Geri Dön

Türk susamlarında (Sesamum indicum L.) AFLP markörlerini kullanarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi

Determination of genetic diversity of Turkish sesamum (Sesamum indicum L.) by using AFLP markers

PDF İndir

  1. Tez No: 299164
  2. Yazar: PELİN TEKİN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR, PROF. DR. ANNE FRARY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 45

Özet

Susam (Sesamum indicum L.) Pedaliaceae ailesine aittir. Asya ve Afrika' nın tropikal ve tropikal iklime yakın iklimdeki bölgelerinde yetiştirilen önemli bir yağlı tohum bitkisidir. Türkiye yedinci olarak yılda 21036 ton susam tohumu üretirken Çin dünyadaki en büyük susam tohumu üreticisidir. Susamın yenilebilir ve yüksek kalitedeki tohumunun hem insanlar hem de ekonomi için önemli olmasına rağmen susam genomu ile ilgili literatürde yeterli bilgi bulunmamaktadır. Amacımız AFLP markör sistemini kullanarak 158 tane Türk susam hattındaki çeşitliliği belirlemek ve S. indicum genomundan susama özgü yeni bir SSR markör seti dizayn etmekti. Türk susam hatları beş AFLP primer kombinasyonu ile test edildi, sonuç olarak, 148 polimorfik allel elde edildi. Hatlar arasında en büyük benzerlik %57 olarak belirlendi ve susam hatlarında iyi bir seviyede benzerlik bulundu. İkinci olarak, susamdan bir genomik kütüphane oluşturuldu. 1.094.317 tane sekans parçası elde edildi ve 702.371 tanesi, 93.365 tane nükleotid içeren 140.669 sekans parçasına birleştirildi. Toplam olarak SSR' lara en yakın gen bölgelerinden, dinükleotid (36,4%), tetranükleotid (29,3%), trinnükleotid (23,1%), pentanükleotid (7,1%) ve heksanükleotid (4,2%) olmak üzere 3101 tane primer çifti elde edildi. Bu primerler susam çeşitlerinden elde edilen ilk genomik-SSR primerleri oldu. SSR'lar yüksek takrarlanabilir özellikte, genomu yüksek ölçüde kapsayan, eş baskın kalıtımı gösterebilen, yakın türlere yüksek ölçüde aktarılabilen çoklu allelik primerlerdir. Dizayn edilen genomik-SSR' lar susamın haritalanması ve çeşitliliğinin belirlenmesinde büyük ölçüde yararlı olacaktır.

Özet (Çeviri)

Sesame (Sesamum indicum L.) belongs to the Pedaliaceae family. It is an important oil seed crop which is cultivated in tropical and subtropical areas of Asia and Africa. China is the largest producer of sesame seed in the world while Turkey ranks seventh and produces 21036 tonnes of sesame seed in a year. Although sesame?s edible seed and high quality seed oil are important for both humans and the economy, there is not enough information about the sesame genome in the literature. Our aim was to determine the diversity of 158 Turkish sesame accessions by using the AFLP marker system and to design a new set of sesame-specific SSR markers from genomic sequence of S. indicum. The Turkish sesame accessions were tested with five AFLP primer combinations, as a result, 148 polymorphic fragments were obtained. The maximum similarity was 57% for the accessions and a good level of diversity was present in the sesame germplasm. Secondly, a genomic library of sesame was constructed. A total of 1.094.317 reads were obtained and 702.371 of them were clustered to 140.669 reads containing 93.365 nucleotides. A total of 3101 primer pairs were developed from flanking regions of SSRs with primers for dinucleotide (36,4%), tetranucleotide (29,3%), trinucleotide (23,1%), pentanucleotide (7,1%), and hexanucleotide (4,2%) repeats. These primers are the first genomic-SSR markers developed for sesame cultivars. SSRs have good reproducibility, high genome coverage, co-dominant inheritance, good transferability to close species and are multiallelic. The designed genomic-SSRs should be very useful for sesame mapping and diversity studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    426100

    The examination of educational philosophy of Turkish national education councils between 1946 and 2014

    1946 ve 2014 yıllar arasindaki Türk milli eğitim şuralarının eğitim felsefesi acısından incelenmesi

    HANDE İŞLER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Eğitim ve ÖğretimYeditepe Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜZEYYEN SEVİNÇ

    PROF. DR. SEYFİ KENAN

  2. Tez No

    471022

    1939'dan günümüze Milli Eğitim Şûralarında görsel sanatlar eğitimi ve uygulamaya yansımaları

    From 1939 to present, visual arts education at national education councils and its reflection of practice

    GÖNÜL ÜLKÜ BAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Eğitim ve ÖğretimÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Güzel Sanatlar Eğitimi Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ENVER YOLCU

  3. Tez No

    241802

    Milli eğitim şuralarında tarih öğretimi

    Teaching history in the councils of ministry of education

    TUĞBA AYAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Eğitim ve ÖğretimAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Bölümü

    PROF. DR. ALİ GÜLER

  4. Tez No

    632048

    Türk eğitim sisteminde denetim alt sisteminin analizi ve bir model önerisi

    Analyzing inspection subsystem of Turkish education system and developping a model proposal

    REMZİ BURÇİN ÇETİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Eğitim ve Öğretimİnönü Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NECDET KONAN

  5. Tez No

    337425

    Eğitim paydaşlarının Türk eğitim sisteminin yerelleşme süreci hakkında görüşlerine ilişkin bir araştırma

    A research on the opinions of education stakeholders about localization process of the Turkish education system

    YAKUP ÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eğitim ve ÖğretimEge Üniversitesi

    Eğitim Yönetimi, Teftişi, Planlaması ve Eko. Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜNEVVER YALÇINKAYA

Geri Dön