Gram negatif bakterilerin moleküler tiplendirilmesinde bazı PCR tabanlı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparasion of somepcr-based methods in molecular typing of gram-negative bacteria
- Tez No: 298907
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN TAŞLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Eczacılık ve Farmakoloji, Microbiology, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Bakteriler, DNA, Fenotip, Genotip, Gram negatif bakteriler, Moleküler yapı, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Bacteria, DNA, Phenotype, Genotype, Gram negative bacteria, Molecular structure, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Moleküler tiplendirme yöntemleri ile bakteriler arasındaki klonal ilişkiler ortaya konulabilmektedir. Bunun sonucu olarak ta enfeksiyon hastalıklarının sürveyansı, salgınların değerlendirilmesi, bakteri genetiğinin aydınlatılması gibi faydalı bilgiler sağlanmaktadır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tabanlı tiplendirme yöntemleri yaygın olarak kullanılan teknikler olmasına rağmen en önemli dezavantajı standardizasyonunun sağlanamamış olmasıdır.Bu çalışmada bakterilerin klonal yakınlıklarının belirlenmesine yönelik PCR tabanlı tiplendirme yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarı'nda klinik örneklerden izolen edilmiş 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae ve 30 Pseudomonas aeruginosa çalışmaya alındı. Bakterilerin DNA ekstraktları repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR ve arbitrarily primed (AP) PCR yöntemleri ile en az iki kez incelenmiştir. ERIC-PCR ve REP-PCR'ın hem E. coli hem de P. aeruginosa kökenleri için %100 tekrarlanabilir olduğu saptanmıştır. Uygulanan yöntemler karşılaştırıldığında, E. coli kökenlerinin tiplendirmesinde ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemleri 27 kökeni aynı bularak %90 oranında tutarlı olmuşlardır. P. aeruginosa kökenleri için, ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin %100 tutarlı olduğu sonucuna varılmıştır. K. pneumoniae kökenlerin tiplendirmesinde ise ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin tutarlılığının %63'e düştüğü görülmüştür. AP-PCR'da ise her üç bakteri türü için tekrarlanabilirlik çok düşük olup çoğu köken için bant profili gözlenememiştir. Bu nedenlerden dolayı AP PCR'ın diğer yöntemlerle karşılaştırılması mümkün olmamıştır. Bu çalışmada REP-PCR ve ERIC-PCR yöntemlerinin E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae ve benzer Gram (-) bakterilerin ayrıştırılmasında veya klonal yakınlıklarının belirlenmesinde etkin olarak kullanılabileceği bulunmuştur. AP-PCR'ın ise ERIC ve REP-PCR'a alternatif olamayacağı sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Clonal relationships may be revealed by molecular typing methods. Thus, useful informations such as surveillance of infectious diseases, evaluation of outbreaks and clarification of bacterial genetics may be obtained. Although polymerase chain reaction (PCR) based typing methods are widely used techniques, their major disadvantage is that their standardization has not been achieved.This study it was aimed to compare PCR-based typing methods in determining clonal relationships of bacteria. The study included 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae and 30 Pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples in Microbiology Laboratory of Medical School of Ege University. . Bacterial DNA extracts were studied by repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and arbitrarily primed (AP) PCR methods and these studies were dublicated at least. It was found that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% repeatable for both E. coli and P. aeruginosa strains. In comparison of ERIC-PCR and REP-PCR methods it was found 90% consistently the same in typing 27 E. coli strains. For P. aeruginosa strains, it was concluded that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% consistent. It was observed that consistency of ERIC-PCR and REP-PCR methods fell to 63% in typing K. pneumoniae strains. For AP-PCR method, repeatability of each three bacterial species is often very low and the band profile was not observed for many strains. Because of these reasons, it is not possible to compare AP PCR with other methods. In this study, it was concluded that REP-PCR and ERIC-PCR methods could be used reliably to distinguish or to determine the clonal relationship for E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae and similar Gram (-) bacteria. The AP-PCR can not be concluded alternatives to ERIC and REP-PCR.
Benzer Tezler
- Şeker şurubunun inversiyonuna etki eden kimi faktörlerin araştırılması
Başlık çevirisi yok
SAİDE GÜNERİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜNAL YURDAGEL
- Tamoxifenin testis dokusuna etkisinin ışık ve elektronmikroskop düzeylerinde incelenmesi
Investigating of the effect of tamoxifen on the testes tissue at light and electronmicroscopical levels
RECEP KUTLUBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
MorfolojiCumhuriyet ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN GÜRSOY
- Yoğurda işlenecek süte katılması gereken süt tozu miktarının saptanması ve pratik sonuçlar çıkarılması üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
NURTEN ADIGÜZEL
- Tavuk gübresinin pelet hale getirilmesi ve doğal çevre havası yardımıyla kurutulması
Başlık çevirisi yok
A.KAMİL BAYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatEge ÜniversitesiTarımsal Mekanizasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDÜLKADİR YAĞCIOĞLU
- Pseudamanas syringae ve pathavarlarının tanılanmalarında biyokimyasal ve morfolojik özelliklerin belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
A.ALEV GÖKDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatEge ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİKMET SAYGILI