Geri Dön

Karya tipi koyunlarda mikrosatellit dna polimorfizmine dayalı ebeveyn tayini

Parentage analysis with microsatellites in karya type sheep

  1. Tez No: 276368
  2. Yazar: ONUR YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN KARACA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Ziraat, Genetics, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Babalık testi, dışlama olasılığı, Karya, mikrosatellit, Paternity analysis, probability of exclusion, Karya, microsatellite
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

Son yıllarda DNA dizilerinin değişik moleküler genetik teknikleri ve özgün DNA polimorfizmlerinin genetik marker olarak kullanımları hızla gelişmektedir. DNA'ya dayalı yöntemler ebeveyn testlerinde oldukça yaygın kullanılmaktadır. Bu nedenle rutin olarak pedigri testlerinde kullanılan kan tiplerinin yerini almıştır. Çalışmanın hedefini, araştırmada ele alınan 10 lokusun heterozigotluk oranı, dışlama gücü, uyuşma olasılığı ve ayrımlama gücü açısından değerlendirilmesi ve ilgili lokusların Karya koyunların ebeveyn tayininde kullanılabilirliklerinin araştırılması oluşturmuştur. Çalışmada 10 mikrosatellit lokusu (MAF65, OarJMP58, OarFCB193, OarFCB304, OarJMP29, BM8125, OarFCB128, OarCP34, OarVH72, DYMS1) kullanılarak Adnan Menderes Üniversitesi Grup Koyun Yetiştirme Programı (ADÜ-GKYP) çekirdek sürüsünde yer alan 16 koç ve bunların 101 yavrusunda babalık testi yapılmıştır. Hayvanlara ait kan örnekleri K3-EDTA'lı tüplere alınmış ve DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile ilgili DNA bölgeleri yükseltgenmiştir. Fragman analizleri Beckman Coulter CEQ 8000 cihazında yapılmıştır. Elde edilen fragman uzunlukları Beckman Coulter CEQ 8000 yazılımında değerlendirilmiştir.Çalışmada 105 allel gözlemlenmiştir. Lokuslar bazında gözlenen heterozigotluk oranı (Ho) 0,541 ile 0,841 arasında, beklenen heterozigotluk oranı (He) ise 0,699 ile 0,831 arasında olmuştur. Çalışmada, lokusların bireysel olarak dışlama olasılıkları (PE) ve artan lokus kombinasyonları için dışlama olasılıkları (CPE) hesap edilmiştir. PE değeri 0,295 ile 0,514; CPE değeri ise 0,363 ile 0,994 arasında değişmiştir. MP değeri 0,054 ile 0,154, PD değeri ise 0,85 ile 0,94 arasında değişmiştir. Sonuç olarak, yapılan babalık testi çalışması ile Karya koyunlarda babalık testlerinde kulanılabilecek uygun genetik markerlar belirlenmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar ülkemizdeki diğer populasyonlar için bir referans teşkil edecektir.

Özet (Çeviri)

Nowadays, the use of DNA sequences with genetic techniques and DNA polymorphism as genetic markers is increasing very rapidly. DNA testing is widely used to confirm the parentage of new registrants, and DNA verification of pedigrees is progressively replacing testing based on blood types. The aim of this study was to examine heterozygosity, calculate the power of exclusion, match probability and paternity index of the ten loci, and examine the usefulness of the involved loci in paternity tests. In the present study, 10 microsatellite loci (MAF65, OarJMP58, OarFCB193, OarFCB304, OarJMP29, BM8125, OarFCB128, OarCP34, OarVH72, DYMS1) were evaluated for their possible use to confirm paternity between 16 rams, their 101 offspring in nucleus flock of Adnan Menderes University Group Sheep Breeding Program (ADU-GKYP). DNA samples was isolated by DNA extraction kit from blood samples. Spesific genomic regions were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Fragment analysis was achieved using the automatic laser-induced fluorescence DNA sequencer Beckman Coulter CEQ 8000 Genetic Analysis System. These data obtained was analyzed by the Beckman Coulter CEQ 8000 software. A total of 105 alleles were observed in this study. The estimated observed heterozygosities (Ho) were between 0,541 and 0,841 and expected heterozygosities (He) were between 0,699 and 0,831. Probability of exclusion (PE) for each locus and probability of exclusion for increasing combinations (CPE) of the 10 loci were calculated. PE for each locus were between 0,295 and 0,514, CPE of the 10 loci were between 0,363 and 0,994. Matching probability (MP) (between 0,054 and 0,154) and power of discrimination (PD) (between 0,85 and 0,94) were also calculated. As a result, the suitable genetic markers determined for paternity test in Karya sheep. These results could also be used as a reference for the other sheep population in Turkey.

Benzer Tezler

  1. Karya tipi koyunlarda doğumdan sonraki erken dönemde ana ve kuzu davranışları

    Mother and lamb behaviours of the karya type sheep at the early postpartum

    SEVAL ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZoolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. TUFAN ALTIN

  2. Karya tipi koyunlarda vücut kondisyonunun yıllık değişimi

    Yearly changing of body condition score of karya type sheep

    YEŞİM ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Hayvan Yetiştirme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUFAN ALTIN

  3. Karya tipi koyunlarda farklı yetiştirme ve besi koşullarında bazı et verim ve kalite özellikleri

    Some meat yield and quality properties of karya genotype on different fattening conditions

    ENGİN YARALI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN KARACA

  4. Karya koyunlarında doğum ve emzirme dönemi analık ve kuzu davranışları ile serum kortizol düzeyleri

    Plasma cortisol levels, maternal and lamb behaviours of Karya type sheep at parturition and sucling period

    SEVAL ÜNALAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUFAN ALTIN

  5. Maya kullanımının farklı kaba ve karma yem düzeylerinde ham besin maddeleri sindirimi üzerine etkileri

    Effect of different forage concertrate ration with yeast on crude nutrient digestibility

    NAZLIHAN BULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HULUSİ AKÇAY