Geri Dön

Gram negatif bakterilerin moleküler tiplendirilmesinde bazı PCR tabanlı yöntemlerin karşılaştırılması

Comparasion of somepcr-based methods in molecular typing of gram-negative bacteria

PDF İndir

  1. Tez No: 298907
  2. Yazar: AYNUR FİDANBOYLU
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN TAŞLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Mikrobiyoloji, Pharmacy and Pharmacology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 93

Özet

Moleküler tiplendirme yöntemleri ile bakteriler arasındaki klonal ilişkiler ortaya konulabilmektedir. Bunun sonucu olarak ta enfeksiyon hastalıklarının sürveyansı, salgınların değerlendirilmesi, bakteri genetiğinin aydınlatılması gibi faydalı bilgiler sağlanmaktadır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tabanlı tiplendirme yöntemleri yaygın olarak kullanılan teknikler olmasına rağmen en önemli dezavantajı standardizasyonunun sağlanamamış olmasıdır.Bu çalışmada bakterilerin klonal yakınlıklarının belirlenmesine yönelik PCR tabanlı tiplendirme yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarı'nda klinik örneklerden izolen edilmiş 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae ve 30 Pseudomonas aeruginosa çalışmaya alındı. Bakterilerin DNA ekstraktları repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR ve arbitrarily primed (AP) PCR yöntemleri ile en az iki kez incelenmiştir. ERIC-PCR ve REP-PCR'ın hem E. coli hem de P. aeruginosa kökenleri için %100 tekrarlanabilir olduğu saptanmıştır. Uygulanan yöntemler karşılaştırıldığında, E. coli kökenlerinin tiplendirmesinde ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemleri 27 kökeni aynı bularak %90 oranında tutarlı olmuşlardır. P. aeruginosa kökenleri için, ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin %100 tutarlı olduğu sonucuna varılmıştır. K. pneumoniae kökenlerin tiplendirmesinde ise ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin tutarlılığının %63'e düştüğü görülmüştür. AP-PCR'da ise her üç bakteri türü için tekrarlanabilirlik çok düşük olup çoğu köken için bant profili gözlenememiştir. Bu nedenlerden dolayı AP PCR'ın diğer yöntemlerle karşılaştırılması mümkün olmamıştır. Bu çalışmada REP-PCR ve ERIC-PCR yöntemlerinin E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae ve benzer Gram (-) bakterilerin ayrıştırılmasında veya klonal yakınlıklarının belirlenmesinde etkin olarak kullanılabileceği bulunmuştur. AP-PCR'ın ise ERIC ve REP-PCR'a alternatif olamayacağı sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Clonal relationships may be revealed by molecular typing methods. Thus, useful informations such as surveillance of infectious diseases, evaluation of outbreaks and clarification of bacterial genetics may be obtained. Although polymerase chain reaction (PCR) based typing methods are widely used techniques, their major disadvantage is that their standardization has not been achieved.This study it was aimed to compare PCR-based typing methods in determining clonal relationships of bacteria. The study included 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae and 30 Pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples in Microbiology Laboratory of Medical School of Ege University. . Bacterial DNA extracts were studied by repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and arbitrarily primed (AP) PCR methods and these studies were dublicated at least. It was found that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% repeatable for both E. coli and P. aeruginosa strains. In comparison of ERIC-PCR and REP-PCR methods it was found 90% consistently the same in typing 27 E. coli strains. For P. aeruginosa strains, it was concluded that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% consistent. It was observed that consistency of ERIC-PCR and REP-PCR methods fell to 63% in typing K. pneumoniae strains. For AP-PCR method, repeatability of each three bacterial species is often very low and the band profile was not observed for many strains. Because of these reasons, it is not possible to compare AP PCR with other methods. In this study, it was concluded that REP-PCR and ERIC-PCR methods could be used reliably to distinguish or to determine the clonal relationship for E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae and similar Gram (-) bacteria. The AP-PCR can not be concluded alternatives to ERIC and REP-PCR.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    288439

    Karbapenem grubu antibiyotiklerin (Meropenem, İmipenem, Ertapenem) etkisi altında quorum sensing olumlu ve quorum sensing olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşlarının konak etken etkileşiminin araştırması

    Investigation of host agent relation in quorum sensing positive and quorum sensing negative Pseudomanas aeruginosa strains under the effect of carbapenem group antibiotics (Meropenem, İmipenem, Ertapenem)

    OKAN ALPAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN

    PROF. DR. İ.HAKKI BAHAR

  2. Tez No

    409607

    İntraabdominal enfeksiyonlarda sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olan gram negatif bakterilerin moleküler sürveyansı

    Moleculer surveillance of gram negative bacteria causung seconder and tertiary peritonitis in intraabdominal infections

    TÜLAY KANDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV

  3. Tez No

    354007

    Etken olarak izole edilen enterik bakterilerde genişlemiş spektrumlu Beta laktamoz ve plazmid aracılı AmpC Beta laktamoz üretiminin saptanması ve prevalansı

    Başlık çevirisi yok

    NEVAL ELGÖRMÜŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜNER SÖYLETİR

  4. Tez No

    386585

    Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi

    Molecular analysis of carbapenem resistance in carbapenem resistant gram negative bacilli isolated from clinical samples

    MÜMTAZ GÜRAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

  5. Tez No

    440159

    Toplum ve hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarında oxa-48 ve alt türevlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi

    Determining OXO-48 and its variants with conventional and molecular methods in klebsiella pneumoniae isolates originated from community and hospital

    ARZU UYANIK PARLAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU

Geri Dön