Geri Dön

Klebsiella pneumoniae izolatlarında meropenem ve kolistin direncinin MALDI-TOF MS ile hızlı tespitinde 'Direct-On-Target microdroplet growth assay' (DOT-MGA) yönteminin kullanılması

The use of the Direct-On-Target microdroplet growth assay (DOT-MGA) method for the rapid detection of meropenem and colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolates by MALDI-TOF MS

PDF İndir

  1. Tez No: 934252
  2. Yazar: MELİKE ERSOY ERCAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. IRMAK BARAN, DR. SERAP YAĞCI
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: DOT-MGA, MALDI-TOF MS, Kolistin, Meropenem
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

Çalışmamızın amacı, Klebsiella pneumoniae izolatlarının meropenem ve kolistin dirençlerini hızlı, güvenilir ve maliyet etkin bir şekilde tespit etmek amacıyla Doğrudan Hedef Üzerinde Mikrodamlacık Üreme Analizi (Direct-On-Target Microdroplet Growth Assay, DOT-MGA) yönteminin VITEK® MS BioMѐrieux (Fransa) sistemi kullanılarak rutin laboratuvar pratiğinde uygulanabilirliğini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntem Araştırmamıza, Sağlık Bilimleri Üniversitesi (S.B.Ü.) Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden enfeksiyon etkeni olarak izole edilen ve laboratuvarın kültür koleksiyonunda saklanan toplam 200 Klebsiella pneumoniae izolatı dahil edilmiştir. Meropenem ve kolistin için minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri, referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) testi ile belirlenmiştir. Çalışmada, 100 izolat için kolistin direnci, 100 izolat için ise meropenem direnci DOT-MGA yöntemi kullanılarak test edilmiştir. Bulgular K. pneumoniae izolatlarının meropenem duyarlılığı DOT-MGA yöntemi ile incelendiğinde 4 saatlik inkübasyon sonrası kategorik uyum %68, duyarlılık %85,29, özgüllük %100, pozitif öngörü değeri %100, negatif öngörü değeri ise %91,07 olarak hesaplanmıştır. Bu inkübasyon süresinde büyük hata saptanmazken %14,7 oranında çok büyük hata ve %9,57 oranında küçük hata tespit edilmiştir. 5 saatlik inkübasyon sonrası kategorik uyum %94,38' e yükselmiş, duyarlılık %86,11, özgüllük %100, pozitif öngörü değeri %100 ve negatif öngörü değeri %91,37 olarak bulunmuştur. Beş saat inkübasyon sonrası yapılan analizde büyük hata bulunmazken %13,88 oranında çok büyük hata ve %10,10 oranında küçük hata saptanmıştır. 6 saatlik inkübasyon sonrası ise kategorik uyum %93,33'e ulaşmış, duyarlılık %88,88, özgüllük %96,29, pozitif öngörü değeri %94,11 ve negatif öngörü değeri %92,85 olarak hesaplanmıştır. Altı saat inkübasyon sonrası yapılan analizde büyük hata oranı %3,7, küçük hata oranı %10 ve çok büyük hata oranı %11,11 olarak tespit edilmiştir. Meropenem direnci tespitinde 4 saatlik inkübasyon sonrası SMD ve DOT-MGA testleri arasında iyi uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.5985), 5 saatlik inkübasyon sonrası çok iyi uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.7438) ve 6 saatlik inkübasyon sonrası mükemmel uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.8597) saptanmıştır. K. pneumoniae izolatlarının kolistin duyarlılığı DOT-MGA yöntemi ile incelendiğinde 4 saatlik inkübasyon sonrası kategorik uyum %78,16, duyarlılık %52,5, özgüllük %100, pozitif öngörü değeri %100, negatif öngörü değeri ise %71,21 olarak hesaplanmıştır. Bu inkübasyon süresinde büyük hata saptanmazken %47,5 oranında çok büyük hata tespit edilmiştir. 5 saatlik inkübasyon sonrası kategorik uyum %93,61' e yükselmiş, duyarlılık %88,09, özgüllük %98,07, pozitif öngörü değeri %97,36 ve negatif öngörü değeri %91,07 olarak bulunmuştur. Beş saat inkübasyon sonrası yapılan analizde %11,90 oranında çok büyük hata ve %1,92 oranında büyük hata saptanmıştır. 6 saatlik inkübasyon sonrası ise kategorik uyum %94,94'e ulaşmış, duyarlılık %91,30, özgüllük %98,11, pozitif öngörü değeri %97,67 ve negatif öngörü değeri %98,11 olarak hesaplanmıştır. Altı saat inkübasyon sonrası yapılan analizde büyük hata oranı %1,88 ve çok büyük hata oranı %8,69 olarak tespit edilmiştir. Kolistin direnci tespitinde 4 saatlik inkübasyon sonrası testler arasında orta düzeyde uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.3980), 5 saatlik inkübasyon sonrası çok iyi uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.7710) ve 6 saatlik inkübasyon sonrası mükemmel uyum (Fleiss Kappa (κ)=0.8808) saptanmıştır. Sonuç Çalışmamız ISO 20776 standardı çerçevesinde değerlendirildiğinde, hata oranlarının yüksek olması testin güvenilirlik ve doğruluğunu olumsuz yönde etkilemiştir. Rutin laboratuvar pratiğinde dirençli suşların tespitinde DOT-MGA yönteminin fenotipik antibiyotik duyarlılık testleri arasında yer alabilmesi için daha kapsamlı optimizasyon çalışmalarına ihtiyaç duyulmaktadır.

Özet (Çeviri)

The aim of our study is to evaluate the applicability of the Direct-On-Target Microdroplet Growth Assay (DOT-MGA) method using the VITEK® MS Bio-Mѐrieux (Fransa) system in routine laboratory practice for the rapid, reliable, and cost-effective detection of meropenem and colistin resistance in Klebsiella pneumo-niae isolates. Material and Method Our study included a total of 200 Klebsiella pneumoniae isolates, which were isolated as infection agents from clinical samples sent to the Medical Microbiology Laboratory of the University of Health Sciences (S.B.Ü.) Ankara Training and Research Hospital and preserved in the laboratory's culture collection. The minimum inhibitory concentration (MIC) values for meropenem and colistin were determined using the reference method, broth microdilution (BMD). In the study, colistin resistance was tested using the DOT-MGA method for 100 isolates, while meropenem resistance was tested for the remaining 100 isolates. Results When the meropenem susceptibility of K. pneumoniae isolates was tested using the DOT-MGA method, after 4 hours of incubation, the categorical agreement was found to be 68%, sensitivity 85.29%, specificity 100%, positive predictive value 100%, and negative predictive value 91.07%. During this incubation period, 14.7% of very major errors and 9.57% of minor errors were detected. After 5 hours of incubation, the categorical agreement increased to 94.38%, sensitivity was 86.11%, specificity 100%, positive predictive value 100%, and negative predictive value 91.37%. In the analysis after 5 hours of incubation, 13.88% of very major er-rors and 10.10% of minor errors were observed. After 6 hours of incubation, the ca-tegorical agreement reached 93.33%, sensitivity was 88.88%, specificity 96.29%, positive predictive value 94.11%, and negative predictive value 92.85%. The analysis after 6 hours of incubation revealed 3.7% of major errors, 10% of minor errors, and 11.11% of very major errors. For meropenem resistance detection, after 4 hours of incubation, there was a good agreement between the SMD and DOT-MGA tests (Fleiss Kappa (κ) = 0.5985), very good agreement after 5 hours of incubation (Fleiss Kappa (κ) = 0.7438), and excellent agreement after 6 hours of incubation (Fleiss Kappa (κ) = 0.8597). When the colistin susceptibility of K. pneumoniae isolates was tested using the DOT-MGA method, after 4 hours of incubation, the categorical agreement was 78.16%, sensitivity 52.5%, specificity 100%, PPV 100%, and NPV 71.21%. During this incubation period, no major errors were detected, but 47.5% of very major errors were found. After 5 hours of incubation, the categorical agreement increased to 93.61%, sensitivity was 88.09%, specificity 98.07%, PPV 97.36%, and NPV 91.07%. In the analysis after 5 hours of incubation, 11.90% of very major errors and 1.92% of major errors were observed. After 6 hours of incubation, the categorical agreement reached 94.94%, sensitivity was 91.30%, specificity 98.11%, PPV 97.67%, and NPV 98.11%. The analysis after 6 hours of incubation revealed 1.88% of major errors and 8.69% of very major errors. For colistin resistance detection, after 4 hours of incubation, there was a moderate agreement between the tests (Fleiss Kappa (κ) = 0.3980), very good agreement after 5 hours of incubation (Fleiss Kappa (κ) = 0.7710), and excellent agreement after 6 hours of incubation (Fleiss Kappa (κ) = 0.8808). Conclusion When evaluating our study within the framework of the ISO 20776 standard, the high error rates negatively impacted the reliability and accuracy of the test. In routine laboratory practice, further extensive optimization studies are needed for the DOT-MGA method to be considered among the phenotypic antibiotic susceptibility tests for detecting resistant strains. Keywords DOT-MGA, MALDI-TOF MS, Colistin, Meropenem

Benzer Tezler

  1. Tez No

    785217

    Çocuk ve yenidoğan yoğun bakım ünitelerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella suşlarının moleküler epidemiyolojisi

    Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella species isolated from pediatric and neonatal intensive care units

    AYŞE HANDE TÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER

  2. Tez No

    632494

    Klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem ve kolistin direnç mekanizmalarının moleküler olarak araştırılması

    Molecular investigation of carbapenem and colistin resistance mechanisms in klebsiella pneumoniae isolates

    NESLİHAN GENİŞEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADRİ GÜL

  3. Tez No

    930250

    Klinik anlamlı örneklerden elde edilen Klebsıella pneumonıae izolatlarında fosfomisin direncinin incelenmesi ve fosfomisinin amikasin, meropenem, colistin ile kombinasyonlarının antibakteriyel sinerjistik etkinliğinin araştırılması

    Investigation of fosfomycin resistance in Klebsiella pneumoniae isolates obtained from clinically significant samples and evaluation of the antibacterial synergistic activity of fosfomycin in combination with amikacin, meropenem, and colistin

    AYŞE BETÜL KELEŞ BURUL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER KÜÇÜKBASMACI

  4. Tez No

    494712

    Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti

    An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.

    ÖZGE ALKAN BİLİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiHarran Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR

  5. Tez No

    474578

    Karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae ve escherıchıa colı suşlarında blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM direnç genlerinin araştırılması

    Investigation of blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM resistance genes on carbapenem resistant klebsiella pneumoniae and escherichia coli strains

    AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BAYSALLAR

Geri Dön