Genome wide variation analysis of formalin fixed paraffin embedded pulmonary metastatic tumor samples of osteosarcoma patients
Osteosarkom hastalarının parafinlenmiş akciğer metastatik tümör örneklerinde genom düzeyindeki çeşitliliklerin analizi
- Tez No: 304967
- Danışmanlar: PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyoistatistik, Genetik, Science and Technology, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 225
Özet
Osteosarkom (OS) kemik dokusunda başlayan bir kanser türüdür. Genellikle, kemik matrisini oluşturan osteoblastlarda meydana gelir. Kanser türleri içinde yüzde on dokuzu oluşturan OS en yaygın malign kemik tümörüdür. OS hastalarının büyük çoğunluğu teşhis konulduğunda akciğer metastazı göstermektedir ve hastaların yarısı daha sonra akciğer hastalığına yakalanmaktadır. Ayrıca, pulmoner metastatik tümörler, kötü prognoz ve ölüm oranlarında artışa sebep olmaktadır. Pulmoner metastatik tümörlerde p53, Rb, Fos and Myc proteinlerini kodlayan genlerde mutasyonlar gözlenmiş olmasına rağmen, henüz pulmoner metastaza özgün bir genetik yolak belirlenememiştir. Bu sebeple, OS pulmoner metastazına sebep olan moleküler mekanizmaların araştırılması gereklidir.Bu çalışmada, 9 hastadan elde edilmiş parafinlenmiş akciğer metastatik OS tumor örneklerinde genomboyu ilişkilendirme analizi gerçekleştirilmiştir. İlişkili bulunan 358 SNP arasından, istatistiksel olarak en önemli ilişkileri gösteren SNPler, rs6499861, rs10884554 ve rs12154602'dır. Ek olarak, genom boyutunda ilişkilendirme sonuçlarının ikincil analizi yapılmış, ve SNPlerle ilişkili gen ve biyolojik yolaklar tespit edilmiştir.Parafinlenmiş örneklerin kopya sayısı değişiklikleri ve heterozigosite kaybı analizi için, aroma R paketi kullanılarak, bir metodoloji geliştirilmiştir. Bu metodolojide kullanılan 3 yöntemin sonuçlarına göre, elde edilen toplam kopya sayısı segmentasyon verileri, CalMaTe metodu kullanıldığında VN algoritmasına göre daha az gürültülü bulunmuştur. İkinci metod kullanılarak yapılan heterozigosite kaybı analizi, sadece tek bir örnek için sonuç vermiştir.Kopya sayısı anormallikleri ve heterozigosite kaybı analizi tek bir tumör örneği üzerinde yapılmıştır. 1p31.1, 6p21.32, 7p14.3, 11q22.1, 12p12.1, ve 18q12.1 kromozom bölgelerinde kopya sayısı artışı ve 2p16.2, 8q24.13, 17q23.3 ve 17q21.31 kromozom bölgelerinde kopya sayısı azalışı gözlenmiştir. Ayrıca, 2q14.3, 11q13.4, 18p11.21, 19q12, 20p13 ve 23q21.1 kromozom bölgelerinde heterozigosite kaybı gözlenmiştir.İlişkili SNPlerin ve önemli kopya sayısı değişikliklerinin belirlenmesi, metastatik osteosarkom için potansiyel tanı ve prognostik belirteçlerinin araştırılmasına yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Osteosarcoma (OS) is a type of cancer that starts in the bone. It generally occurs in the cells called osteoblasts which form matrix of the bone. It is the most common malignant tumor of bone with an incidence rate of 19% among all cancer types. The vast majority of OS patients have pulmonary metastases at the time they are diagnosed, and about half develop lung disease later. Moreover, pulmonary metastatic tumors lead to poor prognosis and increased death rate. Although mutations in the genes coding for p53, Rb, fos and myc were detected in pulmonary metastatic tumors of OS, there is no unique genetic pathway identified for progression of pulmonary metastasis.In this research, a genome wide association study (GWAS) using FFPE samples from lung tissue of 9 patients with pulmonary metastatic OS was performed. Among 358 associated SNPs, rs6499861, rs10884554 and rs12154602 were found to be associated with metastatic OS most significantly. Moreover, second wave analysis of GWAS results provided the significant genes and pathways associated with metastatic OS.A methodology for copy number aberration and LOH analysis of SNP array data of a FFPE sample was generated using R-aroma package. Results were obtained by three different methods, namely, CalMaTe, TumorBoost and Virtual Normal algorithm. Among these, CalMaTe was found to produce less noisy data than VN Algorithm during total copy number segmentation. LOH analysis could only be performed for one sample with the second method due to poor data quality of the other samples.According to the results of copy number aberration and LOH analysis of one tumor sample T8, copy number gains in 1p31.1, 6p21.32, 7p14.3, 11q22.1, 12p12.1, and 18q12.1 chromosomal regions and copy number losses in 2p16.2, 8q24.13, 17q23.3 and 17q21.31 chromosomal regions have been found. Moreover, LOH events were observed in 2q14.3, 11q13.4, 18p11.21, 19q12, 20p13 and 23q21.1 chromosomal regions.Identification associated SNPs and significant copy number changes may be helpful in investigation of potential diagnostic and prognostic markers in metastatic osteosarcoma.
Benzer Tezler
- Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması
Identification of new gene and gene groups involved in cancer development and progression through genome-wide copy number variation analysis and transcriptome profiling in sporadic colorectal cancer cases
NEVİN BELDER
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Genome wide association analysis of free sugars in the storage roots of a diversecollection of carrot (Daucus carota L.)
Başlık çevirisi yok
GÜNAY YILDIZ
- Mental retardasyonlu olgularda kromozomal anomalilerin array temelli karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (ACGH) tekniği ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
EBRU PERİM AKÇAY
- Bazı Triticum monococcum genotiplerinin belirli element içerikleri için GWAS analizi
GWAS analysis of some Triticum monococcum genotypes for the content of particular elements
FATMA GÜL MARAŞ VANLIOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE KESKİN
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Genome wide association mapping (GWAS) for important agronomic and quality traits in durum wheat (Triticum durum L.)
Makarnalık buğdayda önemli tarımsal ve kalite özellikleri için genom boyu ilişki haritalaması
AHMAD ALSALEH
Doktora
İngilizce
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN