Development of SSR markers in poppy (Papaver somniferum L.)
Haşhaş (Papaver somniferum L.)'da SSR markörlerinin geliştirilmesi
- Tez No: 299168
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR, PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 46
Özet
Haşhaş içeriğinde bulunan 80'den fazla alkaloidden dolayı önemli bir sanayi bitkisidir. Buna ek olarak haşhaş yağı ve tohumu besin olarak kullanılır. Haşhaşta geliştirilmiş sınırlı sayıda markör vardır. Haşhaşta genetik çeşitlilik çalışmaları AFLP, RAPD, EST-SSR and ISSR markörleriyle yapılmıştır. Bundan dolayı haşhaşta kapsamlı genom analizleri için markörler geliştirmek gereklidir. Haşhaş genomik DNA fragmentleri ikinci nesil Roche 454 FLX dizileme platformunda dizilenmiştir. Genomik diziler MIRA montajlama programı kullanılarak daha büyük diziler (contigs) haline getirilmiştir. Montaj edilen (biraraya getirilen) diziler kullanılarak SSR primerleri dizayn edilmiştir. Genomik diziler BatchPrimer3 programı kullanılarak SSR'lar bakımından taranmıştır. Bu program herbir diziden SSR primerlerinin dizaynını da sağlamıştır. Contiglerden 3284 SSR tekrarı belirlenmiştir. Bu tekrarlar arasında dinükleotid, trinükleotid, tetranükleotid, pentanükleotid ve heksanükleotid gibi değişik motifler yer almıştır. Toplam 100 SSR markör altı Türk haşhaş hattında test edilmiştir. Bu haşhaş hatlarında polimorfizm gözlenmemiştir. Ayrıca 100 SSR markör yedi farklı Papaver türünde test edilmiş ve üç polimorfik markör (spSSR-6, spSSR-8 and spSSR-23) bulunmuştur. Bu çalışmada geliştirilen markörler haşhaş genomik DNA'sından geliştirilen ilk markörlerdir ve haşhaşta genetik çeşitlilik ve haritalama çalışmalarında kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
The opium poppy (Papaver somniferum L.) belongs to the family Papaveraceae. Opium poppy is an important agronomic plant due to its production of more than 80 different alkaloids. In addition, poppy oil and seeds are used in food. The number of molecular markers for opium poppy is limited. To date, molecular characterization of opium poppy has been done using general marker systems such as AFLP, RAPD, EST-SSR and ISSR. However, development of other molecular markers systems is essential for more comprehensive analysis of the opium poppy genome. A genomic library was constructed from opium poppy DNA. Genomic DNA was sequenced by Roche 454 Sequencing? platform. Genomics reads were clustered by MIRA software. Di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide SSR repeats were identified and flanking primers were designed by Batchprimer3 software. A total of 1399 contigs containing 3284 SSRs were identified. A total of 1820 primer pairs which fulfilled the criteria for primer design were designed from flanking sequence of SSRs. A total of 100 SSR primers were tested in six Papaver somniferum accessions. No polymorphism was found among the Papaver somniferum accessions. Transferability of the markers was tested in seven Papaver species. SpSSR-6, spSSR-8 and spSSR-23 detected polymorphic alleles in these species. These markers are the first set of opium poppy-specific SSR markers derived from genomic sequence of this crop. These markers can be used for assessment of genetic diversity, mapping and marker assisted selection in opium poppy
Benzer Tezler
- Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population
Yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak pistacia türlerinde SSR markörlerin geliştirilmesi ve türlerarası F1 populasyonu kullanılarak genetik haritalama ve QTL analizleri
ELMIRA ZIYA MOTALEBIPOUR
Doktora
İngilizce
2017
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Mercimekte SSR (simple sequence repeat) markörlerinin geliştirilmesi
Development of SSR (simple sequence repeat) markers in lentil
ENVER ERSOY ANDEDEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Safranda SSR (Simple sequence repeat) DNA markörlerinin geliştirilmesi ve yakın akraba türlere aktarılabilirliğinin araştırılması
Development of SSR (Simple sequence repeat) DNA markers in saffron (Crocus sativus L.) and their transferability to the closer relative species of saffron.
AYSUN GEDİK
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Nohutta (Cicer arietinum L.) genom tabanlı ssr markerlerin geliştirilmesi ve yakın akraba türlere aktarılabilirliğinin araştırılması
Development of genome-based ssr markers in chickpea (Cicer arietinum lL.) and investigation of transferability to near-relative species
DUYGU SARI YOL
Doktora
Türkçe
2019
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENGİZ TOKER
- İncir (Ficus carica L.) genomunda sekans temelli SSR (basit dizi tekrarı) markörlerinin geliştirilmesi
Development of sequence based SSR (Simple sequence repeat) markers in fig (Ficus carica L.) genome
ŞEYMA NUR ERDEĞER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ TEVFİK UNCU