MALDI-MS ile etkin fosfopeptit analizleri için sol-jel yüzeylerin geliştirilmesi
Development of sol-gel surfaces for effective phosphopeptide analysis by MALDI-MS
- Tez No: 270302
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Fosforilasyon, Phosphorylation
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Fosforilasyon, yapıya fosfat grubunun katılması sonucunda hücresel proteinlerde en sık karşılaşılan post-translasyonel modifikasyondur. Hücresel faaliyetlerde görev alan fosfoproteinlerin yapılarının aydınlatılması için günümüzde en etkin teknik olarak kütle spektrometrisi kullanılmaktadır. Fakat fosfopeptitlerin kütle spektrometrik analizler için oldukça önemli bir parametre olan iyonlaşma verimleri düşüktür. Ayrıca hücre içerisindeki proteinlerin fosfatlanma yüzdelerinin genelde düşük olması nedeniyle oluşacak fosfopeptitlerin derişimleri, kullanılan kütle spektrometrik tekniklerin tayin sınırlarının altında kalmaktadır. Bu sorunların çözülmesi amacıyla fosfopeptitlerin kütle spektrometresi ile analiz edilmeden önce bulundukları ortam içerisinden seçimli olarak ayrılıp belli bir yerde toplanarak miktarlarının arttırıldığı zenginleştirme çalışmaları yapılmaktadır.Bu tez kapsamında MALDI-MS yöntemi ile yapılan fosfopeptit analizlerinin etkinliğinin arttırılabilmesi amacıyla fosfopeptitler üzerindeki fosfat gruplarına seçimli olmaları amaçlanan farklı metal (Ti, Zr, Ta) içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jeller sentezlenmiş ve etkili fosfopeptit zenginleştirme yöntemleri geliştirilmiştir. Örnek hazırlama sırasında 2,5-dihidroksibenzoik asit matriksinin çözeltisine yapılan fosforik asit katkısının fosfopeptitlerin MALDI-MS sonuçlarını iyileştirdiği gözlenmiştir. Sentezlenen farklı metal içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jeller kullanılarak geliştirilen fosfopeptit zenginleştirme yöntemleri için adsorpsiyon, yıkama ve elüsyon basamaklarında ortamda bulunan türler ve ortamın pH değeri gibi parametrelerin oldukça önemli olduğu sonucuna varılmıştır. Bunun yanı sıra, poli(etilen glikol) polimerinin sol-jel yapılarına dahil olmasıyla malzemenin gözenekliliğinin ve sol-jelin fosfopeptit zenginleştirilmesindeki verimliliğinin arttığı gözlenmiştir. Elde edilen tekrarlanabilir sonuçlara göre, sentezlenmiş olan farklı metal içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jel malzemelerin koşulları en uygun hale getirilmiş yöntemlerle birlikte fosfopeptit zenginleştirme çalışmalarında başarıyla kullanılabilecekleri gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Phosphorylation is the covalent attachment of phosphate group to the structure which is the most common post-translational modification on cellular proteins. Mass spectrometry is used as the most efficient technique for characterizing phosphoproteins taking charge in cellular processes. However, phoshopeptides have low ionization efficiency which is a very important parameter for mass spectrometry. Furthermore, the concentration of phosphopeptides is usually lower than the detection limit of mass spectrometric techniques because of the substoichiometric phosphorylation. Enrichment studies, which is the selective separation of phosphopeptides from the respective environment for concentrating them before mass spectrometric analysis, are performed for solving these problems.In this dissertation, for enhancing the effectiveness of phosphopeptide analysis using MALDI-MS, sol-gels with different metals (Ti, Zr, Ta) and amino functional groups proposed as specific materials for phosphate groups onto phosphopeptides were synthesized and efficient phosphopeptide enrichment methods were developed. It has been observed that phosphoric acid addition into 2,5-dihydroxybenzoic acid matrix solution during sample preparation improves the phosphopeptide analysis results in MALDI-MS. It was concluded that using synthesized sol-gels with different metals and the amino functional groups for phosphopeptide enrichment methods, the species present in the medium and pH parameters are very important during adsorption, washing and elution steps. In addition, the porosity of the sol-gel materials was increased by incorporation of poly(ethylene glycol) polymers with sol-gel structures. Therefore the efficiency of sol-gels increased for phosphopeptide enrichment. According to the reproducible results, it has been shown that the synthesized sol-gel materials with different metals and amino functional groups can be used succesfully with optimized methods in phosphopeptide enrichment studies.
Benzer Tezler
- Fosfopeptitlerin çözünmeyen geçiş metal oksitleri üzerinde seçimli zenginleştirilmesi ve MALDI-MS ile doğrudan tayinleri
Selective phosphopeptide enrichment on insoluble transition metal oxides and direct determination by MALDI-MS
GİZEM KAYNAR
- Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması
Investigation of different methods in rapid microbial identification from directly positive blood culture bottles by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)
DİLAN KARADAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHMUT CEM ERGON
- Pozitif kan kültürlerinden MALDI-TOF MS ile direkt mikroorganizma tanımlanması ve hızlı antibiyotik duyarlılık çalışılması
Direct identification of microorganisms from positive blood cultures with MALDI-TOF MS and studying rapid antibiotic susceptibility test
BİLGEHAN ERGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında meropenem ve kolistin direncinin MALDI-TOF MS ile hızlı tespitinde“Direct-On-Target microdroplet growth assay”(DOT-MGA) yönteminin kullanılması
The use of the Direct-On-Target microdroplet growth assay (DOT-MGA) method for the rapid detection of meropenem and colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolates by MALDI-TOF MS
MELİKE ERSOY ERCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IRMAK BARAN
DR. SERAP YAĞCI
- Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması
Identification of nontuberculous mycobacteria at species level by matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry
MERT MANYASLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ESEN