkiler ile ilişkisi araştırılmış hem de ilgili gen bölgelerinin öz barkod olabilme olasılıkları tartışılmıştır. Türlerin kendi familyalarına ait türlerle sıralamaları CLUSTALW2 ve T-COFFEE ?Multiple Sequence Alignment? programları kullanılarak yapılmış, S. trojana ve D. trojana türleri ile sıralanacak türlerin dizileriyse BLAST programından seçilmiştir. Türlere ait DNA barkod temelli ağacın eldesi için MEGA 4.1 programı kapsamında Neighbor Joining metodu ve Kimura-2-Parametresi kullanılmıştır.Elde edilen sonuçlar doğrultusunda türlere ait diziler kullanılarak elde edilen DNA barkod temelli ağaç sınıflandırılmaları ile türlerin klasik taksonomik sınıflandırılmasının uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Örnekler doğrultusunda matK lokusu, sıralama ve DNA barkod temelli ağaç elde etmedeki kolaylığı, genel olarak yeterli değişkenlik içermesi sebebiyle öz barkod bölgesi olarak kullanılabilir. Ancak tür tanımlamasının temel olduğu çalışmalarda matK geninin yeterli değişkenlik içeren başka genlerle kombinasyon halinde kullanılmasının daha iyi sonuç vereceği önerilebilir.
Özet (Çeviri)
In this researh, DNA barcoding of Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) and Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) which are endemic plants of Ida Mountain were investigated. DNA barcoding process were realized in the matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer. DNA extracted from the young leaves of endemic plants, PCR amplifications were performed according to the matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer regions? primers. Concerned PCR zones were observed with agarose gel under UV. The PCR products were sent to MACROGEN company for sequencing. After the sequences were obtained from MACROGEN company, some bioinformatics programmes were used to to compare the classical taxonomical classifications of species with the molecular classifications of the species gathered by DNA barcode based trees. Possibilities of being core barcode region of matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer were discussed and the relatives of Ida Mountain endemic plants were evalutated with the other plants taken from BLAST. Multiple Sequence Alignment of sequences were performed by using CLUSTALW2 and T-COFFEE programmes. And totally 43 plant sequences were taken from BLAST programme for aligning of these sequences with Ida Mountain endemic plants for DNA barcoding. Neighbor joining method and Kimura two- parameter was used from MEGA 4.1 for obtaining DNA barcode based trees.According to the DNA barcode based tree classifications, molecular classification of species observed consistent with the classical taxonomic classifications of species. matK was more suitable for the plants used in this investigation because of the easiness of the alignment and gathering the tree. It was generally enough to discriminate the species but combination of matK with more variable region can be suggested in the identification-based DNA barcoding investigations.
Benzer Tezler
- Çanakkale yöresi çiçekli bitkilerinin çini ve seramik heykellerde kullanımı
The use of flowery plant of Çanakkale area on Turkish tile and ceramic sculptures
DERYA ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
El SanatlarıÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiSeramik Ana Sanat Dalı
PROF. CANAN ATALAY AKTUĞ
- Kaz Dağı Milli Parkı içerisindeki endemik bitkiler: Tasarım önerileri ve seramik uygulamalar
Endemic plants in Kaz Mountain Mational Park: Design suggestions and ceramic applications
EBRU ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Güzel SanatlarÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiSeramik ve Cam Ana Sanat Dalı
PROF. DR. YEŞİM ZÜMRÜT
- Kazdağı (Türkiye)'na endemik Silene bolanthoides Quézel, Contandr. & Pamukç. (Caryophyllaceae) türünün biyolojisi
Biology of species Silene bolanthoides Quézel, contandr. & Pamukç. (Caryophyllaceae) which is endemic in Kazdagi (Turkey)
ONUR ESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMET UYSAL
- Truva Tarihi Milli Parkı, Kaz Dağı Milli Parkı ve Spil Dağı Milli Parkı ziyaretçilerinin Türkiye'de milli park kavramı ve eğitimi üzerine görüşlerinin değerlendirilmesi
The points of wiew of the visitors about the concept of 'national park? and 'national park education? related to Historical Park of Troy, National Park of Kazdağı and National Park of Mount Spil
ERDAL ÖZTURA
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
CoğrafyaÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiOrtaöğretim Sosyal Alanlar Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OKAN YAŞAR
- Çanakkale koşullarında saksı bitkisi olarak yetiştirilen Cyclamen hederifolium'da farklı ışıklanma süreleri ve yoğunluklarının, bitki gelişimi ve çiçeklenmesi üzerine olan etkilerinin araştırılması
Determining the effects of different photoperiods and light intensities on plant development and flowering in Cyclamen hederifolium, grown as a pot plant in Çanakkale conditions
ARDA AKÇAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. KENAN KAYNAŞ