Geri Dön

Hidrofobik-polar model proteinlerin farklı yüzeylere adsorpsiyonunun incelenmesi

Investigation of the adsorption of hydrophobic-polar model proteins on different surfaces

  1. Tez No: 285032
  2. Yazar: HAKAN ALABOZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HANDAN OLĞAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 93

Özet

Biomoleküller, sensörlerin geliştirilmesinde, bazı elektronik aygıtlarda, biyomedikal implant geliştirmede ve enerji depolamada kolayca kullanılabilir. Biyomoleküllerin davranışları hem bilgisayar simülasyonları hem de analitik yöntemler kullanılarak araştırılıyor. İşte polimerlerin katı bir yüzeye adsorpsiyonu bu davranışlardan birisidir. Makromoleküllerin adsorpsiyonunun teorik davranışı, istatistiksel mekanikte minimalist etkili protein modelleri çerçevesinde hala dikkat çeken ve uzun soluklu bir problemdir. Bu çalışmada, N monomerli bir polimer için etkili örgü dışı modellerden biri olan AB model kullanılarak bir zincir ve yüzey arasındaki etkileşim gösterilmiştir. Multikanonik örneklemeyle farklı yüzeyler üzerindeki homopolimer bir zincir için minimum enerjiler ve öz ısılar hesaplanmıştır. Çalışmada, yapısız, düz iki farklı yüzey ile hidrofobik özellikteki homopolimer zincirin etkileşimi incelenmiştir. Yüzeylerden biri homopolimer zincirle kuvvetli çekici etkileşimdeyken diğeri zincirle zayıf itici etkileşimdedir. Çalışmanın ana amacı dahilinde, zincirin farklı fazlarını gözlemlemek için yüzey çekicilik şiddeti tanımlanmış ve simülasyonlarda değiştirilmiştir. Yüzeyle zincir arasında meydana gelen etkileşimle oluşan yeni enerjiyi hesaplamak için Lennard- Jones etkileşim parametreleri kullanıldı. Zincir yüzeyden belirli bir uzaklığa yerleştirildi ve bu yeni sistem için multikanonik simülasyon kullanılarak muca parametreleri, minimum enerjiler, öz ısılar ve bazı yapısal parametreler hesaplandı.

Özet (Çeviri)

Biomolecules can be easly used in improvement of censors, some electronical devices, biomedical implant modification and storing energy. Behaviors of biomelecules are searched with using either computer simulations or analytical methods. Adsorption of polymers on solid surfaces is one of these behaviors. The theoretical treatment of the adsorption of macromolecules within the framework of minimalist effective protein models in statistical mechanics has been longstanding problem that stil gains a lot of interest. In this study, we present the interaction between a chain and surfaces by using one of the effective off- lattice models of AB model for polymers with N monomers. We calculated minimum energies, specific heats for a homopolymer chain on different surfaces with multicanonical sampling. In this research, we studied the interaction between two flat and unstructured different surfaces and a hydrophobic homopoylmer chain. One of the surfaces has a strong attractive interaction with homopolymer chain. The other has a weak repulsive interaction with the chain. Due to main purpose of the research, surface attraction strenght parameter was defined for observing different phases of the chain and changed in simulations. For calculating new energy which occurs from interaction between surface and chain we used Lennard- Jones interaction parameters. We put the chain specific distance from the surface and we investigate muca parameters, minimum energies, specific heats and some structural parameters for this new system using with multicanonical simulation.

Benzer Tezler

  1. Hidrofobik-polar model protenlerin konformasyon uzaylarının incelenmesi

    Investigation of the conformational space of hydrophobic-polar model proteins

    BUKET TAŞDİZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyofizikAnkara Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANDAN OLĞAR

  2. Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains

    Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    ŞEVVAL UYSALCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ

  3. Construction and characterization of solid-supported lipid bilayers to investigate cell-surface interactions

    Hücre–yüzey etkileşimlerinin incelenmesi için yüzey-destekli lipid zarların oluşturulması ve karakterizasyonu

    ABDULHALİM KILIÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK

  4. Saponin içerikli lipozom formülasyınlarının geliştirilmesi ve karakterizasyonu

    Development and characterization of the saponin containing liposome formulations

    SİBEL BARBAROS

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Kimya MühendisliğiMersin Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. RÜKAN GENÇ

  5. Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models

    Protein katlanma probleminin çözümü için kaba-taneli kafes ve kafes-dışı modelleri kullanan yapay zeka tabanlı yöntemler

    BERAT DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAMER ÖLMEZ