Mental retardasyonlu olgularda kromozomal anomalilerin array temelli karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (ACGH) tekniği ile araştırılması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 433368
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ SAZCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: array Temelli Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon, Konvansiyonel Sitogenetik, Mental Retardasyon, array Comparative Genomic Hybridization, Conventional Cytogenetic, Mental Retardation
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Mental retardasyon (MR) insanın yaşamı boyunca engelli olmasına yol açan, öğrenme ve adaptasyon güçlüğü ile karakterize bir durumdur. MR'lerin nedenleri çok çeşitlidir. Genetik, metabolik, çevresel etmenler ve santral sinir sisteminin yapısal anomalileri bunların başlıcalarıdır. MR'li olguların ayrıntılı olarak incelenebildiği gelişmiş batı ülkelerinde bile spesifik tanıya varma oranı % 40-60 arasındadır ve genellikle populasyonun % 0.3'ünü ağır MR'lu olgular oluşturmaktadır. Klasik yöntemlerle sitogenetik tanısı kesinleşemeyen özellikle MR'li olgularda kromozom anomalilerinin daha detaylı aydınlatılması amacı ile ek ileri düzey incelemeler yapılması gerekmektedir. FISH (fluoresan in situ hibridizasyon) tekniği kullanılarak yapılan incelemelerde araştırılacak aday gen/kromozom bölgelerinin klinik ya da sitogenetik yöntemler ile önceden belirlenmiş olması gerekmektedir. Oysa, kromozomların bazı bölgeleri (sentromer, telomer gibi) non-spesifik bant kalıbında olduğundan, bu bölgelerin araştırılması standart ve Yüksek Çözünürlüklü Bantlama Teknikleri (HRB Tekniği) ile değerlendirilememekte FISH tekniği de her zaman yeterli olamamaktadır. Son yıllarda, temeli FISH tekniğine dayanan, farklı fluoresan boyalar ile boyanmış test (hasta) ve referans DNA örneklerinin normal kromozomlara bağlanması ile elde edilen fluoresan renk farklılıklarını gösteren bir moleküler sitogenetik yöntem olan karşılaştırmalı genomik hibridizasyon tekniği (CGH) bütün genomun dengesiz kromozomal materyalinin analizine olanak sağlayan bir teknik olarak geliştirilmiştir. CGH, genom boyunca DNA dizisindeki kopya sayısı değişimlerini inceleyen bir moleküler sitogenetik tekniktir. Belirli bir genomun tamamındaki dengesiz kromozomal materyalin detaylı ve doğru analizi için, daha spesifik olarak da özellikle dengeli genomdan ince sapmalar olduğu zaman CGH tekniği gerekli olmakta ve özellikle array temelli CGH tekniği sayesinde klasik yöntemlerle sitogenetik tanısı kesinleşemeyen kromozom anomalilerinin daha detaylı araştırılması mümkün olmaktadır. Bu çalışmada, GTG Bantlama tekniğiyle 500-550 bant düzeyinde herhangi bir kromozom anomalisi saptanmayan 8 ağır MR'lu erkek birey ile bunların akrabası olan 12 ve olmayan 2 normal fenotipe sahip bireyden oluşan toplam 22 olguda array temelli CGH tekniği kullanılarak tüm genom boyunca DNA dizisindeki kopya sayısı değişimleri incelenmiştir. Analizler sonucunda mental retardasyonlu 8 erkek olgumuz ve bunlarla akrabalığı olan 3 kadın olgumuzda X kromozomunun p11.22 bölgesinde 52210273-52745818 aralığında 535,5 Kb'lık (535545 bç) bir genomik bölgede farklı boyutlarda kazanç saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Mental Retardation (MR) is a condition characterized by learning and adaptation disability which causes lifetime disability. There is a diverse range of causes of MR. Genetic, Metabolic, Environmental Factors and structural anomalies of the central nervous system are among the main causes. Even in western countries where detailed examination of MR could be done, rate of specific diagnosis is between 40-60% and the MR cases usually consist of 0.3% of the population. When classical cytogenetic methods cannot confirm the diagnosis, advanced analysis should be performed to clarify the chromosomal abnormalities ,especially in cases with MR. The use of FISH ( fluorescent in situ hybridization) method in such detailed analysis requires predetermination of the candidate gene/chromosomal region either by clinical findings or cytogenetic methods. However some of the chromosomal (centromere, telomere) regions with nonspecific band pattern cannot be analyzed with standard and High Resolution Banding and the FISH technique cannot be always sufficient enough to analyze. In recent years, a molecular cytogenetic technique which is based on FISH Method where Test (Patient) and Reference DNA samples labelled with different fluorescent dyes hybridizing to normal chromosomes, enabling detection of unbalanced chromosomal abnormalities of the whole genome by calculating the differences in between fluorescent signal intensities is developed and named as comparative genomic hybridization. CGH is a molecular cytogenetic technique, which examines copy number variations across the whole genome DNA sequence. For accurate and detailed analysis of unbalanced chromosomal abnormalities across the whole genome especially in case of small deviations from a balanced genome, CGH is needed and by means of array based CGH method, it is possible to analyze thoroughly the chromosome anomalies whose cytogenetic diagnosis cannot be confirmed by classical methods. In the framework of this study, whole genome-wide DNA copy number variation analysis was performed on a total of 22 individuals using array-CGH technique. 8 of the individuals included in the study were males with severe MR. All individuals were previously nalyzed by GTG banding technique, which showed no chromosomal abnormality at the level of 500-550 bands. The remaining 14 individuals were phenotypically normal, and 12 of them were relatives of the 8 MR patients. We detected variable size of gains at Xp11.22 etween 52210273-52745818 bp, within 535,5 Kb (535545 bp)- long genomic region, in 8 male patients plus their 3 female relatives with normal phenotype.
Benzer Tezler
- MKA/MR olgularında genetik etiyolojinin array-CGH tekniği ile araştırılması
Research of genetic ethiology of MKA / MR patients with array-CGH technique
MARYAM BARGHI MASTAN ABAD
- Nörogelişimsel bozukluklar ve/veya konjenital anomalileri olan olguların moleküler karyotipleme ve yeni nesil dizileme verilerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Comparative evaluation of molecular karyotyping and next generation sequencing data in cases with neurodevelopmental disorders and/or congenital anomalies
ARZU GULIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Multiple konjenital anomali ve/veya mental retardasyonlu olgularda subtelomerik yeniden düzenlenmelerin fluoresan in situ hibridizasyon tekniği ile araştırılması
Screening for subtelomeric rearrangements in children with multiple congenital malformations and mental retardation by using fluorescence in situ hybridisation techniques
EBRU PERİM ÖNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEHER BAŞARAN
- Down sendromlu çocuklarda eritrosit arginaz, plazma vitamin B12 ve folik asit düzeyleri
Başlık çevirisi yok
SERAP ŞENEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. CEMİL ÇELİK
- Mental retardasyonu olan dismorfik çocuklarda, subtelomerik kromozomal düzensizliklerin saptanması: Subtelomerik floresan ın situ hibridizasyon (FISH) tarama ve yüksek rezolüsyon bantlama uygulamaları
Subtelomeric FISH and high resolution banding techniques in mental retardation
BİLGE SEVER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
GenetikOndokuz Mayıs ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL OĞUR