Kinetic and thermodynamic analysis of genetically engineered inorganic binding peptides for bionanotechnology
Biyonanoteknoloji uygulamaları için genetik mühendisliği ile oluşturulan anorganiklere özgül peptidlerin kinetik ve termodinamik analizleri
- Tez No: 293770
- Danışmanlar: PROF. DR. CANDAN TAMERLER, PROF. DR. MEHMET SARIKAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 207
Özet
Bu çalışma kapsamında genetik mühendisliği kullanılarak oluşturulmuş anorganiklereseçici olarak bağlanan peptidlerin (GEPI) kinetik ve termodinamik araçlarla molekülertanıma özellikleri incelenmiştir. Faj gösterim ya da hücre yüzey gösterim tekniklerikullanılarak seçilen GEPI moleküllerinin karakterizasyonu yapılmıştır. GEPI'lerinmoleküler karakterizasyonu, adsorpsiyon kinetikleri ve termodinamikleri, ikincil yapıçalışmaları ile bir bütünlük içerisinde gerçekleştirilmiştir. GEPI'lerin bağlanma kinetikve termodinamikleri yüzey plazmon rezonans spektrometresi ve kuvartz kristalmikroterazi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Altın , silika ve platin yüzeylere bağlananpeptidlerin sadece afiniteleri değil, aynı zamanda malzeme seçicilikleri de incelenmiştir.Bir durum çalışması olarak, altın yüzeye bağlanan peptid için yapı-aktivite ilişkisi de,termodinamik bir bakış açısı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. GEPI'lerin, molekülerkarakterizayonu takiben, moleküler bağlayıcı ve malzeme sentezleyicisi olarakkullanımları araştırılmıştır. Bu bağlamda, GEPI'ler, moleküler bağlayıcı olarak, alkalifosfataz enziminin altın, silika ve platin yüzeylerine immobilizasyonu ve yarı iletkennanotaneciklerin LED aygıtlarının yüzeylerine tutuklanması çalışmalarında, molekülertutucu olarak ise, Huntington hastalık etmen proteininin fibrilasyonunun gerçekzamanlı olarak incelenmesinde kullanılmıştır. Ayrıca, morfoloji kontrollü silika senteziiçin GEPI'lerin malzeme yapıcı olarak kullanımları gösterilmiştir. GEPI'lerin birçokdeğişik biyo-nano teknolojik uygulamalarda moleküler bağlayıcı olarak kullanımları,nano- biyo- arakesitindeki zorlukları aşabilmek için uygun moleküler araçlar olduğunuortaya koyacak şekilde sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Molecular recognition properties of genetically engineered inorganic binding peptides(GEPI), were investigated with respect to their binding kinetics and thermodynamics.Phage display or cell surface display selected GEPIs for different materials werecharacterized. In the molecular characterization of GEPIs, adsorption kinetics andthermodynamics of GEPIs were realized in conjugation with secondary structuralanalysis of the peptides. To characterize binding kinetics and thermodynamics of GEPIs,surface plasmon resonance sensor, quartz crystal microbalance were employed. Both theaffinity and materials selectivity of gold, platinum and silica binding peptides wereinvestigated. The effect of conformational constraints and multiple repeats on theaffinity and material selectivity of GEPIs was tested. As a case study the structureaffinityrelationship in gold binding peptides was analyzed, using a thermodynamicapproach. Following the molecular characterization of GEPIs, proof of demonstrationstudies were carried out, in which GEPIs were utilized as molecular linkers and materialsynthesizer. In this perspective, we utilized GEPIs as molecular linkers, for theimmobilization of alkaline phosphatase on gold, platinum and silica; for the targetedassembly of semiconductor nanoparticles on LED device; as molecular erector for thereal time monitoring of fibrillation in Huntington?s disease; and finally as synthesizer inthe morphology controlled synthesis of silica. In the scope of the thesis, GEPIs have beenexploited to create new generation of biomimetic molecular linkers. Various practicalbio-nanotechnological examples in the usage of GEPIs as molecular linkers weredemonstrated as representative towards their wide range of applications to overcomethe challenges at the nano- bio- interface.
Benzer Tezler
- Sınıf öğretmenliği öğretmen adaylarının kuvvet ve hareket konusundaki kavram yanılgılarının ontolojik açıdan incelenmesi ve bulunan yanılgıların oluşturulan argüman ortamları ile giderilmesi
Ascertain misconceptions of teacher candidates of primary school teaching department in the 'force and motion' i̇ssue and to eliminate with created argument environment after evaluated and categorized these misconceptions in an ontological sense
AYŞEGÜL KINIK TOPALSAN
Doktora
Türkçe
2015
Eğitim ve ÖğretimMarmara Üniversitesiİlköğretim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALE BAYRAM
- Kolorektal kanserli hastalarda platin, fluoropirimidin ve irinotekan ilaç dirençlerinin araştırılması
Platinium, fluoropirimidine and irinotecan drug resistance research in patients with colorectal carci̇noma
NECİBE DİLAN POLAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
OnkolojiPamukkale Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU YAREN
- Homo kiral BİS(amino alkol) okzalamitlerin geçirgenlik arttırıcı özellikli sıvılarla jelleştirilmesi ve ilaç taşıyıcı sistem olarak kullanımları
Gelling homo chiral BIS(aminoalcohol) oxalamides with permeation enhancer liquids and use as drug delivery system
SERHAT UZAN
Doktora
Türkçe
2015
KimyaDicle ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK AYDIN
PROF. DR. HALİL HOŞGÖREN
- Nsaid'ların (non-steroidal anti-inflammatory drug) topikal uygulamaları için yeni jel formulasyonlarının hazırlanması: Kontrollü ilaç salım potansiyellerinin araştırılması
The prepation of new gel formulation for topical aplications of nsaids (non-steroidal anti-inflammatory drug): Investigation of potential controlled drug release
ŞEREF KAPLAN
- Investigtion of the kinetic parameters of extracellular alpha-amylase from Bacillus subtilis SDP1 immobilized on alginate beads
Alginat küreler üzerine immobilize edilmiş, Bacillus subtilis SDP1'den elde edilen alpha-amilazın kinetik parametrelerinin araştırılması
EDA BAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyoteknolojiMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK KAZAN