Transcription level determination of candidate genes upon infections of powdery mildew on barley
Külleme hastalığına karşı arpalarda aday genlerin transkripsiyon düzeylerinin belirlenmesi
- Tez No: 304938
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, YRD. DOÇ. DR. ASLIHAN GÜNEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Bağışıklık sistemi kendinden olan ve olmayanı ayırt etmek üzerine kurulu bir sistemdir. Hayvanların aksine bitkiler doğuştan gelen bağışıklık sistemine sahiptirler. Bu sistemle bitkiler yalnızca patojenin hücum ettiği noktada patojene cevap verebilirler. Bu patojenlerden bir tanesi olan Blumeria graminis f. sp. hordei arpa bitkisinde külleme hastalığına sebep olmakta ve hem yabani hem kültür arpalarında % 30'a kadar verim kaybına neden olmaktadır.Bu çalışmada külleme hastalığına neden olan Bgh103 (64/01) ırkı ile muamele edilen Pallas-01 (P-01) ve Pallas-03 (P-03) arpa hatları kullanılmıştır. Bu muamele sonucunda sırasıyla uyumsuz ve uyumlu ilişki gözlenmektedir. NAD malik enzim, kloroplast lipocalin, fosfogliseromutaz (PGM), Mg çelataz and 26S proteaz düzenleyici 6B homolog alt ünitesi genlerinde değişken gen anlatım düzeyini belirlemek için 6., 12., 24., 48. ve 72. saat örnekleri kullanılmıştır. NAD-malik enzim dışındaki diğer dört proteinin P-01 ve Bgh103 arasındaki uyumsuz ilişki ile ve NAD-malik enzimin ise P-03 ve Bgh103 arasındaki uyumlu ilişki ile alakalı olduğu protein düzeyinde daha önceden laboratuarımızda gerçekleştirile bir çalışmayla gösterilmişti. Proteomik ve transkriptomik sonucunda belirlenen anlatım düzeylerinin benzer olması beklenmekteydi. Ancak hücrenin kompleks düzenleyici proseslerden dolayı transkript miktarı her zaman protein düzeyine yansıtmayabilir. Sentez, proses, yıkım gibi transkripsiyon sonrası düzenlemeler ile translasyon sonrası düzenlemeler sentezlenen protein miktarını değiştirmektedir. Hücrede mRNA miktarı ile protein miktarı arasındaki eşitsizliğin bir diğer nedeni mRNA ve proteinde meydana gelen dengesizlikler, translasyonun verimi ve protein sentezi ve yıkımı arasındaki denge olabilir.Değişken protein miktarları daha önce gösterilmiş olan aday genler için, bu deneyde gen anlatım düzeylerinde meydana gelen değişiklikler de göz önüne alınırsa bu genlerin olası direnç ile ilişkili olabilecekleri sonucuna varılmıştır. İlerideki çalışmalarda bu aday genlerin bitki-patojen ilişkisindeki mekanizmalarını aydınlatmak için ise RNAi ile gen susturma ve knockout gibi genetik yöntemler kullanılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Immune systems are fundamentally based on the differentiation of self and non-self. Unlike mammals, plants have an innate immune system responding to the pathogen only at the site of attack. One of these pathogens is Blumeria graminis f. sp. hordei which is an obligate biotrophic pathogen causing powdery mildew disease and resulting in up to 30% yield loss for both cultivated and wild barley.In this study, Pallas-01 (P-01) and Pallas-03 (P-03) barley lines were inoculated with powdery mildew race Bgh103 (64/01) resulting incompatible and compatible interactions, respectively. 6, 12, 24, 48 and 72 hour-post-inoculation (hpi) samples were used in order to define the differential gene expression of NAD malic enzyme, chloroplast lipocalin, phosphoglyceromutase (PGM), Mg chelatase and 26S protease regulatory subunit 6B homolog. In the proteomics study previously conducted in the laboratory, except for the NAD-dependent malic enzyme, the other four proteins were shown to be involved in the incompatible interaction of P-01 and Bgh103 at protein level, whereas NAD-dependent malic enzyme was changing in the compatible interaction. The expression level for both proteomics and transcriptomics were assumed to be similar. However, the level of transcript would not always reflect its protein level or correlate with the level of proteins, due to complex cellular regulation processes. Post-transcriptional modifications such as synthesis, processing, degradation and post-translational modifications are changing the level of proteins expressed, thus a parallel correlation between the protein and mRNA levels can be lost. Other possible reasons for this variation can be changes in mRNA and protein stability, efficiency of translation and protein?s turnover rate.The transcription level changes of the genes investigated in this study are found to be differentially expressed, supporting the proteomics data indicating that these genes are possibly involved in resistance. For further investigations, genetic tools such as gene silencing with RNAi and knockout experiments are required in order to elucidate the mechanism of these candidate genes in the plant-pathogen interaction.
Benzer Tezler
- Determination and verification of new targets in liver cancer
Karaciğer kanserinde yeni hedeflerin belirlenmesi ve doğrulanması
UMUT EKİN
Doktora
İngilizce
2022
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Lösemi hücre hatlarında elk-1 geni ve bu transkripsiyon faktörünün hedefindeki genlerin ekspresyonlarındaki değişimlerin belirlenmesi
Determination of elk-1 and possible targets of this transcription factor in leukemia cell lines
HANDE AKALAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiNamık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DUYGU YAŞAR ŞİRİN
- Genç futbolcu adaylarında slc6a4 promoter S/L polimorfizminin belirlenmesi
Determination of slc6a4 promoter S/L polymerphysis in young football player candidates
SEDANUR SABRİOĞLU AKKALE
- Yüksek tuz toleransına sahip fasulye genotipinde tolerans ile ilgili transkripsiyon faktörlerinin belirlenmesi
Determi̇nati̇on of transcri̇pti̇on factors related to tolerances i̇n bean genotype wi̇th hi̇gh salt tolerances
GÖKHAN GÖKDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- Ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.)'da kuraklık stresi dayanıklılığı ile ilişkili dna markörlerin belirlenmesi
Determination of dna based molecular markers associated with drought tolerans in wheat (Triticum aestivum L.)
EMİNE AÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER